En este Workshop organizado por U-Genoma introduciremos de forma intensiva el estudio de genética de poblaciones con datos de cobertura genómica, utilizando investigación computacional reproducible.
Esta actividad se llevará a cabo el día 22 de Julio, entre las 9:00 – 18:00 hrs. El lugar será la sala de computación del programa de Genética Humana, Facultad de medicina; ubicado en Av. Independencia 1027, Independencia, Región Metropolitana.
La admisión es gratuita, pero es necesario confirmar su asistencia llenando la encuesta en el siguiente link y se dará preferencia a los asistentes al Encuentro Anual 2019 de U-Genoma:
Esperamos poder contar con su participación en esta actividad Académica.
INSTRUCTORES:
- Alicia Mastretta Yanes, PhD., CONACYT-CONABIO, Programa de Doctorado en Ciencias Biológicas (UNAM), Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad de México (CONABIO), www.mastrettayanes-lab.org
- Ricardo Verdugo Salgado, PhD., Facultad de Medicina , Programa de Genética Humana (PGH), Instituto de Ciencias Biomédicas (ICBM), U. de Chile, http://genomed.med.uchile.cl
OBJETIVO:
- Capacitar al estudiante en la utilización de herramientas de software libre para el diseño y ejecución de flujos de trabajo con datos de abordaje genómico para investigar la estructura genética de poblaciones. El estudiante estará capacitado para entender comandos básico de Bash, plink y R para realizar control de calidad de datos y análisis estadísticos utilizados actualmente en genómica de poblaciones.
- Formar al estudiante en documentación y reproducibilidad de código para análisis de datos de abordaje genómico.
- Linux y BASH
- Intro a R
10:50 - 11:00 Receso
- Markdown
- Jupyter Notebook
- Docker
- Formato de archivos PLINK
- Control de calidad de datos
- Filtrado de genotipos
- Filtrado de individuos por calidad de datos y parentesco críptico
15:50 - 16:10 Receso
- Analisis exploratorio por reducción de dimensionalidad (PCA/MDS)
- Inferencia de estructura basada en modelos (ADMIXTURE)