one-click qiime2 analysis
#将本文件存为zlab.sh，可在home目录下创建soft/qiime2这个目录，然后 cd在所在目录如 ~/soft/qiime2
chmod +x zlab.sh
修改环境变量让zlab.sh在任何位置均可以使用
vi ~/.bashrc
在最下面添加这行
export PATH=$PATH:$HOME/soft/qiime2
更新缓存生效
source ~/.bashrc
在端口输入
zlab.sh -h
查看使用帮助。 完整的执行输入格式为
zlab.sh -i /mnt/d/16S/split/pe-33-manifest-2 -o /mnt/d/16S/amp_results -m /mnt/d/16S/split/sample-metadata.tsv -n 4 -d deblur -a gg_v4
#如果使用了本脚本，请引用文章
Zhou, Jian, et al. "Dietary lysozyme alters sow’s gut microbiota, serum immunity and milk metabolite profile." Frontiers in microbiology 10 (2019): 177.