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bsa-seq #2
Comments
你好, |
`REF=/data/Erick_Tong/ref_genome/02HFTH1/Malus_domestica_HFTH1_v1.0.a1.fa.fai perl $BSA/simulation_v2.pl -k snp1 echo "step 01 is OK" perl $BSA/bsaindex.pl -v $INPUT 检测了一下主要是在上面第2步‘-pt’参数的问题,我用‘bc’或者‘ril’的话就可以做出全部染色体的图,而第二步的‘-pt’参数换成‘f1’就只有一和号染色体的结果数据和图了,还有第一步'-pt'参数不能选择‘f1’。 |
你好, |
好的,非常感谢耐心细致的解答,确实解决了我的很多疑问 这是我之前的代码 发现结果文件里(包括snp2.drop.vcf)都只有Chr00,Chr01和Chr02 的位点,并不是被过滤掉的 现在根据建议修改后的代码 perl $BSA/bsaindex.pl -v $INPUT 结果没有问题 |
你好,还有一个问题就是,利用'-ab T'加绝对值,不用-sf之后,后面对snp-index 这种方法就无法用plotting 那一步脚本画图了 |
你好, “还有一个问题就是,利用'-ab T'加绝对值,不用-sf之后,后面对snp-index 这种方法就无法用plotting 那一步脚本画图了”,用-ab T不用-sf,结果就与ED或者Gst一样了,参照ED的画图命令即可,只是需要注意一下值所在的列。 |
好的,谢谢 |
可以读一下说明中命令行下面的说明,可以自己算,用R的quantile()函数,或者先运行qtl_region.pl,在标准输出中有打印出来。 |
你好,最近利用你写的脚本BSA进行分析,用的果树F1代群体,但是用f1参数过滤后就只有一两个染色体上有数据了,换成其他群体过滤就正常,不知道具体是什么原因,请教一下,如果能给一个联系方式交流就更好了
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