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sebastien-plutniak committed Nov 23, 2023
1 parent 7d9ca4f commit 5f48075
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Showing 9 changed files with 64 additions and 30 deletions.
2 changes: 1 addition & 1 deletion DESCRIPTION
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -2,7 +2,7 @@ Package: archeoViz
Type: Package
Title: Visualisation, Exploration, and Web Communication of Archaeological Spatial Data
Version: 1.3.3
Date: 2023-10-09
Date: 2023-11-23
Authors@R: c(person("Sebastien", "Plutniak", email = "sebastien.plutniak@posteo.net", role = c("aut", "cre"), comment = c(ORCID = "0000-0002-6674-3806")),
person("Renata", "Araujo", email = "rennyaraujo@yahoo.com", role = "ctb", comment = c(ORCID = "0000-0001-8874-2858")),
person("Laura", "Coltofean", email = "laura.coltofean@gmail.com", role = "ctb", comment = c(ORCID = "0000-0002-2233-3565")),
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6 changes: 3 additions & 3 deletions NEWS.md
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@@ -1,15 +1,15 @@
# archeoViz 1.3.3
Released: 2023-xx-xx
Released: 2023-11-23

* Add an export function to the 'expor' application for correspondance analysis.
* Add an export function to the 'amado' application for matrix seriation.
* Mention the dimensions of the grid squares on the plots.
* grid squares dimensions are displayed on plots.

# archeoViz 1.3.2
Released: 2023-09-17

* In the 3D view, the subsets of points for which convex hulls are computed can be selected (using the graphic user interface or the 'hulls.class.values' parameter of the archeoViz() function).
* Add linguistic support for Rumanian.
* Add linguistic support for Romanian.

# archeoViz 1.3.1
Released: 2023-08-29
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8 changes: 7 additions & 1 deletion R/app_server.R
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -1521,7 +1521,13 @@ app_server <- function(input, output, session) {
data <- gsub(" ", "%20", data) # add spaces
data <- paste0(data, collapse = "%0A") # encode lines

paste0("https://app.ptm.huma-num.fr/amado/main.html?table=", data)
amado.lang <- "en"
if(getShinyOption("lang") %in% c('es', 'fr', 'it', 'ru', 'tr', 'uk', 'vi', 'zh')){
amado.lang <- getShinyOption("lang")
}

paste0("https://app.ptm.huma-num.fr/amado/main.html?lang=",
amado.lang, "?table=", data)
})


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4 changes: 2 additions & 2 deletions R/archeoViz.R
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -23,7 +23,7 @@ archeoViz <- function(objects.df = NULL, refits.df = NULL, timeline.df = NULL,

# : test lang ----
if( ! lang %in% c("de", "en", "fr", "it", "pt", "es", "ro")){
stop("The 'lang' parameter must be one of 'de', 'en', 'es', 'fr', 'it, 'pt', 'ro'.")
stop("The 'lang' parameter must be one of 'de', 'en', 'es', 'fr', 'it', 'pt', 'ro'.")
}

# : test square.size ----
Expand Down Expand Up @@ -75,7 +75,7 @@ archeoViz <- function(objects.df = NULL, refits.df = NULL, timeline.df = NULL,
"params" = params,
"title" = title,
"home.text" = home.text,
# "lang" = lang,
"lang" = lang,
"set.theme" = set.theme,
"ui.terms" = ui.terms,
"background.col" = background.col,
Expand Down
31 changes: 20 additions & 11 deletions R/load_interface_terms.R

Large diffs are not rendered by default.

19 changes: 14 additions & 5 deletions R/load_interface_terms_utf8.R

Large diffs are not rendered by default.

