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BDMCC V1.0.6
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@ningyile ningyile released this 11 May 13:31
· 1 commit to main since this release
V1.0.6
8e60fdf
This commit was created on GitHub.com and signed with GitHub’s verified signature.
GPG key ID: B5690EEEBB952194
Learn about vigilant mode.

重症大数据行者 BDMCC V1.0.6

简要说明

  • 安装前请确保PostgreSQL已经正确安装并配置环境变量，下列说明为简要说明，具体说明和安装使用方法请详见BDMCC项目首页说明文档。
  • 本软件仅提供一键安装功能，不提供任何数据集的下载！安装所需的数据集请自行前往官网进行申请，请遵守数据使用协议，维护良好学术道德风尚。
  • 所有软件均无病毒无后门！请于本软件唯一官网放心下载安装使用。

Windows系统下载安装说明

  • Windows系统仅支持Win10 2004及其后续版本（包括Win11）的X64架构，目前仅在Win10 22H2版本进行了测试。Windows系统查看版本的方法：按【Windows徽标键键】+【R】，并在【打开】框中键入“cmd”，然后输入"where psql"。如果cmd终端中出现C:\Program Files\PostgreSQL\16\bin\psql.exe等类似结果即表明该PostgreSQl已经安装配置完毕。请注意安装路径使用英文字母。

MacOS系统下载安装说明

  • MacOS Intel与M1/M2系列芯片的设备在安装后首次启动BDMCC软件时均会提示:无法打开BDMCC.app，因为无法验证开发者。请单击“取消”并使用如下方法解决：
    1.打开【终端】，在终端中输入下列代码，以开启“任何来源”。 
    sudo spctl  --master-disable
    2.单击选择菜单：接着打开【系统偏好设置】，选择【安全性与隐私】，选择【通用】，可以看到【任何来源】已经选定。
    3.窗口底部允许从以下位置下载的App会看到：已阻止使用“BDMCC”，因为来自身份不明的开发者。点击后面的【仍要打开】按钮。
    4.在弹出的确认弹窗中，点击【打开】按钮即可。
    5.如果发现还是显示“已损坏，无法打开。您应该将它移到废纸篓”。请单击【取消】。接下来在终端粘贴复制输入命令（注意最后有一个空格）： 
    sudo xattr -r -d com.apple.quarantine /Applications/BDMCC.app
  • macOS Intel系列芯片请下载安装BDMCC_1.0.6_x64.dmg。理论上支持Big Sur以后的版本，目前仅在10代Intel芯片的Big Sur 11.6.1版本上进行了测试。
  • macOS M1/M2系列芯片请下载安装BDMCC_1.0.6_aarch64.dmg。理论上支持Big Sur以后的版本，目前仅在M2 Max的Sonoma 14.1.1版本上进行了测试，建议将系统更新至最新版使用。

Linux系统下载安装说明

  • Linux系统理论上支持所有Debian系发行版系统，目前仅在Ubuntu LTS 22.04版本进行了测试，如果在Linux上使用，强烈建议使用Ubuntu系统，其他发行版Linux不保证可正常运行。由于各发行版的Debian系统安装后可能缺失必要的依赖库。故需要下载本项目中的二进制程序bdmcc_dep，以完成依赖库的自动化校验，如查到缺失依赖库，则该程序会进行自动化安装。假如将二进制程序bdmcc_dep下载至桌面，则需在桌面打开终端，并输入以下命令即可完成依赖库的自动化校验及安装：
./bdmcc_dep
  • 完成依赖库校验后，请下载BDMCC_1.0.6_amd64.deb安装包，于所在路径开启终端，然后在终端下键入以下命令(xxxxxx修改为相应的BDMCC的版本号)即可完成安装：
sudo dpkg -i BDMCC_xxxxxx_amd64.deb

更新日志

  • V1.0.6 V1.0.6 增加INSPIRE V1.2数据的一键安装。
  • V1.0.5 增加MIMIC-IV V2.2数据集的ED、Note模块的一键安装（需要首先至少完成MIMIC-IV数据集中Base模块的安装方可执行ED、Note的安装）；增加显示数据集官网、数据源文件子文件夹路径提示功能。
  • V1.0.4 增加AmsterdamUMCdb V1.0.2、PIC V1.1.0、SiCdb V1.0.5三个数据集的安装支持，此版本客户端中三个数据集的安装支持仅有Base模块（官方仅只有Base或干脆未提供PG安装方法），对应的BDMCC模块后续版本客户端完善；新增MIMIC-III V1.4、MIMIV-III CareVue V1.4、MIMIC-IV V2.0、MIMIC-IV V2.2数据集中BDMCC模块的一些干预措施字段（例如是否使用白蛋白、RRT等），使用时仅需单独升级BDMCC模块即可，无需重复安装对应的Base和Concepts模块。
  • V1.0.3 更新MIMIC系列数据集安装代码（主要是Concepts相关代码），与MIT官方保持同步（更新至2024-1-1）；增加对MIMIC-IV V2.2数据集的支持；增加MIMIC-III V1.4、MIMIC-III-CareVue V1.4的BDMCC增强表单；增加网络故障时相关信息的提示；优化云连接获取逻辑（云链接timeout阈值为30s，增加全国/全球动态IP加速）；增加数据集文件校验，以及Base、Concepts、BDMCC模块单独校验功能。
  • V1.0.2 修复MIMIC-IV V2.0数据集下的BDMCC模块的bdmcc_population表单安装至Concepts模块下（mimic_derived模式下）的bug；优化首次启动时PG用户设置显示标签。
  • V1.0.1 支持MIMIC-III-Demo V1.4、MIMIC-III V1.4、MIMIC-III-CareVue V1.4、MIMIC-IV V2.0、eICU V2.0数据集安装。其中MIMIC-IV V2.0含增强型系列表单BDMCC（目前MIMIC-IV V2.0只包含bdmcc_population。MIMIC-III V1.4、MIMIC-III-CareVue V1.4暂无BDMCC系列表单，后续会陆续更新），可有效减少后期R语言代码。
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