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HHsearch 1.5
NAME P
FAM
FILE tr_164
COM hhblits -cpu 4 -i Seq_fasta/train164.txt -d nr20_latest/nr20_12Aug11 -ohhm seq_and_results/tr_164.txt -n 4
DATE Fri Nov 27 10:32:49 2015
LENG 72 match states, 72 columns in multiple alignment
FILT 109 out of 147 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 1000)
NEFF 3.8
SEQ
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xxxxxxxsxxxCCDxcxCtksiPPxCrCxDxxxxxCxsaCkxCxxxxsxPxxxxCxDxxnFCxxxCxsxxxx
>P
SHDEPSESSEPCCDSCDCTKSIPPECHCANIRLNSCHSACKSCICTRSMPGKCRCLDTDDFCYKPCESMDKD
#
NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665
HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D
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S 1 4974 * 3615 * * * 4586 3407 * * * 3280 * * * 689 5179 * * * 1
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E 7 * * 5464 1312 * 3092 * * 2640 * * * 2977 * 3607 4072 5141 * * * 7
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S 9 3354 4935 5867 5045 * 5647 * 5403 4035 5931 * 5180 2008 * 5170 1727 3515 * 7035 * 9
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E 10 * * * 3165 * 4813 * * 2236 * * 4803 * * 4653 3954 4523 * 1129 * 10
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S 15 4465 * 4131 4065 4629 6170 3906 4849 3336 4250 6417 2681 * 3714 4107 2466 5179 5632 * * 15
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D 17 3245 4972 7322 4718 4105 4137 * 2761 5968 3025 5232 5638 5490 4014 4460 4474 3730 3052 * * 17
141 3428 * 298 2423 0 * 4076 1239 1018
C 18 * 125 * * * * * * * * * * 4402 * 4802 * * * * * 18
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P 23 * * * * * * * 5046 * * * * 120 * * 5200 * * * 5471 23
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E 25 5372 * 5146 3940 4542 * * 2953 4323 4770 5314 5763 * 1556 3461 * 3592 4894 5623 6338 25
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C 26 * 109 * * * * * * * * * * * * * * * * 4402 5288 26
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H 27 * * * 4409 * 4867 2914 * 4576 6584 5785 * * 2864 1181 4279 3801 6175 * * 27
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C 28 * 21 * * * * 6097 * * * * * * * * * * * * * 28
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A 29 2873 * * 4819 * 3615 7088 * 5700 3406 2658 2931 * 4996 4428 3653 3125 3964 * * 29
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N 30 4863 * 138 5867 * * * * * * * 4656 * * * * * * * * 30
20 * 6163 * * 0 * 4076 0 1004
I 31 4380 * * 2382 5123 * * 2746 4014 3448 4620 6021 * 6861 4832 * 4021 1945 7018 * 31
696 * 1385 * * 0 * 4056 0 1030
R 32 4995 * * * 5544 2459 * * 5626 * 5956 * * * 1260 1881 5460 5843 * * 32
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N 34 5223 * 2768 1830 5769 6308 6015 * 3331 * * 2453 * 5176 4966 3594 4085 6024 * * 34
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S 35 6512 6331 * 3352 5603 2432 4083 * 4736 * * * * 2984 4067 1688 3844 * * 6623 35
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C 36 6590 33 * * * * * * * * * 6331 * * * * * * * * 36
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H 37 2265 * 5379 * * 4404 1120 6794 * * * 4593 3116 * * 4217 5612 * * 5603 37
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S 38 2553 * 4883 6249 * 5550 * * 4607 * 4857 * 1883 * * 1270 * * * * 38
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A 39 981 4072 6192 3811 * 4543 * * 6043 * * 5043 5580 5222 * 4392 3125 * 4298 * 39
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C 40 5047 44 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 40
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K 41 * * 4747 3290 * 5547 * 4878 747 * 6688 3578 * 5563 4093 6230 5456 * * * 41