6 changes: 5 additions & 1 deletion vignettes/archeoViz-es.Rmd
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -29,6 +29,7 @@ knitr::opts_chunk$set(
- [**Recomendaciones comunitarias**](#recomendaciones-comunitarias)
- [Reportar errores](#reportar-errores)
- [Sugerir cambios](#sugerir-cambios)
- [Traducción](#traducción)
- [**Uso**](#uso)
- [Información espacial en archeoViz](#información-espacial-en-archeoviz)
- [Puntos, ubicación exacta: objetos trazados](#puntos-ubicación-exacta-objetos-trazados)
Expand Down Expand Up @@ -164,6 +165,9 @@ Si encuentra un error, complete un [*issue*](https://github.com/sebastien-plutni

Sugerencias de cambios a archeoViz son bienvenidas. Estas solicitudes pueden referirse a funciones adicionales, cambios en la documentación, ejemplos adicionales, nuevas características, etc. Se puede hacer llenando un [issue](https://github.com/sebastien-plutniak/archeoviz/issues) y, aún mejor, usando un *pull requests* y el modelo de [Fork and Pull](https://docs.github.com/articles/about-pull-requests) de GitHub.

## Traducción

Se presta especial atención al multilingüismo. La interfaz de la aplicación está disponible en varios idiomas, y se agradecería su traducción a otros idiomas. Para ello, edite este archivo y envíe una *pull request*.

# Uso

Expand Down Expand Up @@ -437,7 +441,7 @@ Desde la pestaña “Estadísticas” de `archeoViz`, es posible exportar datos
El [*Seriograph*](https://analytics.huma-num.fr/ModAthom/seriograph/) es una aplicación web (parte del [*SPARTAAS*](https://spartaas.gitpages.huma-num.fr/r-package/)) collection) para visualizar cambios en la distribución cuantitativa de tipos de artefactos en series ordenadas o desordenadas de unidades espaciales. Si se inicia una instancia en línea de archeoViz con un conjunto de datos con al menos 2 valores diferentes para la variable `layers` y 2 valores diferentes para `object_type` entonces estos datos se pueden analizar con la aplicación `Seriograph`.
Cf. este [ejemplo](https://analytics.huma-num.fr/archeoviz/poeymau).

[*Amado*](https://app.ptm.huma-num.fr/amado/) es una aplicación online para analizar tablas de contingencia. Es posible exportar una tabla cruzando los valores de la variable seleccionada (por defecto, `object_type`) y los valores de la variable `layer`. `Amado` permite reordenar filas y columnas manualmente y realizar seriaciones y clasificaciones automáticas.
[*Amado online*](https://app.ptm.huma-num.fr/amado/) es una aplicación online para analizar tablas de contingencia. Es posible exportar una tabla cruzando los valores de la variable seleccionada (por defecto, `object_type`) y los valores de la variable `layer`. `Amado` permite reordenar filas y columnas manualmente y realizar seriaciones y clasificaciones automáticas.
Cf. este [ejemplo](https://analytics.huma-num.fr/archeoviz/tai).

