Ou Estudo da Relação Entre as Inclinações do Tubérculo Articular, Volume do Disco Articular e Presença de Desarranjos Internos em Imagens de Ressonância Magnética das Articulações Temporomandibulares
Por Luis Gustavo Ferreira Leite e Pedro Augusto Ferreira Leite
library(ggplot2)
library(MASS)
library(ISLR)
Luis.TCC <- read.csv2('C:/Users/Pedro/Documents/Rconsole/TCC_Gu/Luis_TCC.csv',
header = TRUE,
stringsAsFactors=TRUE,
na = "NA",
dec = ".",
sep=";")
attach(Luis.TCC)
names(Luis.TCC)## [1] "NOME" "IDADE" "GENERO"
## [4] "Pos.Disco.Dir" "Pos.Disco.Esq" "Fun.Disco.Dir"
## [7] "Func.Disco.Esq" "Mobilidade.Direito" "Mobilidade.Esquerdo"
## [10] "Angulo.Tub.Dir" "Angulo.Tub.Esq" "Volumetria.Direito"
## [13] "Volumetria.Esquerdo"
#Boxplots simples
qplot(Mobilidade.Direito, Angulo.Tub.Dir, geom="boxplot",
xlab="Mobilidade Direito", ylab="Ângulo Tubérculo Direito")
qplot(Pos.Disco.Dir, Angulo.Tub.Dir, geom="boxplot",
xlab="Posição do Disco Direito", ylab="Ângulo Tubérculo Direito")
qplot(Fun.Disco.Dir, Angulo.Tub.Dir, geom="boxplot",
xlab="Função do Disco Direito", ylab="Ângulo Tubérculo Direito")
qplot(Mobilidade.Esquerdo, Angulo.Tub.Esq, geom="boxplot",
xlab="Mobilidade Esquerdo", ylab="Ângulo Tubérculo Esquerdo")
qplot(Pos.Disco.Esq, Angulo.Tub.Esq, geom="boxplot",
xlab="Posição do Disco Esquerdo", ylab="Ângulo Tubérculo Esquerdo")
qplot(Func.Disco.Esq, Angulo.Tub.Esq, geom="boxplot",
xlab="Função do Disco Esquerdo", ylab="Ângulo Tubérculo Esquerdo")
#Boxplots complexos
qplot(Mobilidade.Direito, Angulo.Tub.Dir, geom="boxplot", colour=Pos.Disco.Dir,
xlab="Mobilidade Direito", ylab="Ângulo Tubérculo Direito")
qplot(Pos.Disco.Dir, Angulo.Tub.Dir, geom="boxplot", colour=Mobilidade.Direito,
xlab="Posição do Disco Direito", ylab="Ângulo Tubérculo Direito")
qplot(Mobilidade.Esquerdo, Angulo.Tub.Esq, geom="boxplot", colour=Pos.Disco.Esq,
xlab="Mobilidade Esquerdo", ylab="Ângulo Tubérculo Esquerdo")
qplot(Pos.Disco.Esq, Angulo.Tub.Esq, geom="boxplot", colour=Mobilidade.Esquerdo,
xlab="Posição do Disco Esquerdo", ylab="Ângulo Tubérculo Esquerdo")
qplot(Angulo.Tub.Dir, geom="histogram",
xlab="Ângulo do Tubérculo Direito", ylab="Número de amostras")
qplot(Angulo.Tub.Dir, geom="density",
xlab="Ângulo do Tubérculo Direito", ylab="Número de amostras")
qplot(Angulo.Tub.Esq, geom="histogram",
xlab="Ângulo do Tubérculo Esquerdo", ylab="Número de amostras")
qplot(Angulo.Tub.Esq, geom="density",
xlab="Ângulo do Tubérculo Esquerdo", ylab="Número de amostras")
qplot(Volumetria.Direito, geom="histogram",
xlab="Volumetria Direito", ylab="Número de amostras")
qplot(Volumetria.Direito, geom="density",
xlab="Volumetria Direito", ylab="Número de amostras")
qplot(Volumetria.Esquerdo, geom="histogram",
xlab="Volumetria Esquerdoo", ylab="Número de amostras")
qplot(Volumetria.Esquerdo, geom="density",
xlab="Volumetria Esquerdo", ylab="Número de amostras")
pairs(~Pos.Disco.Dir + Angulo.Tub.Dir + Volumetria.Direito)
qplot(Angulo.Tub.Dir,Volumetria.Direito,
xlab="Ângulo do Tubérculo Direito", ylab="Volumetria Direito")
qplot(IDADE,Volumetria.Direito,
xlab="Idade", ylab="Volumetria Direito")
qplot(Angulo.Tub.Esq,Volumetria.Esquerdo,
xlab="Ângulo do Tubérculo Esquerdo", ylab="Volumetria Esquerdo")
qplot(IDADE,Volumetria.Esquerdo,
xlab="Idade", ylab="Volumetria Esquerdo")
qplot(IDADE,Angulo.Tub.Dir,
xlab="Idade", ylab="Ângulo do Tubérculo Direito")
qplot(IDADE,Angulo.Tub.Esq,
xlab="Idade", ylab="Ângulo do Tubérculo Esquerdo")
qplot(Angulo.Tub.Dir,Angulo.Tub.Esq,
xlab="Ângulo do Tubérculo Direito",ylab="Ângulo do Tubérculo Esquerdo")
qplot(Volumetria.Direito,Volumetria.Esquerdo,
xlab="Volumetria Direito",ylab="Volumetria Esquerdo")
summary <- summary(Luis.TCC)
write.table(summary, file="TCCGu_summary.csv", row.names=F, sep=",")
summary## NOME IDADE GENERO Pos.Disco.Dir
