【周刊】第 123 期

[ShixiangWang]

生信爱好者周刊（第 123 期）：Hello GPT-4o

这里记录每周值得分享的生信相关内容，周日发布。

本杂志开源（GitHub: openbiox/weekly），欢迎提交 issue，投稿或推荐生信相关内容。

「生信周刊讨论区」

封面图

• 【推荐】封面 | Decoding bio #2294

本周话题：

• https://gpthanghai.com/posts/gpt/gpt4o.html

生信研究

• 【推荐】复旦大学樊嘉/高强/张晓明等合作最新Science #2289 1
• 【推荐】生信研究 | NAR | 世界上首个基于荧光图像数据的单细胞多组学数据库——iSMOD #1738 2
• 【推荐】生信研究 | Nat Commun | 王建新/罗峰/肖传乐建立甲基化检测新算法，可利用HiFi测序准确检测基因组单倍型5mC #1750 3

博文资讯

• 【推荐】博文资讯 | BWA序列比对方法丨针对较大基因组的并行计算和性能优化方式，利用多线程和负载均衡策略提高效率 #1747 4
• 【推荐】博文资讯 | 警惕某些公司临床前数据造假 #1729 5
• 【推荐】博文资讯 | GENESPACE优雅的绘制基因组共线性图 #1726 6

工具

• 【推荐】博文资讯 | ​tidytof:一种可扩展和可重现的高维细胞数据分析的整洁框架 #1756 7
• 【推荐】工具 | https://github.com/vanallenlab/comut #1689 8
• 【推荐】工具| https://github.com/lilab-bcb/pegasus #1829 9

资源

• 【推荐】资源推荐 | Intermediate Research Programming Course #2274 10

历史上的本周

贡献者（GitHub ID）

「Openbiox 生信周刊」运维小队：

• @ShixiangWang（王诗翔）
• @kkjtmac（阚科佳）
• @NiEntropy（赵启祥）
• @He-Kai-fly（何凯）
• @JnanZhang（张佳楠）
• @Tomcxf（陈啸枫）
• @wangdepin（王德品）
• @kongjianyang（空间阳）
• @donghongyu2020（董弘禹）
• @DrRobinLuo（罗鹏）

订阅

这个周刊每周日发布，同步更新在微信公众号「优雅R」（elegant-r）上。

微信搜索“优雅R”或者扫描二维码，即可订阅。

（完）

[ShixiangWang]

@openbiox/weekly

[kongjianyang]

2、5

[kongjianyang]

2、世界上首个基于荧光图像数据的单细胞多组学数据库——iSMOD

文章介绍了世界上首个基于荧光图像数据的单细胞多组学数据库iSMOD。随着多组学数据的激增,整合现有数据以供后续研究使用变得关键。iSMOD数据库集成了多个公共数据库的基因、物种、蛋白、细胞类型及探针信息,收录了23,288篇相关文献的荧光原位杂交(FISH)图像数据,包括空间基因组、转录组和蛋白质组数据。iSMOD的建立有助于整合和利用日益增长的成像多组学数据,促进相关研究的发展。

• 文章链接：https://academic.oup.com/nar/article/51/16/8348/7223586?login=false

5、警惕某些公司临床前数据造假

文章讨论了一家国内某公司的ADC药物在临床前和临床研究中存在数据造假嫌疑。

[ShixiangWang]

2、5

3、4

[NiEntropy]

2、5

3、4

1、8

[ShixiangWang]

3、[Nature Communications | 甲基化检测新算法可利用HiFi测序准确检测基因组单倍型5mC](https://mp.weixin.qq.com/s/M3LLDGstzm2JbgNifA8ORA)

DNA甲基化作为表观遗传的一种重要形式，在染色质结构和组织水平上的生物过程中起主要作用。近年来三代测序技术（牛津纳米孔测序和PacBio单分子实时测序）的迅速发展为DNA甲基化，尤其是为DNA 5mC的检测带来了新的机遇。本研究研究基于PacBio HiFi测序技术，提出了可准确检测全基因组单倍型5mC的方法和流程，并开发了相应的软件ccsmeth和ccsmethphase。

• 论文链接：https://doi.org/10.1038/s41467-023-39784-9

4、[BWA 对比针对较大基因组的并行计算和性能优化](https://mp.weixin.qq.com/s/q-SCYEKhZhEArzRmBirC-Q)

本文分享 BWA 软件的使用方法与流程简介，同时讨论针对大规模参考基因组的并行计算和性能优化方式，比如小麦等参考基因组复杂庞大的情况，利用切分片段和多线程技术快速进行序列比对，并补充 BWA 处理较大参考基因组的几种方法。

[NiEntropy]

1、 Science | 肿瘤浸润 B 细胞

A blueprint for tumor-infiltrating B cells across human cancers，全面分析了20种癌症类型中的B细胞。研究发现，肿瘤浸润B细胞的响应分为生发中心（GC）样和滤泡外（EF）两类。GC样响应的Bm cells与有效的抗肿瘤免疫和良好的预后相关，而EF响应的AtM B cells 则与免疫抑制和较差的预后相关。

• 论文连接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/38696569/

8、comut | 基于python的热图绘制

• github: https://github.com/vanallenlab/comut?tab=readme-ov-file

[ShixiangWang]

Thanks all.