Ubuntu18 Singularity

Ubuntu Linux 18.04 (Bionic) + 解析用ツール全部入りの Singularityコンテナ

前提

Ubuntu Linuxにdebootstrap他の必要なソフトをインストールする場合は以下の通り。

sudo apt update
sudo apt upgrade
sudo apt install build-essential libtool automake libarchive-dev debootstrap git

Singularityはversion 2.x系でも3.x系でもよい。（今はもう3.x系推奨）

• Singularityのインストール方法（Official Document)

使い方

# コンテナのビルド
git clone http://gitlab.ddbj.nig.ac.jp/oogasawa/singularity-ubuntu18
cd singularity-ubuntu18
mkdir $HOME/singularity-images
sudo singularity build --sandbox $HOME/singularity-images/ubuntu18 Singularity

# コンテナ内での作業
sudo singularity shell --write $HOME/singularity-images/ubuntu18

# *.sifファイルに固めてスパコンなど共用計算機にコピー
sudo singularity build ubuntu18.sif $HOME/singularity-images/ubuntu18