/
BC02.variants.freqs.txt
288 lines (288 loc) · 11.4 KB
/
BC02.variants.freqs.txt
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
Pos Qual Freq Ref Base UngappedCoverage TotalCoverage
66 0 0.003006012024048096 C A 1996 2029
70 0 0.00399002493765586 A C 2005 2029
118 0 0.03500583430571762 C A 1714 2031
122 0 0.0546875 A G 1792 2031
123 0 0.007692307692307693 A C 1820 2031
125 0 0.015734265734265736 G A 1716 2031
144 0 0.016201117318435754 A G 1790 2032
160 0 0.006986027944111776 A G 2004 2032
326 0 0.043815862451469775 G A 1803 2033
346 0 0.06613625062158131 C T 2011 2030
350 0 0.011788826242952332 A T 1951 2029
359 0 0.052788844621513946 C T 2008 2028
417 0 0.03234773818549406 C G 3957 4195
423 0 0.0835374816266536 G A 4082 4195
467 0 0.11510974987238387 T C 3918 4171
475 0 0.0801209372637944 C T 3969 4121
496 0 0.07496325330720235 G A 2041 2111
523 0 0.08731307284129282 A G 2073 2114
558 0 0.07220039292730845 T A 2036 2114
653 0 0.08845958312150483 G A 1967 2114
719 0 0.07679544915856838 T C 4219 4330
779 0 0.06922533553096304 C T 4247 4312
798 0 0.039442039442039445 T C 2079 2094
803 0 0.08040442946557536 A G 2077 2094
834 0 0.024826216484607744 C T 2014 2097
837 0 0.14254975793437333 T C 1859 2097
906 0 0.03125 C T 2016 2097
950 0 0.08625730994152046 G A 2052 2096
988 0 0.0105 T A 2000 2091
1070 0 0.1398989898989899 C T 1980 2055
1088 0 0.012858555885262116 C A 2022 2055
1175 0 0.30373095112979503 A G 1903 2056
1187 0 0.18419556566230813 T G 1759 2056
1337 0 0.09535573122529645 A T 4048 4218
1343 0 0.08684738955823293 C T 3984 4217
1442 0 0.12206572769953052 C T 1917 2030
1469 0 0.011404872991187144 A T 1929 2030
1475 0 0.06566416040100251 A G 1995 2030
1499 0 0.07850779510022271 G A 1796 2030
1655 0 0.14420157862780814 C T 3294 3459
1736 0 0.12125435540069686 A G 1435 1446
1742 0 0.006382978723404255 C T 1410 1446
1810 0 0.00766016713091922 A T 1436 1446
1904 0 0.16749488453668518 T C 3421 3547
1922 0 0.11761280931586608 C T 3435 3534
1965 0 0.23424828446662507 T G 3206 3466
2066 0 0.20833333333333334 C T 2016 2065
2093 0 0.07818088911599387 T C 1957 2065
2111 0 0.07479508196721311 T G 1952 2065
2156 0 0.049773755656108594 G A 1768 2051
2253 0 0.025628013194620654 G A 3941 4164
2282 0 0.04683342203299627 A G 1879 2064
2285 0 0.11393692777212615 C T 1966 2064
2298 0 0.11809427268119614 T C 1973 2064
2351 0 0.012845849802371542 A G 2024 2064
2394 0 0.08413098236775819 A G 1985 2064
2411 0 0.09528585757271815 C T 1994 2064
2525 0 0.07877316857899382 G A 4532 4691
2570 0 0.09444564512643182 C T 4627 4687
2606 0 0.18626126126126127 C T 4440 4615
2648 0 0.13157894736842105 T G 1976 2126
2654 0 0.10927835051546392 C T 1940 2126
2694 0 0.008220502901353965 A G 2068 2126
2765 0 0.012066365007541479 T G 1989 2126
2767 0 0.044605809128630707 T C 1928 2126
2797 0 0.02634978041849651 G C 3871 4161
2828 0 0.16465665764213636 C T 4063 4157
2855 0 0.13629363449691992 T C 3896 4152
