DUBii module 3 : Statistiques-avec-R

Intervenants

1. Anne Badel (Co-responsable)
2. Jacques van Helden (Co-responsable)

Synopsis

Séance 1

Séance 2

Enrichissement fonctionnel

• Concepts

  • Test exact de Fisher et distribution hypergéométrique
  • Corrections de tests multiples (avec dépendances)

Séance 4: Détection de gènes différentiellement exprimés

• Concepts

  • échantillonnage et estimation
  • tests d'hypothèse
  • tests multiples
  • visualisation des résultats globaux (MA plots, volcano plots, histogrammes de p-vlaeurs)
  • évaluation de l'impact des choix de logiciels et paramètres

Séance 5: Clustering

Concepts:

- Approches de clustering: hiérarchique, K-means
- Complexité
- évaluation du clustering
- comparaison de résultats de clustering
- Visualisartion (heat maps, arbres)

Séance 6: Classification supervisée

• Cas d'étude: transcriptome de cancer (données TCGA)

• Méthodes: k-nearest neighbours, Random Forest, SVM

• Concepts:

  • Approches de classification supervisées
  • Entraînement / test
  • Evaluation des résultats (évaluation croisée, mesures de performance)