## ADRIANA MÁRCIA BORGES : 1 Min. :16.00 F:25 Deslocado: 8
## ANA LUIZA C F E SILVEIRA: 1 1st Qu.:25.00 M: 9 Normal :26
## ANIBAL B L CASTRO : 1 Median :38.00
## CARMITA NUNES R SILVA : 1 Mean :38.94
## CINTHYA A. C. PERSIANO : 1 3rd Qu.:46.75
## CRISTIANE A V MIRANDA : 1 Max. :71.00
## (Other) :28
## Pos.Disco.Esq Fun.Disco.Dir Func.Disco.Esq
## Deslocado: 8 Não Reduzido: 3 Não Reduzido: 5
## Normal :26 Reduzido :31 Reduzido :29
##
##
##
##
##
## Mobilidade.Direito Mobilidade.Esquerdo Angulo.Tub.Dir
## Hipermobilidade: 9 Hipermobilidade:10 Min. : 70.50
## Hipomobilidade : 4 Hipomobilidade : 5 1st Qu.: 90.88
## Normal :21 Normal :19 Median : 97.85
## Mean : 95.47
## 3rd Qu.:101.15
## Max. :120.10
##
## Angulo.Tub.Esq Volumetria.Direito Volumetria.Esquerdo
## Min. : 69.30 Min. : 10.81 Min. :16.22
## 1st Qu.: 90.00 1st Qu.: 27.36 1st Qu.:30.00
## Median : 95.75 Median : 37.59 Median :37.08
## Mean : 95.27 Mean : 41.80 Mean :43.21
## 3rd Qu.:100.00 3rd Qu.: 55.81 3rd Qu.:44.94
## Max. :129.70 Max. :110.00 Max. :98.26
## NA's :2 NA's :7
#Método de Spearman
cor.test(Angulo.Tub.Dir,Volumetria.Direito,method="spearman")##
## Spearman's rank correlation rho
##
## data: Angulo.Tub.Dir and Volumetria.Direito
## S = 5984.1, p-value = 0.5982
## alternative hypothesis: true rho is not equal to 0
## sample estimates:
## rho
## -0.09680081
#Regressão Linear
lm.fit =lm(Angulo.Tub.Dir~Volumetria.Direito, data=Luis.TCC)
summary(lm.fit)##
## Call:
## lm(formula = Angulo.Tub.Dir ~ Volumetria.Direito, data = Luis.TCC)
##
## Residuals:
## Min 1Q Median 3Q Max
## -26.512 -6.619 2.024 4.617 21.035
##
## Coefficients:
## Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
## (Intercept) 100.38241 3.90448 25.710 <2e-16 ***
## Volumetria.Direito -0.10439 0.08256 -1.264 0.216
## ---
## Signif. codes: 0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
##
## Residual standard error: 10.33 on 30 degrees of freedom
## (2 observations deleted due to missingness)
## Multiple R-squared: 0.05059, Adjusted R-squared: 0.01895
## F-statistic: 1.599 on 1 and 30 DF, p-value: 0.2158
summary(lm.fit)$r.sq #gives the R²## [1] 0.05059494
summary(lm.fit)$sigma #Residual Squared Errors (RSE)## [1] 10.32991
names(lm.fit)## [1] "coefficients" "residuals" "effects" "rank"
## [5] "fitted.values" "assign" "qr" "df.residual"
## [9] "na.action" "xlevels" "call" "terms"
## [13] "model"
coef(lm.fit)## (Intercept) Volumetria.Direito
## 100.3824082 -0.1043914
confint (lm.fit) #confidence intervals## 2.5 % 97.5 %
## (Intercept) 92.408400 108.35641601
## Volumetria.Direito -0.273004 0.06422118
plot(Angulo.Tub.Dir,Volumetria.Direito)
abline(lm.fit)
#Removendo outliers
outliers <- boxplot(Luis.TCC$Volumetria.Direito)$out # You can get the actual values of the outliers with this
print(outliers)## [1] 110
out <- Luis.TCC[-which(Luis.TCC$Volumetria.Direito %in% outliers),]
attach(out)
plot(Angulo.Tub.Dir,Volumetria.Direito)
#Again...
lm.fit =lm(Angulo.Tub.Dir~Volumetria.Direito, data=out)
summary(lm.fit)##
## Call:
## lm(formula = Angulo.Tub.Dir ~ Volumetria.Direito, data = out)
##
## Residuals:
## Min 1Q Median 3Q Max
## -27.779 -6.988 1.791 5.734 19.151
##
## Coefficients:
## Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
## (Intercept) 103.34738 4.23434 24.407 <2e-16 ***
## Volumetria.Direito -0.19002 0.09668 -1.965 0.059 .
## ---
## Signif. codes: 0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
##
## Residual standard error: 10.07 on 29 degrees of freedom
## (2 observations deleted due to missingness)
## Multiple R-squared: 0.1176, Adjusted R-squared: 0.08712
## F-statistic: 3.863 on 1 and 29 DF, p-value: 0.059
summary(lm.fit)$r.sq #gives the R²## [1] 0.1175509
summary(lm.fit)$sigma #Residual Squared Errors (RSE)## [1] 10.07175
names(lm.fit)## [1] "coefficients" "residuals" "effects" "rank"
## [5] "fitted.values" "assign" "qr" "df.residual"
## [9] "na.action" "xlevels" "call" "terms"
## [13] "model"
coef(lm.fit)## (Intercept) Volumetria.Direito
## 103.3473769 -0.1900155
confint (lm.fit) #confidence intervals## 2.5 % 97.5 %
## (Intercept) 94.6871870 1.120076e+02
## Volumetria.Direito -0.3877415 7.710587e-03
plot(Angulo.Tub.Dir,Volumetria.Direito)
abline(lm.fit)