Pymol

#PyMol

Установка PyMol

Для настройки этой программы на компьютере с Виндоус ХП надо установить дополнительную стреду, которая является Посикс расширением домашней операционной системы. Эта среда даёт почти всю мощь профессиональной системы Линукс.

Для визуализации 3D структуры существует много программ : SwissPDB-Viewer, Rasmol and Jmol. Это только несколько названий. Но лидером в подготовки высококласных изображений является PyMol, благодаря использования встроенного в эту программу языка Питон, можно автоматизировать рутинные операции и добавить новые команды. Это очень удобно для макетирования и тестирования новых функции и возможностей.

Существует более простой путь для установки PyMol, но для этого надо знать адресс этого хранилища программ, который трудно найти в Интернете.

Теоретически, существует второй путь для построения более Виндоизированной программы. Но на практике он требует гораздо большего времени для адоптации. Примерно от 1 недели до 1 месяца. Описание, как собрать программу без стороннего дистрибутива, а наобород сделать свой инсталятор можно прочитать тут

или тут

MinGW на opengl

Для понимания технологии Линукса и приобретения возможности использовать программы с открытым исходным кодом для Линукс-подобных сисием желательно сделать следущее:

Компиляция, построение и установка PyMol

1. Скачать инстолятор Cygwin тут В процессе инсталяции надо выбрать, кроме пакетов по умолчанию, дополниельные пакеты.

   a. G++ (gcc-g++)

   b. Python (python, phyton-tkinter)

   c. openGL (openGL)

   d. PNG (libPNG12, libPNG12-devel)

   e. TCL/Tk libaries (tcltk)

2. Скачать исходный код и распаковать его в директорию c:\pymol

3. Заменить файл setup.py в c:\pymol\ файлом из архива

4. Запустить терминал “Cygwin bash shell” из меню «Пуск». Перейти в директорию pymol, набрав комманду:

cd c:/pymol

5. Скомпилировать и установить модуль PyMol, введя в окне терминала комманды:

   python setup.py build install

   python setup2.py install

6. Скопировать запускающий файл в каталог для выполняемых файлов:

   cp pymol /usr/bin

7. Скачать модуль Питона для создания диалоговых окон PMW

8. Распаковать архив в директорию C:\cygwin\home\Your_user_name\Pmw.1.3.2

9. Внути окна терминала Cygwin перейти в директорию pmw и установить модуль:

   cd C:\cygwin\home\Antonio\Pmw.1.3.2

   pyhton setup.py install

10. Надо внести исправления в исходный код файла cmd.py модуля PyMol. Модуль ставиться в стандартуную для модулей расширения директорию: C:\cygwin\lib\python2.6\site-packages\pymol

В этой директории в файле C:\cygwin\lib\python2.6\site-packages\pymol\cmd.py надо закоментировать значком # и переставить в место рядом с другими коментариями ниже строчку 1551:

#             as,                 \

Так же, но без переноса надо закоментировать строчку 1661:

#            'as'            : [ as                , 0 , 0 , ''  , parsing.STRICT ],          

11. В файле C:\cygwin\lib\python2.6\site-packages\pymol\viewing.py в строчке 533 надо заменить ‘as’ на ‘_as’ : def _as(representation="",selection=""):

12. Правкой этих файлов в каталоге C:\cygwin\home\ Your_user_name \pymol\modules\pymol можно добавить необходимые команды для манипуляции с представляемой информацией. Так например можно добавить новые функции для анализа и представления Социального Графа и результатов работы алгоритмов Коллективного Разума.

13. Для быстрого запуска программы надо создать ярлык на Рабочем столе Виндоус. Для этого надо кликнуть правой кнопкой на поверхнотсти Рабочего стола в меню выбрать Новый -> Ярлык и в первом диалогово окне ввести:

    C:\cygwin\bin\run.exe "bash" "/usr/bin/pymol"

Во втором диалоге ввести название ярлыка, например PyMol.