changed lib.logger and reflected in annotation and analyzer.

[musashi1729]

lib.loggerに親ロガーを用意する方法でloggerを必須引数から外すようにしました。
とりあえずlib.annotationとtools.analyzerにだけ実装してます。

[delta-river]

修正ありがとうございます！
動作確認はしていないですが，見たところ特に問題なさそうでした．

[delta-river]

ちなみに，./server/__main__.py と ./server/miogatto.py にも logger が出てくるのですが，そちらも対応が必要かもしれません．

ぱっと，grep を掛けたところ，↓のような感じなので，少なくとも ./server/__main__.pyはMiAnno, McDict に関して修正が必要そうです．

./server/__main__.py:    mi_anno = MiAnno(anno_json, app.logger)
./server/__main__.py:    mcdict = McDict(mcdict_json, app.logger)
./server/__main__.py:    server = MioGattoServer(paper_id, tree, mi_anno, mcdict, app.logger)
./server/miogatto.py:    def __init__(self, paper_id: str, tree, mi_anno: MiAnno, mcdict: McDict, logger: Logger):
./server/miogatto.py:        self.logger = logger