2864 0 0.09378960709759189 A G 3945 4151
2905 0 0.03571428571428571 C T 2072 2111
2914 0 0.016566265060240965 A G 1992 2112
2922 0 0.03381402287419195 C T 2011 2112
2923 0 0.055842812823164424 T C 1934 2112
2925 0 0.011143410852713179 A G 2064 2112
2943 0 0.020813165537270088 A G 2066 2112
2974 0 0.008244422890397672 T G 2062 2114
2975 0 0.013975903614457831 A C 2075 2114
3008 0 0.00625 A G 2080 2114
3012 0 0.011020603737422138 T A 2087 2114
3018 0 0.031385803959439885 T G 2071 2114
3019 0 0.02072289156626506 T C 2075 2114
3038 0 0.11652852267186738 T C 2051 2112
3050 0 0.10997566909975669 T C 2055 2110
3052 0 0.10809500727096462 T C 2063 2110
3071 0 0.10534998821588498 A G 4243 4657
3110 0 0.09874366321357725 T C 4537 4653
3137 0 0.07340260888790626 T C 4523 4647
3148 0 0.2214046822742475 T C 4485 4640
3149 0 0.011653474054529463 G A 4548 4639
3168 0 0.0052732502396931925 A C 2086 2149
3203 0 0.09682804674457429 G A 1797 2153
3254 0 0.09294403892944039 T C 2055 2153
3282 0 0.041375872382851446 A G 2006 2153
3295 0 0.03276283618581907 A G 2045 2153
3296 0 0.061663479923518165 C T 2092 2153
3373 0 0.005368814192343604 G C 4284 4330
3405 0 0.013064133016627079 A G 4210 4315
3472 0 0.00868544600938967 G T 4260 4334
3473 0 0.12379610054028659 C T 4257 4334
3518 0 0.09710078232857801 C T 2173 2216
3535 0 0.05934579439252336 T C 2140 2216
3566 0 0.12143858010275572 C T 2141 2216
3593 0 0.10328415040456926 C T 2101 2216
3605 0 0.10004675081813932 G A 2139 2216
3617 0 0.08615537848605578 G A 2008 2216
3767 0 0.0361225422953818 A T 2187 2343
3806 0 0.02962962962962963 A T 2295 2357
3827 0 0.05799026117751217 C T 2259 2357
3854 0 0.03122043519394513 A G 2114 2357
3885 0 0.04008714596949891 T C 2295 2357
3928 0 0.03789198606271777 T C 2296 2357
3989 0 0.09354413702239789 T C 4554 4625
4030 0 0.060534591194968554 C T 3816 4622
4056 0 0.010023310023310023 A G 4290 4623
4083 0 0.006243996157540826 T G 2082 2298
4085 0 0.14580529385374608 T C 2229 2298
4094 0 0.12525773195876289 C T 1940 2298
4095 0 0.005516549648946841 T G 1994 2298
4106 0 0.15697990222705052 A G 1841 2298
4238 0 0.1671309192200557 C T 2154 2298
4295 0 0.16792770071458596 A G 4758 4975
4331 0 0.020374562667215476 T C 4859 4951
4407 0 0.04105011933174224 G A 2095 2215
4454 0 0.0892774965485504 G A 2173 2215
4481 0 0.07670182166826463 G A 2086 2215
4493 0 0.11126629422718808 C T 2148 2215
4523 0 0.11904761904761904 G A 2100 2215
4536 0 0.06304647952139898 A G 2173 2215
4544 0 0.004631773969430292 T G 2159 2215
4592 0 0.0838569880823402 A G 4615 4755
4595 0 0.07213547393886079 C T 4547 4754
4733 0 0.12263157894736842 T C 1900 2023
4748 0 0.01993704092339979 C T 1906 2023
4751 0 0.08393039918116683 T C 1954 2023
4883 0 0.0739906103286385 T C 5325 5470
4930 0 0.07350928641251223 C T 5115 5475
4988 0 0.16381156316916487 G A 2802 2907
5000 0 0.10853293413173652 T C 2672 2910
5036 0 0.10990168539325842 C T 2848 2910
5038 0 0.031216743526073076 A G 2819 2910
