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maxplanck-ie · Aug 3, 2023 · 14d7bea · 14d7bea
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diff --git a/snakePipes/common_functions.py b/snakePipes/common_functions.py
@@ -819,3 +819,13 @@ def writeTools(usedEnvs, wdir, workflowName, maindir):
                 elif dependencies is True:
                     f.write(line)
     f.close()
+
+
+def copySampleSheet(sampleSheet, wdir):
+    if os.path.isfile(sampleSheet) and os.path.exists(wdir):
+        bname = os.path.basename(sampleSheet)
+        try:
+            shutil.copy(sampleSheet, os.path.join(wdir, bname))
+        except Exception as err:
+            print(f"Unexpected {err=}, {type(err)=}")
+            raise
diff --git a/snakePipes/workflows/ATAC-seq/Snakefile b/snakePipes/workflows/ATAC-seq/Snakefile
@@ -154,6 +154,8 @@ onstart:
     if toolsVersion:
         usedEnvs = [CONDA_SHARED_ENV, CONDA_ATAC_ENV, CONDA_RMD_ENV]
         cf.writeTools(usedEnvs, workingdir, "ATAC-seq", maindir)
+    if sampleSheet:
+        cf.copySampleSheet(sampleSheet, wdir)
 
 ### main rule ##################################################################
 ################################################################################

diff --git a/snakePipes/workflows/ChIP-seq/Snakefile b/snakePipes/workflows/ChIP-seq/Snakefile
@@ -210,6 +210,9 @@ onstart:
     if toolsVersion:
         usedEnvs = [CONDA_SHARED_ENV, CONDA_CHIPSEQ_ENV]
         cf.writeTools(usedEnvs, workingdir, "ChIP-seq", maindir)
+    if sampleSheet:
+        cf.copySampleSheet(sampleSheet, wdir)
+
 
 ### main rule ##################################################################
 ################################################################################

diff --git a/snakePipes/workflows/HiC/Snakefile b/snakePipes/workflows/HiC/Snakefile
@@ -134,6 +134,8 @@ onstart:
     if toolsVersion:
         usedEnvs = [CONDA_SHARED_ENV, CONDA_HIC_ENV]
         cf.writeTools(usedEnvs, outdir, "HiC", maindir)
+    if sampleSheet:
+        cf.copySampleSheet(sampleSheet, wdir)
 
 ### main rule ##################################################################
 ################################################################################

diff --git a/snakePipes/workflows/WGBS/Snakefile b/snakePipes/workflows/WGBS/Snakefile
@@ -159,6 +159,8 @@ onstart:
     if toolsVersion:
         usedEnvs = [CONDA_SHARED_ENV, CONDA_WGBS_ENV]
         cf.writeTools(usedEnvs, outdir, pipeline, maindir)
+    if sampleSheet:
+        cf.copySampleSheet(sampleSheet, wdir)
 
 ### main rule ##################################################################
 ################################################################################

diff --git a/snakePipes/workflows/mRNA-seq/Snakefile b/snakePipes/workflows/mRNA-seq/Snakefile
@@ -343,6 +343,8 @@ onstart:
     if toolsVersion:
         usedEnvs = [CONDA_SHARED_ENV, CONDA_RNASEQ_ENV]
         cf.writeTools(usedEnvs, outdir, "mRNA-seq", maindir)
+    if sampleSheet:
+        cf.copySampleSheet(sampleSheet, wdir)
 
 ### main rule ##################################################################
 ################################################################################

diff --git a/snakePipes/workflows/noncoding-RNA-seq/Snakefile b/snakePipes/workflows/noncoding-RNA-seq/Snakefile
@@ -145,6 +145,8 @@ onstart:
     if toolsVersion:
         usedEnvs = [CONDA_SHARED_ENV, CONDA_NONCODING_RNASEQ_ENV]
         cf.writeTools(usedEnvs, outdir, "noncoding-RNA-seq", maindir)
+    if sampleSheet:
+        cf.copySampleSheet(sampleSheet, wdir)
 
 ### main rule ##################################################################
 ################################################################################