TRAVAIL D'ETUDE ET DE RECHERCHE - M1 Informatique Université Nice Côte d'Azur

Auteurs

Nina SINGLAN et Romain MICHELUCCI sous la direction de Hélène COLLAVIZZA.

Sujet:

Analyse des phénotypes dans les réseaux de régulation génétiques: étude de cas du métabolisme énergétique dans le cancer du pancréas.

Objectifs:

Ce github a pour ambition de retracer les principales étapes d'analyse des librairies et des algorithmes étudiés tout au long de notre TER. De manière non exhaustive vous trouverez les réponses à ces différents points :

• Essayer de tracer complètement la démarche de l'article sur les commitment sets à l'aide de PyBoolNet et comprendre comment sont obtenus les diagrammes de la figure 3 de l'article de départ.
• Approfondir le fonctionnement de NuSMV-a en espérant récupérer des états acceptants sous une forme plus générale
• Analyse du parser de NuSMV -a et compréhension de NuSMV
• Etude de librairies annexes permettant la génération de primes implicants à partir d'un BDD

Détails :

Une brève description des différents dossiers (un readme est présent dans chacun d'entre eux pour plus de précisions):

• Rapports contient les différents rapports écrits au cours du semestre sur nos recherches.
• NuSMV comprend une étude des options du vérificateur de modèle symbolique NuSMV.
• PyBoolNet contient de nombreux sous-dossiers liés à l'utilisation et l'étude complète de cette librairie python.
• PyNuSMV contient un fichier test permettant de mieux comprendre l'intérêt de la librairie du même nom accessible ici.
• NuSMV-a contient lui aussi plusieurs sous dossiers détaillés dans l'arborescence sur l'analyse de la librairie C.
• Algorithmes retrace l'étude approfondie d'algorithmes de graphe étudiés.