- Harmonisation :
- README
- Nom des paramètres
- Affichage de l’aide
- Licence et contributions
- Config nextflow
- flowchart
- topics (https://github.com/orgs/IARCbioinfo/topics)
- Création d’un repository référençant les pipelines et centralisant les informations communes (installation de nextflow, configuration etc.).
- Création d’un site web readthedocs
- Nouvelles pipelines:
- Platypus
- ANNOVAR
- Mutspec
- Méthylation
- QC DNA-seq (multi-QC ?)
- Pipeline "universelle"
- Best practices pour le développement
- Github (issues, branches, releases, changelog, syntax color enabling)
- Nextflow (optional and parallel processes, publishdir, java)
- R scripts (input, parsing des options, output)
- Docker/singularity (see https://github.com/nextflow-io/rnatoy/blob/master/Singularity or nextflow-io/nextflow#356)
- Avoir un mini dataset pour chaque pipeline pour les tests
- Publication dans un journal scientifique (https://genomebiology.biomedcentral.com/submission-guidelines/preparing-your-manuscript/software, https://genomemedicine.biomedcentral.com/submission-guidelines/preparing-your-manuscript/software, http://www.nature.com/nbt/authors/article_types/index.html)
- CircleCI pour des tests automatisés
- Fichier de config nextflow pour notre cluster
- Réorganisation des repositories en catégories
- Logo
- Faire un dossier interne a l'IARC avec infos specifiques au cluster Jupiter : chemin d'acces reference genomes pour chaque pipeline, GATK bundles, exemples de commandes pour chaque pipeline...
- Github markdown cheatsheet : https://guides.github.com/pdfs/markdown-cheatsheet-online.pdf
- Nextflow doc : https://www.nextflow.io/docs/latest/index.html
- Readthedocs doc : http://docs.readthedocs.io/en/latest/
- Docker Hub IARCbioinfo : https://hub.docker.com/u/iarcbioinfo/
- Nextflow toy example : https://github.com/nextflow-io/rnatoy
- Nextflow Github : https://github.com/nextflow-io