5041 0 0.039927404718693285 G A 2755 2910
5060 0 0.10209889718961224 T C 2811 2910
5066 0 0.15255448374419436 C T 2799 2910
5087 0 0.09767441860465116 C T 2795 2910
5096 0 0.10265613783201723 T C 2786 2910
5156 0 0.09232401839405731 C T 2827 2909
5163 0 0.026219192448872573 C T 5721 5961
5267 0 0.18960722975321515 T C 5754 6014
5282 0 0.020171899666725137 T C 5701 6015
5308 0 0.01229120705956508 T C 3173 3248
5315 0 0.1619672131147541 G A 3050 3250
5369 0 0.31810973675864257 C T 3153 3253
5375 0 0.2894314166398972 A G 3113 3253
5387 0 0.30584192439862545 C T 3201 3253
5406 0 0.0025284450063211127 A C 3164 3253
5561 0 0.11865828092243187 C T 4770 4919
5591 0 0.09873873873873874 T C 2775 2887
5668 0 0.008501594048884165 T G 2823 2890
5680 0 0.14953959484346224 C T 2715 2890
5717 0 0.16251778093883357 C T 2812 2890
5734 0 0.0355998576005696 C T 2809 2890
5828 0 0.13370809074483037 T C 4981 5055
6002 0 0.10841423948220065 T C 1854 2012
6011 0 0.01150575287643822 A C 1999 2012
6012 0 0.003048780487804878 C T 1968 2012
6038 0 0.005159958720330237 T C 1938 2012
6056 0 0.14322381930184805 C T 1948 2012
6092 0 0.10501193317422435 C T 5447 6039
6101 0 0.12272958750636564 T C 5891 6038
6164 0 0.12535756352010768 C T 5943 6030
6202 0 0.0124750499001996 A G 2004 2031
6352 0 0.006117908787541713 T C 1798 2026
6363 0 0.13063524590163936 C T 1952 2026
6443 0 0.13182016586643386 G A 2291 2467
6452 0 0.06718878812860676 C T 2426 2463
6473 0 0.023076923076923078 T C 260 388
6488 0 0.015789473684210527 A G 380 388
6512 0 0.07012987012987013 C T 385 388
6533 0 0.029023746701846966 A G 379 388
6556 0 0.05361930294906166 T C 373 388
6560 0 0.00267379679144385 G C 374 388
6561 0 0.008 C A 375 388
6574 0 0.005361930294906166 G A 373 388
6584 0 0.08985507246376812 T C 345 388
6608 0 0.09138381201044386 G A 383 388
6626 0 0.03367875647668394 C T 386 388
6629 0 0.03296703296703297 A C 364 388
6651 0 0.01791044776119403 A G 335 336
6671 0 0.031578947368421054 C T 285 302
6672 0 0.0 T C 300 302
6684 0 0.006779661016949152 A C 295 300
6694 0 0.0 G T 282 283
6746 0 0.09059912323429128 C T 2053 2156
6890 0 0.13072568193515183 A G 1943 2053
6989 0 0.11133069828722003 C T 4554 4638
7037 0 0.11682345219864362 C T 4571 4628
7049 0 0.10672645739910314 C T 4460 4626
7050 0 0.10639862711448884 T C 4079 4626
7094 0 0.21392532795156408 C T 1982 2062
7148 0 0.11618669314796425 T C 2014 2062
7151 0 0.146807440925088 C T 1989 2062
7157 0 0.10361067503924647 C T 1911 2062
7175 0 0.11675392670157068 C T 1910 2062
7229 0 0.007808433107756377 A C 1921 2062
7432 0 0.003954522985664854 T G 2023 2071
7451 0 0.20658682634730538 C T 2004 2071
7482 0 0.003036437246963563 T G 1976 2071
7488 0 0.03715170278637771 T G 1938 2071
7493 0 0.08388074785245073 G T 1979 2071
7505 0 0.09553478712357218 T C 1926 2071
7517 0 0.15539494062983997 C T 1937 2071
7538 0 0.09140859140859141 A G 2002 2071
7568 0 0.10411105178857448 T C 1873 2069
7577 0 0.10624263839811543 T C 4245 4441
