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labelconvert: Add lookup tables for HCP MMP #1289

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merged 2 commits into from Apr 10, 2018
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labelconvert: Add lookup tables for HCP MMP #1289

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cdc6802
labelconvert: Add lookup tables for HCP MMP
Lestropie Apr 10, 2018
b2a0498
Merge branch 'dev' into hcpmmp_luts
Lestropie Apr 10, 2018
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382 changes: 382 additions & 0 deletions share/mrtrix3/labelconvert/hcpmmp1_ordered.txt
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@@ -0,0 +1,382 @@
# Lookup table for defining the Glasser parcellation as values incrementing from 1
# Thanks to Marlene Tahedl (https://github.com/martahedl)
# ID Labelname R G B A
1 L_V1 63 5 255 255
2 L_MST 54 103 129 255
3 L_V6 62 78 178 255
4 L_V2 23 50 233 255
5 L_V3 15 40 226 255
6 L_V4 14 28 214 255
7 L_V8 26 47 201 255
8 L_4 33 178 20 255
9 L_3b 35 205 21 255
10 L_FEF 134 143 137 255
11 L_PEF 141 166 152 255
12 L_55b 62 88 47 255
13 L_V3A 7 57 246 255
14 L_RSC 153 64 133 255
15 L_POS2 186 86 188 255
16 L_V7 18 70 195 255
17 L_IPS1 57 114 160 255
18 L_FFC 57 89 117 255
19 L_V3B 25 47 206 255
20 L_LO1 0 49 184 255
21 L_LO2 18 33 181 255
22 L_PIT 34 43 171 255
23 L_MT 31 86 104 255
24 L_A1 235 19 47 255
25 L_PSL 122 79 56 255
26 L_SFL 31 49 22 255
27 L_PCV 138 128 153 255
28 L_STV 142 87 76 255
29 L_7Pm 149 181 188 255
30 L_7m 42 31 44 255
31 L_POS1 81 54 98 255
32 L_23d 127 56 91 255
33 L_v23ab 29 0 14 255
34 L_d23ab 63 17 47 255
35 L_31pv 54 11 42 255
36 L_5m 48 163 48 255
37 L_5mv 153 172 136 255
38 L_23c 205 190 194 255
39 L_5L 64 154 64 255
40 L_24dd 69 161 44 255
41 L_24dv 119 159 66 255
42 L_7AL 115 194 134 255
43 L_SCEF 110 146 86 255
44 L_6ma 144 179 135 255
45 L_7Am 184 243 224 255
46 L_7PL 169 246 237 255
47 L_7PC 68 177 108 255
48 L_LIPv 63 113 158 255
49 L_VIP 50 129 137 255
50 L_MIP 136 206 204 255
51 L_1 20 191 38 255
52 L_2 48 176 62 255
53 L_3a 47 216 22 255
54 L_6d 26 158 32 255
55 L_6mp 64 159 38 255
56 L_6v 71 168 50 255
57 L_p24pr 146 136 107 255
58 L_33pr 129 106 103 255
59 L_a24pr 176 133 130 255
60 L_p32pr 163 142 121 255
61 L_a24 67 12 25 255
62 L_d32 90 41 50 255
63 L_8BM 105 83 81 255
64 L_p32 95 32 52 255
65 L_10r 25 12 1 255
66 L_47m 96 75 66 255
67 L_8Av 53 54 43 255
68 L_8Ad 63 67 48 255