[*explor*](https://cran.r-project.org/package=explor) es una aplicación R Shiny / paquete R para explorar interactivamente los resultados de análisis multidimensionales. `explor` ha sido adaptado para ejecutar un análisis de correspondencias sobre una tabla de contingencia cruzando los valores de la variable seleccionada (por defecto, `object_type`) y los valores de la variable `layer`.
Expand Down
12 changes: 8 additions & 4 deletions vignettes/archeoViz-fr.Rmd
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -15,8 +15,7 @@ knitr::opts_chunk$set(
```


`archeoViz` est une application dédiée à l'archéologie. Elle permet de *visualiser*, d'*explorer* interactivement, et d'exposer et *communiquer* rapidement sur le web des données archéologiques spatialisées.
Elle propose des *visualisations* en 3D et 2D, génère des *coupes* et des *cartes* du mobilier archéologique, permet de visualiser la *chronologie* des travaux sur un site. Il est possible d'y réaliser des *statistiques spatiales* simples (enveloppes convexes, surfaces de régression, estimation de densité par noyau en 2D) ainsi que d'*exporter des données* vers d'autres applications en ligne pour l'exécution de méthodes plus complexes. `archeoViz` peut être utilisée localement ou déployée sur un serveur, soit en chargeant des données via l'interface, soit en lançant l'application avec un jeu de donnée spécifique. L'interface est disponible en allemand, anglais, italien, français, portugais et roumain. Page web: https://archeoviz.hypotheses.org.
`archeoViz` est une application dédiée à l'archéologie. Elle permet de *visualiser*, d'*explorer* interactivement, et d'exposer et *communiquer* rapidement sur le web des données archéologiques spatialisées. Elle propose des *visualisations* en 3D et 2D, génère des *coupes* et des *cartes* du mobilier archéologique, permet de visualiser la *chronologie* des travaux sur un site. Il est possible d'y réaliser des *statistiques spatiales* simples (enveloppes convexes, surfaces de régression, estimation de densité par noyau en 2D) ainsi que d'*exporter des données* vers d'autres applications en ligne pour appliquer des méthodes plus complexes. `archeoViz` peut être utilisée localement ou déployée sur un serveur, soit en chargeant des données via l'interface, soit en lançant l'application avec un jeu de donnée spécifique. L'interface est disponible en allemand, anglais, italien, français, portugais et roumain. Page web: https://archeoviz.hypotheses.org.



Expand All @@ -27,6 +26,7 @@ Elle propose des *visualisations* en 3D et 2D, génère des *coupes* et des *car
- [**Recommandations communautaires**](#recommandations-communautaires)
- [Signaler un bug](#signaler-un-bug)
- [Soumettre une modification](#soumettre-une-modification)
- [Traduire](#traduire)
- [**Utilisation**](#utilisation)
- [L'information spatiale dans archeoViz](#linformation-spatiale-dans-archeoviz)
- [Points, localisation exacte : les objets relevés](#points-localisation-exacte--les-objets-relevés)
Expand All @@ -52,7 +52,7 @@ Elle propose des *visualisations* en 3D et 2D, génère des *coupes* et des *car
- [Visualisations interactives](#visualisations-interactives)
- [Généralités](#généralités)
- [Sorties graphiques](#sorties-graphiques)
- [Visualisation de l'incertitude spatiale](#visualisation-de-l-incertitude spatiale)
- [Visualisation de l'incertitude spatiale](#visualisation-de-l-incertitude-spatiale)
- [Statistiques spatiales](#statistiques-spatiales)
- [Surfaces de régression](#surfaces-de-régression)
- [Enveloppes convexes](#enveloppes-convexes)
Expand Down Expand Up @@ -161,6 +161,10 @@ Les suggestions de modifications sont bienvenues.
Les demandes peuvent concerner des fonctions additionnelles, des modifications dans la documentation, des exemples additionnels, de nouvelles fonctionnalités, etc.
Elles peuvent être faites en ouvrant une [issue](https://github.com/sebastien-plutniak/archeoviz/issues) ou, mieux encore, en employant une *pull requests* et le modèle GitHub [ Fork and Pull](https://docs.github.com/articles/about-pull-requests).

## Traduire

Un soin particulier est accordé au multilinguisme. L'interface de l'application est disponible en plusieurs langues et les traduction dans des langues supplémentaires sont bienvenues. Pour cela, éditez ce [fichier](https://github.com/sebastien-plutniak/archeoviz/blob/main/R/load_interface_terms_utf8.R) et soumettez une *pull request*.


# Utilisation

Expand Down Expand Up @@ -453,7 +457,7 @@ Le [*Seriograph*](https://analytics.huma-num.fr/ModAthom/seriograph/) est une ap
Lorsqu'une instance d'`archeoViz` est executée avec un jeu de données contenant au moins 2 valeurs différentes pour la variable `layers` et 2 valeurs différentes pour la variable `object_type`, alors ces données peuvent être analysées avec l'application `Seriograph`. Cf. cet [exemple](https://analytics.huma-num.fr/archeoviz/poeymau).


