Lammps: WSL-Ubuntu GPU, docker compose

Lammps を手軽に使いたかったので、サービスを作りました

• WSL + Ubuntu-22.04
• Intel Core i5-10400F (Comet Lake 6 cores, 12 threads)
• NVIDIA GeForce RTX 3060 (Ampere 3584 cores, VRAM 12GB)

環境構築

• cgroup v2 (保留)
• Ubuntu-22.04 on WSL 環境構築
• docker (rootless mode) 手動インストール
• NVIDIA Container Toolkit インストール

Lammps

インストール

toko@host:~/docker-lammps$ git clone git clone -b release --depth 1 https://github.com/lammps/lammps.git lammps
toko@host:~/docker-lammps$ mkdir data
toko@host:~/docker-lammps$ cp -r lammps/examples data/exmples 
# サービス用のコンテナを作成
toko@host:~/docker-lammps$ docker compose build

サービス lammps を一度限りのコマンドとして実行

toko@host:~/docker-lammps$ docker compose run lammps
# Dockerfile の CMD の内容を置き換え
toko@host:~/docker-lammps$ docker compose run lammps bash build_check.sh

サービスを停止

toko@host:~/docker-lammps$ docker compose stop
toko@host:~/docker-lammps$ docker compose down

更新

toko@host:~/docker-lammps/lammps$ git pull
toko@host:~/docker-lammps$ docker compose build

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[参考] GPU アクセレーションの使い方

# no acceleration
lmp -in $INPUT_FILE

# GPU + OpenMPI + OpenMP
mpirun --allow-run-as-root -np 6 lmp -sf hybrid gpu omp -pk omp 2 -in $INPUT_FILE

# GPU + OpenMPI + OpenMP(not package) + OPT
mpirun --allow-run-as-root -x OMP_NUM_THREADS=1 -np 6 lmp -sf hybrid gpu opt -in $INPUT_FILE

# GPU + OpenMPI + OpenMP(not package)
mpirun --allow-run-as-root -x OMP_NUM_THREADS=1 -np 6 lmp -sf gpu -in $INPUT_FILE

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