7604 0 0.1616111387369468 T C 4022 4439
7647 0 0.025011910433539782 G A 4198 4432
7667 0 0.020005196154845414 T C 3849 4418
7679 0 0.07507288629737609 A G 4116 4411
7713 0 0.11395856052344602 T C 1834 2039
7771 0 0.01347557551937114 T G 1781 2039
7826 0 0.11181102362204724 T C 1905 2039
7869 0 0.05347885402455662 C A 3665 4025
7916 0 0.21736785329018338 C T 3708 4014
7937 0 0.10371517027863777 C T 3876 4013
7939 0 0.09964322120285422 T C 3924 4012
7983 0 0.014431749849669273 G T 1663 1890
7993 0 0.008038585209003215 G T 1866 1895
8007 0 0.10891089108910891 G A 1818 1900
8045 0 0.024167561761546726 T C 1862 1904
8056 0 0.014830508474576272 T G 1888 1905
8060 0 0.058315334773218146 C T 1852 1905
8105 0 0.0966183574879227 C T 1863 1905
8184 0 0.02463605823068309 G A 1786 1853
8215 0 0.008098223615464995 T G 3828 4103
8296 0 0.006685523270763692 C A 3889 3999
8387 0 0.06521739130434782 C T 1932 2101
8408 0 0.12406576980568013 T C 2007 2101
8429 0 0.09376693766937669 G A 1845 2101
8516 0 0.07204843592330978 A G 4955 5083
8538 0 0.024336283185840708 G A 4972 5081
8555 0 0.05337423312883435 C T 4890 5076
8597 0 0.16675037669512807 T C 1991 2077
8823 0 0.14553764734183305 C T 4157 4336
8852 0 0.10232446681044811 C T 4173 4336
8888 0 0.09537856440511308 T C 2034 2116
8925 0 0.025423728813559324 T C 1888 2117
9037 0 0.022448979591836733 G A 1960 2117
9098 0 0.08395872420262664 T C 4264 4365
9176 0 0.08309591642924977 C T 4212 4324
9200 0 0.08528341133645345 G A 1923 2127
9225 0 0.06925996204933586 C T 2108 2127
9242 0 0.13116420945602442 T C 1967 2127
9272 0 0.10454985479186835 C T 2066 2127
9296 0 0.08762638420799229 T C 2077 2127
9344 0 0.007285089849441476 G A 2059 2127
9434 0 0.03618843683083512 A G 4670 4737
9455 0 0.048030101814962374 G A 4518 4728
9461 0 0.01417830290010741 A G 4655 4714
9503 0 0.02962962962962963 C T 1755 2078
9527 0 0.05742092457420925 A G 2055 2078
9548 0 0.03436426116838488 T C 2037 2078
9623 0 0.030791788856304986 C T 2046 2078
9677 0 0.16853360488798372 G A 3928 4131
9704 0 0.05489906450024618 C T 4062 4122
9713 0 0.025163563160543533 C T 3974 4120
9723 0 0.0007394626571358146 A T 4057 4113
9724 0 0.03347489382962778 T A 4003 4113
9758 0 0.10103499260719566 A G 2029 2056
9884 0 0.13041289023162134 G A 1986 2057
9887 0 0.10109561752988047 C T 2008 2057
9896 0 0.0980788675429727 T A 1978 2057
9899 0 0.0696594427244582 A G 1938 2057
9968 0 0.026355047240179015 T C 2011 2049
10097 0 0.13138486752253484 C T 3661 3744
10192 0 0.028720626631853787 G A 1915 2007
10217 0 0.07281299109481404 A G 1909 2007
10230 0 0.09326145552560647 C T 1855 2007
10281 0 0.11451135241855874 G A 2026 2081
10286 0 0.12563067608476286 C T 1982 2081
10314 0 0.09985170538803757 A G 2023 2078
10349 0 0.12109181141439206 T C 2015 2069
10361 0 0.2012847965738758 T C 1868 2066
10376 0 0.11157455683003129 G A 1918 2053
10392 0 0.0 A G 1 1
10477 0 0.0 T C 1 1
10611 0 0.0 T G 1 1
10612 0 0.0 T C 1 1