Disponibles via en Speaker Deck
En este taller aprenderemos a utilizar la libreria de R VisNetwork que permite la visualización interactiva de redes.
Utilizaremos datos reales descritos en De Anda et al., 2018. Específicamente, la red biológica se obtuvo al caracterizar tapetes microbianos muestreados en el tiempo durante y después de una perturbación antropogénica causada por la extracción masiva de agua profunda en Cuatro Ciénegas Coahuila México. Si quieres más información visita la pagina del Documental de Cuatro Ciénegas o la revisión del análisis de redes en perspectiva de la problematica de extracción de agua en Cuatro Cienégas De Anda et al., 2018.
Los datos de este ejercicio forman parte de los archivos ejemplo de NetAn, un algorítmo diseñado para analizar las caracteriticas topologicas de redes complejas.
Las redes biólogicas se predijeron utlizando Lotka-Volterra model based tool, the Metagenomic Microbial Interacticon Simulator (MetaMIS)
El archivo edges2addTax.tab contiene la lista de adyacencia derivada de las red consenso obtenida con MetaMIS. Este archivo lo vamos a modificar para agregarle un color específico a las interacciones negativas y positivas (azul y naranja respectivamente).
from to Strength
Actinobacteria unclassified_class_1760 Unclassified Gammaproteobacteria unclassified -5.93E+14
Actinobacteria unclassified_class_1760 Bacillaceae -5.76E+14
Actinobacteria unclassified_class_1760 Francisellaceae -5.75E+14
Actinobacteria unclassified_class_1760 Leotiomyceta unclassified -5.34E+14
Actinobacteria unclassified_class_1760 Nitriliruptoraceae -4.81E+14
Actinobacteria unclassified_class_1760 Ardenticatenaceae -4.68E+14
Actinobacteria unclassified_class_1760 Verrucomicrobiales unclassified -4.61E+14
Actinobacteria unclassified_class_1760 Microchaetaceae -4.51E+14
Actinobacteria unclassified_class_1760 Competibacteraceae -4.49E+14
El archivo nodes2addColors.tab es una descripción de todos los taxa identificados con su correspondiente asignación taxonómica En R vamos a agregar un color y una forma geométrica especifica a cada nodo. Visita la pagina de VisNetwork e para saber más sobre las opciones de formas geometricas predeterminadas en la libreria.
id Group Domain Phylum Class
Candidatus Bathyarchaeota unclassified 1 Archaea Candidatus Bathyarchaeota Candidatus Bathyarchaeota unclassified
Candidatus Diapherotrites unclassified 1 Archaea Candidatus Diapherotrites Candidatus Diapherotrites unclassified
Crenarchaeota unclassified 1 Archaea Crenarchaeota Crenarchaeota unclassified
Euryarchaeota unclassified 1 Archaea Euryarchaeota Euryarchaeota unclassified
Archaea unclassified 1 Archaea Archaea_unclassified Archaea_unclassified
Nanoarchaeota unclassified 1 Archaea Nanoarchaeota Archaea_unclassified
TACK group unclassified 1 Archaea Archaea_unclassified Archaea_unclassified
Thaumarchaeota unclassified 1 Archaea Thaumarchaeota Archaea_unclassified
Unclassified Archaea unclassified 1 Archaea Archaea_unclassified Archaea_unclassified
- Barabási & Albert 1999
- Watts & Strogatz 1998
- Albert R & Barabási 2002
- Tëmkin I., Eldredge N. (2015)
- Torres Agudo 2020 New insights into how to utilize graph theoretical measures to make neurobiological inferences regarding the mechanisms underlying human cognition, behavior, and brain disorders.
- Farahani et al., 2019
- This webinar EBI-Training online course from Birgit Meldal provides you with an introduction to protein-protein interactions and the molecular interaction database
- Mason et al., 2001
- Rual et al., 2005
- Faust & Raes 2012 Review
- Xiao et al., 2017
- De Anda et al., 2018
- De Anda et al., 2018
- Mandakovic et al., 2018