bonito on CPU - strange core selection

[colindaven]

Hi,

running bonito latest (14. 8 .2020, downloaded via pip today), I get very strange CPU usage.

80 core HT CPU.

1-20 and 61-80 are used, but not the other cores (htop, Ubuntu 20.04). Is this expected ?

python3 --version
Python 3.6.3 :: Anaconda, Inc.

bonito --version
bonito 0.2.1

Thanks,
Colin

  1  [|                                   1.9%]    21 [                                    0.0%]   41 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||92.9%]    61 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||92.9%]
  2  [|||||||||||||||||||||||||||||||||||92.8%]    22 [                                    0.0%]   42 [||||||                             11.0%]    62 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||92.8%]
  3  [|||||||||||||||||||||||||||||||||||92.8%]    23 [                                    0.0%]   43 [                                    0.0%]    63 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||92.9%]
  4  [|||||||||||||||||||||||||||||||||||92.9%]    24 [                                    0.0%]   44 [                                    0.0%]    64 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||92.9%]
  5  [||||||||||||||||||||||||||||||||||100.0%]    25 [                                    0.0%]   45 [                                    0.0%]    65 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||92.8%]
  6  [|||||||||||||||||||||||||||||||||||92.8%]    26 [                                    0.0%]   46 [                                    0.0%]    66 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||92.9%]
  7  [|||||||||||||||||||||||||||||||||||92.9%]    27 [                                    0.0%]   47 [                                    0.0%]    67 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||92.8%]
  8  [|||||||||||||||||||||||||||||||||||92.9%]    28 [                                    0.0%]   48 [                                    0.0%]    68 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||92.8%]
  9  [|||||||||||||||||||||||||||||||||||92.8%]    29 [                                    0.0%]   49 [||                                  1.9%]    69 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||92.8%]
  10 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||92.8%]    30 [                                    0.0%]   50 [|                                   0.6%]    70 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||92.9%]
  11 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||92.8%]    31 [                                    0.0%]   51 [|                                   0.6%]    71 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||92.9%]
  12 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||92.8%]    32 [                                    0.0%]   52 [                                    0.0%]    72 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||92.2%]
  13 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||92.9%]    33 [                                    0.0%]   53 [                                    0.0%]    73 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||92.8%]
  14 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||92.8%]    34 [                                    0.0%]   54 [                                    0.0%]    74 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||92.9%]
  15 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||92.8%]    35 [                                    0.0%]   55 [                                    0.0%]    75 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||92.8%]
  16 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||92.8%]    36 [                                    0.0%]   56 [                                    0.0%]    76 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||92.9%]
  17 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||92.9%]    37 [                                    0.0%]   57 [                                    0.0%]    77 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||92.9%]
  18 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||92.9%]    38 [                                    0.0%]   58 [                                    0.0%]    78 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||92.9%]
  19 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||92.2%]    39 [                                    0.0%]   59 [                                    0.0%]    79 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||92.8%]
  20 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||92.8%]    40 [                                    0.0%]   60 [                                    0.0%]    80 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||92.8%]

[colindaven]

You can probably disregard, it's evening up now

 1  [|                                   1.9%]    21 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||98.7%]   41 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||98.7%]    61 [                                    0.0%]
  2  [                                    0.0%]    22 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||98.1%]   42 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||98.7%]    62 [                                    0.0%]
  3  [|||||||||||||||||||||||||||||||||||98.7%]    23 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||98.7%]   43 [|                                   0.6%]    63 [                                    0.0%]
  4  [|                                   0.6%]    24 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||98.7%]   44 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||98.7%]    64 [                                    0.0%]
  5  [|||||||||||||||||||||||||||||||||||98.7%]    25 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||98.7%]   45 [                                    0.0%]    65 [                                    0.0%]
  6  [|||||||||||||||||||||||||||||||||||99.3%]    26 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||98.7%]   46 [                                    0.0%]    66 [                                    0.0%]
  7  [                                    0.0%]    27 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||98.1%]   47 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||98.7%]    67 [                                    0.0%]
  8  [|||||||||||||||||||||||||||||||||||98.1%]    28 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||98.7%]   48 [                                    0.0%]    68 [                                    0.0%]
  9  [|||||||||||||||||||||||||||||||||||98.1%]    29 [|                                   1.3%]   49 [                                    0.0%]    69 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||98.7%]
  10 [|                                   0.6%]    30 [|                                   0.6%]   50 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||98.1%]    70 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||98.1%]
  11 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||98.7%]    31 [                                    0.0%]   51 [                                    0.0%]    71 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||98.7%]
  12 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||98.1%]    32 [                                    0.0%]   52 [                                    0.0%]    72 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||98.7%]
  13 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||98.7%]    33 [                                    0.0%]   53 [                                    0.0%]    73 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||98.1%]
  14 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||98.1%]    34 [                                    0.0%]   54 [                                    0.0%]    74 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||98.7%]
  15 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||98.7%]    35 [                                    0.0%]   55 [                                    0.0%]    75 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||98.7%]
  16 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||98.7%]    36 [                                    0.0%]   56 [||                                  3.9%]    76 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||98.7%]
  17 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||98.7%]    37 [                                    0.0%]   57 [                                    0.0%]    77 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||98.7%]
  18 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||98.1%]    38 [                                    0.0%]   58 [||                                  2.0%]    78 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||98.1%]
  19 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||98.7%]    39 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||98.7%]   59 [                                    0.0%]    79 [|                                   0.6%]
  20 [|                                   1.3%]    40 [                                    0.0%]   60 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||98.7%]    80 [|||||||||||||||||||||||||||||||||||98.7%]

[iiSeymour]

Hey @colindaven

I pretty exclusively stick to GPU but my guess is this is probably the Intel MKL/MKL-DNN libraries scheduling work to only the physical cores split by numa zones.