Merge pull request #125 from pachterlab/dev

Dev -> Main: minor website updates

docs/src/en/introduction.md

@@ -15,7 +15,8 @@
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 `gget` consists of a collection of separate but interoperable modules, each designed to facilitate one type of database querying in a single line of code.   
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-
+The databases queried by `gget` are continuously being updated which sometimes changes their structure. `gget` modules are tested automatically on a biweekly basis and updated to match new database structures when necessary. If you encounter a problem, please upgrade to the latest `gget` version using `pip install --upgrade gget`. If the problem persists, please [report the issue](https://github.com/pachterlab/gget/issues/new/choose).  
+<br>
 [<kbd> <br> Request a new feature <br> </kbd>](https://github.com/pachterlab/gget/issues/new/choose)
 <br>
 

docs/src/en/search.md

@@ -13,10 +13,12 @@ One or more free form search words, e.g. gaba nmda. (Note: Search is not case-se
 Species or database to be searched.  
 A species can be passed in the format 'genus_species', e.g. 'homo_sapiens' or 'arabidopsis_thaliana'.  
 To pass a specific database, pass the name of the CORE database, e.g. 'mus_musculus_dba2j_core_105_1'.  
+
 All available core databases can be found here:  
 Vertebrates: [http://ftp.ensembl.org/pub/current/mysql/](http://ftp.ensembl.org/pub/current/mysql/)  
 Invertebrates: [http://ftp.ensemblgenomes.org/pub/current/](http://ftp.ensemblgenomes.org/pub/current/) + select kingdom + go to mysql/  
-Supported shortcuts: 'human', 'mouse'.  
+
+Supported shortcuts: 'human', 'mouse'  
 
 **Optional arguments**  
 `-r` `--release`   

docs/src/en/updates.md

@@ -13,7 +13,7 @@
   - The regex string for regular expression matches was encapsulated as follows: "(?=(regex))" (instead of directly passing the regex string "regex") to enable capturing all occurrences of a motif when the motif length is variable and there are repeats in the sequence ([https://regex101.com/r/HUWLlZ/1](https://regex101.com/r/HUWLlZ/1)).
 - [`gget setup`](./setup.md): Use the `out` argument to specify a directory the ELM database will be downloaded into. Completes [this feature request](https://github.com/pachterlab/gget/issues/119).
 - [`gget diamond`](./diamond.md): The DIAMOND command is now run with `--ignore-warnings` flag, allowing niche sequences such as amino acid sequences that only contain nucleotide characters and repeated sequences. This is also true for DIAMOND alignments performed within [`gget elm`](./elm.md).
-- [`gget ref`](./ref.md) and [`gget search`](./search.md) back-end change: the current Ensembl release is fetched from the new [release file](https://ftp.ensembl.org/pub/VERSION) on the Ensembl FTP site to avoid errors during uploads of new releases.
+- **[`gget ref`](./ref.md) and [`gget search`](./search.md) back-end change: the current Ensembl release is fetched from the new [release file](https://ftp.ensembl.org/pub/VERSION) on the Ensembl FTP site to avoid errors during uploads of new releases.**
 - [`gget search`](./search.md): 
   - FTP link results (`--ftp`) are saved in txt file format instead of json.
   - Fix URL links to Ensembl gene summary for species with a subspecies name and invertebrates.

docs/src/es/introduction.md

@@ -13,9 +13,10 @@
 
 `gget` es un programa gratuito de código fuente abierta de Terminal y Python que permite la consulta eficiente de bases de datos genómicas.  
 <br>
-`gget` consiste en un conjunto de módulos separados pero interoperables, cada uno diseñado para facilitar un tipo de consulta de base de datos en una sola línea de código.
+`gget` consiste en un conjunto de módulos separados pero interoperables, cada uno diseñado para facilitar un tipo de consulta de base de datos en una sola línea de código.  
+<br>
+Las bases de datos consultadas por `gget` se actualizan continuamente, lo que a veces cambia su estructura. Los módulos `gget` se prueban automáticamente cada dos semanas y se actualizan para que coincidan con las nuevas estructuras de la base de datos cuando es necesario. Si encuentra algún problema, actualice a la última versión de `gget` usando `pip install --upgrade gget`. Si el problema persiste, [informa el problema](https://github.com/pachterlab/gget/issues/new/choose).  
 <br>
-
 [<kbd> <br> Solicitar una nueva función <br> </kbd>](https://github.com/pachterlab/gget/issues/new/choose)
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docs/src/es/search.md

@@ -13,10 +13,12 @@ Una o más palabras de búsqueda de forma libre, p. ej. gaba nmda. (Nota: la bú
 Especies o base de datos a buscar.   
 Una especie se puede pasar en el formato 'género_especie', p. ej. 'homo_sapiens' o 'arabidopsis_thaliana'.  
 Para pasar una base de datos específica, pase el nombre de la base de datos CORE, p. ej. 'mus_musculus_dba2j_core_105_1'.  
+
 Todas las bases de datos disponibles para cada versión de Ensembl se pueden encontrar aquí:  
 Vertebrados: [http://ftp.ensembl.org/pub/current/mysql/](http://ftp.ensembl.org/pub/current/mysql/)  
 Invertebrados: [http://ftp.ensemblgenomes.org/pub/current/](http://ftp.ensemblgenomes.org/pub/current/) + selecciona reino animal + selecciona mysql/  
-Accesos directos: 'human', 'mouse'. 
+
+Accesos directos: 'human', 'mouse'  
 
 **Parámetros optionales**  
 `-r` `--release`   

docs/src/es/updates.md

@@ -13,7 +13,7 @@
   - La cadena de expresiones regulares para coincidencias de expresiones regulares se encapsuló de la siguiente manera: "(?=(regex))" (en lugar de pasar directamente la cadena de expresiones regulares "regex") para permitir capturar todas las apariciones de un motivo cuando la longitud del motivo es variable y hay son repeticiones en la secuencia ([https://regex101.com/r/HUWLlZ/1](https://regex101.com/r/HUWLlZ/1)).
 - [`gget setup`](./setup.md): utilice el argumento `out` para especificar un directorio en el que se descargará la base de datos ELM. Completa [esta solicitud de función](https://github.com/pachterlab/gget/issues/119).
 - [`gget Diamond`](./diamond.md): El comando DIAMOND ahora se ejecuta con el indicador `--ignore-warnings`, lo que permite secuencias de nicho, como secuencias de aminoácidos que solo contienen caracteres de nucleótidos y secuencias repetidas. Esto también es válido para las alineaciones DIAMOND realizadas dentro de [`gget elm`](./elm.md).
-- Cambio de back-end de [`gget ref`](./ref.md) y [`gget search`](./search.md): la versión actual de Ensembl se obtiene del nuevo [archivo de versión](https://ftp.ensembl.org/pub/VERSION) en el sitio FTP de Ensembl para evitar errores durante la carga de nuevos lanzamientos.
+- **Cambio de back-end de [`gget ref`](./ref.md) y [`gget search`](./search.md): la versión actual de Ensembl se obtiene del nuevo [archivo de versión](https://ftp.ensembl.org/pub/VERSION) en el sitio FTP de Ensembl para evitar errores durante la carga de nuevos lanzamientos.**
 - [`gget search`](./search.md):
   - Los resultados del enlace FTP (`--ftp`) se guardan en formato de archivo txt en lugar de json.
   - Se corrigieron enlaces URL al resumen de genes de Ensembl para especies con un nombre de subespecie e invertebrados.