[*Amado*](https://app.ptm.huma-num.fr/amado/) est une application en ligne permettant d'analyser des tableaux de contingence. Il est possible d'exporter un tableau croisant les valeurs de la variable sélectionnée (par défaut, `object_type`) et les valeurs de la variable `layer`. `Amado` permet de réordonner manuellement les lignes et les colonnes et d'exécuter des sériations et classifications automatiques. Cf. cet [exemple](https://analytics.huma-num.fr/archeoviz/tai).
[*Amado online*](https://app.ptm.huma-num.fr/amado/) est une application en ligne permettant d'analyser des tableaux de contingence. Il est possible d'exporter un tableau croisant les valeurs de la variable sélectionnée (par défaut, `object_type`) et les valeurs de la variable `layer`. `Amado` permet de réordonner manuellement les lignes et les colonnes et d'exécuter des sériations et classifications automatiques. Cf. cet [exemple](https://analytics.huma-num.fr/archeoviz/tai).

[*explor*](https://cran.r-project.org/package=explor) est une application R Shiny / package R permettant d'explorer interactivement les résultats d'analyses multidimensionnelles. `explor` a été adapté pour exécuter une analyse factorielle des correspondances sur un tableau de contingence croisant les valeurs de la variable sélectionnée (par défaut, `object_type`) et les valeurs de la variable `layer`. Cf. cet [exemple](https://analytics.huma-num.fr/archeoviz/tai).

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6 changes: 4 additions & 2 deletions vignettes/archeoViz.Rmd
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -21,14 +21,14 @@ knitr::opts_chunk$set(




- [**Installation**](#installation)
- [Local Use](#local-use)
- [Remote Use](#remote-use)
- [Demonstration](#demonstration)
- [**Community Guidelines**](#community-guidelines)
- [Reporting Bugs](#reporting-bugs)
- [Suggesting Changes](#suggesting-changes)
- [Translation](#translation)
- [**Use**](#use)
- [Spatial Information in archeoViz](#spatial-information-in-archeoviz)
- [Points, Exact Location: Plotted Objects](#points-exact-location-plotted-objects)
Expand Down Expand Up @@ -163,6 +163,8 @@ Suggestions of changes to `archeoViz` are welcome.
These requests may concern additional functions, changes to documentation, additional examples, new features, etc.
They can be made by filling an [issue](https://github.com/sebastien-plutniak/archeoviz/issues) and, even better, using pull requests and the [GitHub Fork and Pull model](https://docs.github.com/articles/about-pull-requests).

## Translation
In the development of `archeoViz`, particular attention is paid to multilingualism. The application interface is available in several languages and translations into additional languages are welcome. To do so, please edit this [file](https://github.com/sebastien-plutniak/archeoviz/blob/main/R/load_interface_terms_utf8.R) and submit a pull request.

# Use

Expand Down Expand Up @@ -447,7 +449,7 @@ See an example [here](https://analytics.huma-num.fr/archeoviz/grotte16).
The [*Seriograph*](https://analytics.huma-num.fr/ModAthom/seriograph/) is a web application (part of the [SPARTAAS](https://spartaas.gitpages.huma-num.fr/r-package/) collection) to visualise changes in the quantitative distribution of artefacts types in ordered or unordered series of spatial units. If an online instance of `archeoViz` is launched with a data set with at least 2 different values for the `layers` variable and 2 different values for the `object_type` variable, then this data can be analysed with the `Seriograph` application.
See an example [here](https://analytics.huma-num.fr/archeoviz/poeymau).

[*Amado*](https://app.ptm.huma-num.fr/amado/) is an on-line application for analyzing contingency tables. It is possible to export a table cross-referencing the values of the selected variable (by default, `object_type`) and the values of the variable `layer`. `Amado` allows you to manually reorder rows and columns, and perform automatic seriations and classifications. See an example [here](https://analytics.huma-num.fr/archeoviz/tai).
[*Amado online*](https://app.ptm.huma-num.fr/amado/) is an on-line application for analyzing contingency tables. It is possible to export a table cross-referencing the values of the selected variable (by default, `object_type`) and the values of the variable `layer`. `Amado` allows you to manually reorder rows and columns, and perform automatic seriations and classifications. See an example [here](https://analytics.huma-num.fr/archeoviz/tai).

[*explor*](https://cran.r-project.org/package=explor) is an R Shiny / R package application for interactively exploring the results of multi-dimensional analyses. `explor` has been adapted to run a Correspondence analysis on a contingency table intersecting the values of the selected variable (by default, `object_type`) and the values of the variable `layer`. See an example [here](https://analytics.huma-num.fr/archeoviz/tai).

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