CRISPRdirect

CRISPRdirect is a web server for selecting rational CRISPR-Cas9 guide RNAs.
The web server of CRISPRdirect is freely available to all users.
CRISPRdirect web server: https://GGGenome.dbcls.jp/en/

CRISPR-Cas9システムのターゲット配列を設計するウェブサービスです。
どなたでも無償で自由に利用できます。

• https://crispr.dbcls.jp/
  本レポジトリにあるCGIが実際に稼働しています。

API

下記の変数を設定し ./ に POST または GET すると設計結果を取得できます。

• userseq (省略不可)
  FASTA形式、または塩基配列のみを含むテキスト。
  塩基構成文字以外は除去され、UはTに置換される。

• accession (省略可)
  設計には使われないが、accession番号を設計結果に表示できる。

• pam (省略可)
  PAMを指定。現在は3塩基に限定。省略時は NGG 。

• db (省略可)
  特異性確認のためのデータベース。
  hg19 : ヒトゲノム
  mm10 : マウスゲノム
  rn5 : ラットゲノム
  その他 → 利用可能な生物種一覧

• format (省略可)
  設計結果のフォーマット。
  html : HTML（省略時のデフォルト)
  txt : タブ区切りテキスト
  json : JSON形式

• download (省略可)
  検索結果をファイルとしてダウンロード (txt, jsonのみ)

関連プロジェクト

• siDirect (http://siDirect.RNAi.jp/)
  哺乳類細胞で活性が高く標的遺伝子に特異的なsiRNAの設計ウェブサーバ

• 統合遺伝子検索GGRNA (https://GGRNA.dbcls.jp/)
  遺伝子をGoogleのように検索できるウェブサーバ → 紹介記事

• 高速配列検索GGGenome (https://GGGenome.dbcls.jp/)
  ゲノム等の塩基配列を高速に検索できるウェブサーバ

License

Copyright © 2013-2021 Yuki Naito (@meso_cacase) at
Database Center for Life Science (DBCLS), Japan.
This software is distributed under modified BSD license.