69 L_9m 43 35 18 255
70 L_8BL 34 39 20 255
71 L_9p 38 43 28 255
72 L_10d 38 35 24 255
73 L_8C 101 85 84 255
74 L_44 88 88 62 255
75 L_45 60 63 42 255
76 L_47l 51 49 31 255
77 L_a47r 77 76 66 255
78 L_6r 178 214 151 255
79 L_IFJa 126 119 95 255
80 L_IFJp 137 160 132 255
81 L_IFSp 97 98 87 255
82 L_IFSa 188 201 178 255
83 L_p9-46v 138 149 134 255
84 L_46 207 217 200 255
85 L_a9-46v 145 112 128 255
86 L_9-46d 140 117 131 255
87 L_9a 55 52 45 255
88 L_10v 14 35 14 255
89 L_a10p 98 75 89 255
90 L_10pp 55 62 58 255
91 L_11l 129 106 118 255
92 L_13l 82 60 69 255
93 L_OFC 40 35 31 255
94 L_47s 66 35 33 255
95 L_LIPd 155 180 202 255
96 L_6a 121 192 136 255
97 L_i6-8 90 98 83 255
98 L_s6-8 88 92 73 255
99 L_43 145 138 64 255
100 L_OP4 114 157 49 255
101 L_OP1 99 158 35 255
102 L_OP2-3 145 127 52 255
103 L_52 208 72 66 255
104 L_RI 178 61 23 255
105 L_PFcm 190 144 89 255
106 L_PoI2 131 124 83 255
107 L_TA2 130 42 27 255
108 L_FOP4 182 148 129 255
109 L_MI 157 116 106 255
110 L_Pir 90 66 65 255
111 L_AVI 141 72 83 255
112 L_AAIC 85 35 44 255
113 L_FOP1 160 153 88 255
114 L_FOP3 175 137 99 255
115 L_FOP2 99 156 51 255
116 L_PFt 129 222 134 255
117 L_AIP 136 220 166 255
118 L_EC 49 48 35 255
119 L_PreS 86 57 83 255
120 L_H 60 57 40 255
121 L_ProS 87 59 176 255
122 L_PeEc 61 62 51 255
123 L_STGa 58 42 26 255
124 L_PBelt 195 30 5 255
125 L_A5 99 39 6 255
126 L_PHA1 69 50 75 255
127 L_PHA3 96 102 113 255
128 L_STSda 77 51 34 255
129 L_STSdp 73 57 39 255
130 L_STSvp 71 59 57 255
131 L_TGd 35 34 23 255
132 L_TE1a 11 14 0 255
133 L_TE1p 96 102 94 255
134 L_TE2a 67 64 58 255
135 L_TF 64 72 56 255
136 L_TE2p 105 128 117 255
137 L_PHT 217 252 223 255
138 L_PH 88 131 163 255
139 L_TPOJ1 125 90 64 255
140 L_TPOJ2 156 162 138 255
141 L_TPOJ3 121 148 145 255
142 L_DVT 120 112 190 255
143 L_PGp 155 190 228 255
144 L_IP2 176 166 174 255
145 L_IP1 118 121 128 255
146 L_IP0 112 160 207 255
147 L_PFop 187 205 145 255
148 L_PF 255 255 226 255
149 L_PFm 133 105 114 255
150 L_PGi 53 62 46 255
151 L_PGs 62 67 57 255
152 L_V6A 41 89 166 255
153 L_VMV1 62 61 155 255
154 L_VMV3 49 53 159 255
155 L_PHA2 88 90 89 255
156 L_V4t 14 79 128 255
157 L_FST 92 157 153 255
158 L_V3CD 15 46 182 255
159 L_LO3 54 94 160 255
160 L_VMV2 67 62 161 255
161 L_31pd 56 22 45 255
162 L_31a 143 105 133 255
163 L_VVC 53 61 124 255
164 L_25 36 24 14 255
165 L_s32 46 35 21 255
166 L_pOFC 76 48 53 255
167 L_PoI1 164 104 97 255
168 L_Ig 110 123 36 255
