Exemples d'utilisation de Python pour l'analyse de données omiques

Vous pouvez manipuler en ligne avec Binder les notebooks proposés :

Vous trouverez dans le répertoire notebooks 3 notebooks Jupyter :

• volcano_plot.ipynb : construction d'un volcano plot, représentation graphique couramment utilisée lors de l'analyse de données omiques. Utilisation des bibliothèques Matplotlib et Bokeh.
• fusion_données.ipynb : fusion de deux jeux de données avec Pandas.
• acp_recettes.ipynb : analyse en composantes principales avec la bibliothèque Scikit-learn. Et cette fois, pas de données omiques ;-)

Manipuler les notebooks localement (sur votre machine)

1. Installez miniconda dans un environnement de type Unix (WSL pour Windows, Mac OSX ou Linux)

2. Clonez le dépôt :

git clone https://github.com/pierrepo/python-omics-use-cases.git

3. Créez l'environnement conda :

cd python-omics-use-cases
conda env create -f binder/environment.yml
bash binder/postBuild

4. Activez l'environnement conda :

conda activate python-omics-use-cases

5. Lancez Jupyter Lab :

jupyter lab

Licence

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