Este respositorio contiene el material didáctico asocialdo al tema 14: Modulos del Curso Fundamental de Posgrado impartido en el marco de los Programas de Posgrado en Ciencias Bioquímicas y Ciencias Biomédicas de la Universidad Nacional Autómoma de México (UNAM), semestre 2019-1, impartido en el Centro de Ciencias Genómicas (CCG), Cuernavaca, Morelos, México.
El material didáctico y código asociados a este tema del curso_perl4bioinfo lo distribuyo públicamente a través de este repositorio GitHub bajo la Licencia No Comercial Creative Commons 4.0
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En formato HTML
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Formato presentación-Rpubs
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Los binarios de clustalo, muscle, FastTree y phyml los encuentras en https://github.com/vinuesa/curso_perl4bioinfo/tree/master/bin
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las secuencias en https://github.com/vinuesa/curso_perl4bioinfo/tree/master/docs/perl4bioinfo/seq
Si tienes instalado git en tu computadora, puedes clonar el repositorio con el comando:
git clone https://github.com/vinuesa/curso_perl4bioinfo.git
Para actualizar los contenidos de este repositorio en tu máquina, ve al directorio en el que clonaste el repositorio y ejecuta un git pull
cd /path/GithubRepo/curso_perl4bioinfo git pull
Puedes instalar git fácilmente en Ubuntu usando:
sudo apt install git
Alternativamente, puedes descargar el archivo master.zip
- Statistics::Descriptive
- Statistics::Distributions
- Bio::Perl
- cpanm
En Ubuntu, los puedes instalar usando:
sudo apt install perldoc cpanminus bioperl libstatistics-descriptive-perl libstatistics-distributions-perl
Estos módulos están en el directorio
sudo apt install muscle clustalo fasttree phyml
Estos binarios (Linux, 64bit) están en el directorio