169 L_FOP5 163 102 105 255
170 L_p10p 89 64 76 255
171 L_p47r 126 123 112 255
172 L_TGv 46 51 42 255
173 L_MBelt 187 30 24 255
174 L_LBelt 233 18 27 255
175 L_A4 152 39 4 255
176 L_STSva 40 33 22 255
177 L_TE1m 59 45 43 255
178 L_PI 122 50 50 255
179 L_a32pr 130 63 87 255
180 L_p24 123 35 74 255
181 R_V1 63 5 255 255
182 R_MST 54 103 129 255
183 R_V6 62 78 178 255
184 R_V2 23 50 233 255
185 R_V3 15 40 226 255
186 R_V4 14 28 214 255
187 R_V8 26 47 201 255
188 R_4 33 178 20 255
189 R_3b 35 205 21 255
190 R_FEF 134 143 137 255
191 R_PEF 141 166 152 255
192 R_55b 62 88 47 255
193 R_V3A 7 57 246 255
194 R_RSC 153 64 133 255
195 R_POS2 186 86 188 255
196 R_V7 18 70 195 255
197 R_IPS1 57 114 160 255
198 R_FFC 57 89 117 255
199 R_V3B 25 47 206 255
200 R_RO1 0 49 184 255
201 R_RO2 18 33 181 255
202 R_PIT 34 43 171 255
203 R_MT 31 86 104 255
204 R_A1 235 19 47 255
205 R_PSR 122 79 56 255
206 R_SFR 31 49 22 255
207 R_PCV 138 128 153 255
208 R_STV 142 87 76 255
209 R_7Pm 149 181 188 255
210 R_7m 42 31 44 255
211 R_POS1 81 54 98 255
212 R_23d 127 56 91 255
213 R_v23ab 29 0 14 255
214 R_d23ab 63 17 47 255
215 R_31pv 54 11 42 255
216 R_5m 48 163 48 255
217 R_5mv 153 172 136 255
218 R_23c 205 190 194 255
219 R_5R 64 154 64 255
220 R_24dd 69 161 44 255
221 R_24dv 119 159 66 255
222 R_7AR 115 194 134 255
223 R_SCEF 110 146 86 255
224 R_6ma 144 179 135 255
225 R_7Am 184 243 224 255
226 R_7PR 169 246 237 255
227 R_7PC 68 177 108 255
228 R_RIPv 63 113 158 255
229 R_VIP 50 129 137 255
230 R_MIP 136 206 204 255
231 R_1 20 191 38 255
232 R_2 48 176 62 255
233 R_3a 47 216 22 255
234 R_6d 26 158 32 255
235 R_6mp 64 159 38 255
236 R_6v 71 168 50 255
237 R_p24pr 146 136 107 255
238 R_33pr 129 106 103 255
239 R_a24pr 176 133 130 255
240 R_p32pr 163 142 121 255
241 R_a24 67 12 25 255
242 R_d32 90 41 50 255
243 R_8BM 105 83 81 255
244 R_p32 95 32 52 255
245 R_10r 25 12 1 255
246 R_47m 96 75 66 255
247 R_8Av 53 54 43 255
248 R_8Ad 63 67 48 255
249 R_9m 43 35 18 255
250 R_8BR 34 39 20 255
251 R_9p 38 43 28 255
252 R_10d 38 35 24 255
253 R_8C 101 85 84 255
254 R_44 88 88 62 255
255 R_45 60 63 42 255
256 R_47R 51 49 31 255
257 R_a47r 77 76 66 255
258 R_6r 178 214 151 255
259 R_IFJa 126 119 95 255
260 R_IFJp 137 160 132 255
261 R_IFSp 97 98 87 255
262 R_IFSa 188 201 178 255
263 R_p9-46v 138 149 134 255
264 R_46 207 217 200 255
265 R_a9-46v 145 112 128 255
266 R_9-46d 140 117 131 255
267 R_9a 55 52 45 255
268 R_10v 14 35 14 255
269 R_a10p 98 75 89 255
