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OBJETIVOS Y CARACTERISTICAS:

• Predicción de interfases y estados predocking.
• Hacerlo evitando scoring functions, el objetivo es poder predecir el resultado que saca un ITC. Hacerlo con métodos de energía libre.
• Hacer el FEL del complejo.
• Predecir formación de polimeros. (empezando por el homodimero rigido y prediciendo, en primera aproximación, las estructuras polimericas posibles por complementaridad esterica. En primera aproximación rígida con la fibra compuesta por una proteina sólo hace falta hacer un docking del homodimero) -Buscar sistema de prueba: p.ej fibra de colageno, beta-amyloides,...- Aplicar por ejemplo el algoritmo de wales para clusters de particulas. Predicción en el polimero de nuevas interacciones estabilizantes fuera de las interfases predichas.
• Predicción de interacciones entre polimeros, fimbrias, fibras, etc...
• Que se pueda hacer bien SmallTS. No se trata de predecir interacción entre proteínas. Se trata de predecir interfaces de proteínas que se sabe que interacción.
• Que se pueda hacer HTS de muchas otras proteinas.
• Que se pueda meter ADN y ARN
• Hacer alchemistry en mutaciones puntuales de la interfase para predecir interacciones relevantes.
• ...