0 * * * * * * 4082 0 0
S 42 3958 5047 3679 3005 6645 7262 5180 5701 3999 5734 * 4507 7689 4641 3785 1688 4069 5230 * * 42
0 * * * * * * 4082 0 0
C 43 * 30 * * * * * * * * 5601 * * * * * * * * * 43
0 * * * * * * 4082 0 0
I 44 3626 * 4292 3569 5908 4501 * 2637 5350 3581 4562 * 7595 3668 4911 7102 * 1799 * * 44
0 * * * * * * 4059 0 0
C 45 6255 1413 4390 3851 5759 * * * 2923 5386 5540 * 3307 4333 3920 5039 6024 6033 * 5588 45
121 6015 3947 1585 585 * * 4047 1006 0
T 46 2974 * 5443 * * 4128 * * * 5029 * 7119 5952 5172 7177 2735 1481 2502 * 5725 46
219 3147 5148 0 * 599 1558 4029 1257 1166
R 47 5137 * 4369 3277 3388 4136 5073 5239 3799 3232 6289 6638 3669 * 2198 4438 4893 * * 4876 47
96 4523 5568 295 2435 342 2244 4044 1140 1101
S 48 2827 * 5240 * 6004 3303 4809 6406 * 4562 * * * * 6929 859 3909 * * * 48
315 2349 * 855 1161 * 0 4012 1452 1051
M 49 6895 * 2734 4210 4640 3848 6271 2339 6316 5566 3512 3011 5565 5822 5658 3566 5692 5627 6315 5236 49
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P 50 4466 * 5082 4798 * 3277 * * * * * * 391 * 6274 6579 * * * * 50
39 5947 6604 2322 322 1700 531 3959 1018 1144
G 51 2698 * 4670 4841 * 1999 * * * * * * 1415 * 4986 3733 4647 * * * 51
47 5308 7253 1328 733 1392 692 4001 1068 1125
K 52 4548 * 4833 4936 * 4035 6970 5840 3405 3894 5780 * * 1917 1791 4589 * 5165 * * 52
206 2913 * 2315 324 784 1254 4002 1325 1133
C 53 * 1238 * * 2595 * 4620 5426 5440 4343 * * * * 4125 * * * * 2204 53
0 * * * * 0 * 4010 0 1038
R 54 * * * 6683 4845 * 4977 3219 * * 5593 * * 2930 1695 4611 6931 1891 5918 5622 54
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C 55 * 45 * * * * * * * * * * * * * * 5036 * * * 55
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L 56 3406 * 4317 4231 4905 4162 6173 3985 3046 2866 4735 4872 * 4418 3955 4754 3239 4576 * 6670 56
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D 57 * * 95 * * * * * 5593 * * 5254 * * 5918 * * * * * 57
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T 58 * * * * * 7440 6594 1668 * 3833 6777 5021 * 3627 4611 4437 2291 2761 4674 * 58
62 * 4573 * * * * 3932 0 0
D 59 3975 * 5542 5045 2753 4943 3889 * 4039 * * 2940 4214 6687 4059 * 1885 4293 * * 59
174 3135 * 1734 516 0 * 4039 1202 1060
D 60 * * 1562 4250 * * 4579 * 3716 * * 1285 * 5681 4643 * 5571 * * * 60
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F 61 * * * * 456 * 5151 * 6243 6202 * 5721 * * * 3918 4936 * * 3344 61
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C 62 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 62
0 * * * * * * 4031 0 0
Y 63 5721 * 4179 3680 * * 3372 * 2690 * * 5981 5151 3304 5927 * * * * 1202 63
0 * * * * * * 4031 0 0
K 64 4669 * 5507 2357 * * 6088 * 2106 * * 4373 4676 6467 2029 3315 4250 * * * 64
0 * * * * * * 4031 0 0
P 65 2814 4017 6128 * * * * * 3219 5773 * 6885 2108 4607 1804 3503 * * * * 65
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C 66 * 120 * * * * * * * * * * 4013 * 5820 * * * * * 66
0 * * * * * * 4020 0 0
E 67 * * 5498 4242 * * 4256 * 1722 * * 3151 5441 * * 3413 1556 * * * 67
133 3507 * 2083 388 * * 4020 1160 0
S 68 4371 * 4989 3999 5716 5346 * * 3662 * * 3954 2902 5395 * 1062 4876 * * * 68
0 * * * * * * 3875 0 0
M 69 5054 5167 * * * 3543 * * * * 3948 5162 4547 * 3457 667 * * * * 69
0 * * * * * * 2233 0 0
D 70 3785 * 2513 2083 * 2928 1584 * * * * * * * 5452 5138 * * * * 70
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K 71 * * 1664 2683 * 4183 5110 4764 3446 * * * * * * 2546 3176 4865 * * 71
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D 72 * * 338 3684 * * * * 4356 * * 4466 4760 * * * * * * * 72
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