Tutorial para analizar genomas de SARS-CoV-2

Protocolo para ensamblar y anotar genomas virales y observarlos en NextStrain

1. Instalar los programas necesarios para este tutorial
2. Ensamblar del genoma viral
3. Anotar del genoma viral usando el genoma de referencia
4. Ver los resultados de manera similar a NextStrain

Notas adicionales

Sintaxis para formatos de GitHub https://help.github.com/es/github/writing-on-github/basic-writing-and-formatting-syntax

Mas informacion sobre:

SPAdes

https://github.com/ablab/spades#sec2.1

BWA

http://bio-bwa.sourceforge.net/

https://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/

Bowtie2

https://www.protocols.io/view/week-6-mapping-with-bowtie2-g5zby76?step=16