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4cf578e
commit d7e5c92
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Original file line number | Diff line number | Diff line change |
---|---|---|
@@ -0,0 +1,45 @@ | ||
> Parámetros de Python són iguales a los parámetros largos (`--parámetro`) de Terminal, si no especificado de otra manera. Las banderas son parámetros de verdadero o falso (True/False) en Python. El manuál para cualquier modulo de gget se puede llamar desde la Terminal con la bandera `-h` `--help`. | ||
## gget cosmic 🪐 | ||
Busque genes, mutaciones, etc. asociados con cánceres utilizando la base de datos [COSMIC](https://cancer.sanger.ac.uk/cosmic) (Catálogo de mutaciones somáticas en cáncer). | ||
Produce: Resultados en formato JSON (Terminal) o Dataframe/CSV (Python). | ||
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**Parámetro posicional** | ||
`searchterm` | ||
Término de búsqueda. Puede ser una mutación, un gen (o ID de Ensembl), una muestra, etc., tal como se define con el argumento `entity`. Ejemplo: 'EGFR' | ||
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**Parámetros optionales** | ||
`-e` `--entity` | ||
'mutations', 'genes', 'cancer', 'tumour site', 'studies', 'pubmed', o 'samples'. Por defecto: 'mutations'. | ||
Define el tipo de término de búsqueda (`searchterm`). | ||
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`-l` `--limit` | ||
Limita el número de resultados producidos. Por defecto: 100. | ||
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`-o` `--out` | ||
Ruta al archivo en el que se guardarán los resultados, p. ej. ruta/al/directorio/resultados.csv (o .json). Por defecto: salida estándar (STDOUT). | ||
Para Python, usa `save=True` para guardar los resultados en el directorio de trabajo actual. | ||
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**Banderas** | ||
`-csv` `--csv` | ||
Solo para Terminal. Produce los resultados en formato CSV. | ||
Para Python, usa json=True para producir los resultados en formato JSON. | ||
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`-q` `--quiet` | ||
Solo para Terminal. Impide la información de progreso de ser exhibida durante la ejecución del programa. | ||
Para Python, usa `verbose=False` para imipidir la informacion de progreso de ser exhibida durante la ejecución del programa. | ||
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### Por ejemplo | ||
```bash | ||
gget cosmic -e genes EGFR | ||
``` | ||
```python | ||
# Python | ||
gget.cosmic("EGFR", entity="genes") | ||
``` | ||
→ Produce los resultados COSMIC para el gen 'EGFR': | ||
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| Gene | Alternate IDs | Tested samples | Simple Mutations | Fusions | Coding Mutations | ... | | ||
| -------------- |-------------------------| ------------------------| -------------- | ----------|-----|---| | ||
| EGFR| EGFR,ENST00000275493.6,... | 210280 | 31900 | 0 | 31900 | ... | | ||
| . . . | . . . | . . . | . . . | . . . | . . . | . . . | ... | |