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NIBB GI トレーニングコース

基礎生物学研究所 ゲノムインフォマティクス・トレーニングコース 2016 3月

「RNA-seq解析入門」

公式HP@基生研

宿題

受講生の方は以下の宿題を終わらせてトレーニングコースにのぞんで下さい。

• 宿題 (updated Feb 27, 2016)

講義資料 & 演習課題

講義資料

• 講義テキスト（PDF完全版）
• 練習問題集（PDF完全版）

以下の補足資料は環境を整える際に参考になるでしょう。 PDF

• Mac UNIX環境構築ガイド
• Windows UNIX環境構築ガイド

講義資料の著作権は基礎生物学研究所に帰属します。無断転載や営利使用を禁止します。引用等のお問い合わせは重信准教授まで (shige@nibb.ac.jp)

練習問題・実戦演習

• exercises

Errata

• Errata テキストの修正個所が見つかればここに記します。練習問題はwikiを直接修正します。

参考

UNIX/R 入門

• NIBB GI トレーニングコース 2016春 準備編

Web links

NGS Informatics

• [samtools] (http://samtools.sourceforge.net/)
• [bowtie2] (http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml/)
• [RSEM] (http://deweylab.biostat.wisc.edu/rsem/)
• [eXpress] (http://bio.math.berkeley.edu/eXpress/overview.html)
• [tophat2] (https://ccb.jhu.edu/software/tophat/index.shtml)
• [cufflinks] (http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/)
• [bedtools] (http://code.google.com/p/bedtools/)
• [IGV] (http://www.broadinstitute.org/software/igv/)
• [JBrowse] (http://jbrowse.org/)

R

• [R home] (http://cran.r-project.org/)
• [R japanese Wiki] (http://www.okada.jp.org/RWiki/)
• [Bioconductor] (http://www.bioconductor.org/)
  • [edgeR] (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/edgeR.html/)

Programing

• [BioRuby] (http://bioruby.open-bio.org/)
• [BioPerl] (http://www.bioperl.org/wiki/Main_Page)
• [BioPython] (http://biopython.org/wiki/Main_Page)

参考図書

自習の参考に。

新Ｌｉｎｕｘ／ＵＮＩＸ入門　改訂（ソフトバンククリエイティブ） 林晴比古　[ISBN: 9784797327427]

バイオサイエンスの統計学―正しく活用するための実践理論(南江堂) 市原清志 [ISBN: 978-4-524-22036-6]

Rの基礎とプログラミング技法(丸善出版) U.リゲス著　石田基広訳 [ISBN: 978-4-621-06131-2]

FAQ

FAQ

その他

Tips updated!