270 R_10pp 55 62 58 255
271 R_11R 129 106 118 255
272 R_13R 82 60 69 255
273 R_OFC 40 35 31 255
274 R_47s 66 35 33 255
275 R_RIPd 155 180 202 255
276 R_6a 121 192 136 255
277 R_i6-8 90 98 83 255
278 R_s6-8 88 92 73 255
279 R_43 145 138 64 255
280 R_OP4 114 157 49 255
281 R_OP1 99 158 35 255
282 R_OP2-3 145 127 52 255
283 R_52 208 72 66 255
284 R_RI 178 61 23 255
285 R_PFcm 190 144 89 255
286 R_PoI2 131 124 83 255
287 R_TA2 130 42 27 255
288 R_FOP4 182 148 129 255
289 R_MI 157 116 106 255
290 R_Pir 90 66 65 255
291 R_AVI 141 72 83 255
292 R_AAIC 85 35 44 255
293 R_FOP1 160 153 88 255
294 R_FOP3 175 137 99 255
295 R_FOP2 99 156 51 255
296 R_PFt 129 222 134 255
297 R_AIP 136 220 166 255
298 R_EC 49 48 35 255
299 R_PreS 86 57 83 255
300 R_H 60 57 40 255
301 R_ProS 87 59 176 255
302 R_PeEc 61 62 51 255
303 R_STGa 58 42 26 255
304 R_PBeRt 195 30 5 255
305 R_A5 99 39 6 255
306 R_PHA1 69 50 75 255
307 R_PHA3 96 102 113 255
308 R_STSda 77 51 34 255
309 R_STSdp 73 57 39 255
310 R_STSvp 71 59 57 255
311 R_TGd 35 34 23 255
312 R_TE1a 11 14 0 255
313 R_TE1p 96 102 94 255
314 R_TE2a 67 64 58 255
315 R_TF 64 72 56 255
316 R_TE2p 105 128 117 255
317 R_PHT 217 252 223 255
318 R_PH 88 131 163 255
319 R_TPOJ1 125 90 64 255
320 R_TPOJ2 156 162 138 255
321 R_TPOJ3 121 148 145 255
322 R_DVT 120 112 190 255
323 R_PGp 155 190 228 255
324 R_IP2 176 166 174 255
325 R_IP1 118 121 128 255
326 R_IP0 112 160 207 255
327 R_PFop 187 205 145 255
328 R_PF 255 255 226 255
329 R_PFm 133 105 114 255
330 R_PGi 53 62 46 255
331 R_PGs 62 67 57 255
332 R_V6A 41 89 166 255
333 R_VMV1 62 61 155 255
334 R_VMV3 49 53 159 255
335 R_PHA2 88 90 89 255
336 R_V4t 14 79 128 255
337 R_FST 92 157 153 255
338 R_V3CD 15 46 182 255
339 R_RO3 54 94 160 255
340 R_VMV2 67 62 161 255
341 R_31pd 56 22 45 255
342 R_31a 143 105 133 255
343 R_VVC 53 61 124 255
344 R_25 36 24 14 255
345 R_s32 46 35 21 255
346 R_pOFC 76 48 53 255
347 R_PoI1 164 104 97 255
348 R_Ig 110 123 36 255
349 R_FOP5 163 102 105 255
350 R_p10p 89 64 76 255
351 R_p47r 126 123 112 255
352 R_TGv 46 51 42 255
353 R_MBeRt 187 30 24 255
354 R_RBeRt 233 18 27 255
355 R_A4 152 39 4 255
356 R_STSva 40 33 22 255
357 R_TE1m 59 45 43 255
358 R_PI 122 50 50 255
359 R_a32pr 130 63 87 255
360 R_p24 123 35 74 255
361 L_Cerebellum 230 148 34 255
362 L_Thalamus 0 118 14 255
363 L_Caudate 122 186 220 255
364 L_Putamen 236 13 176 255
365 L_Pallidum 12 48 255 255
366 L_Hippocampus 220 216 20 255
367 L_Amygdala 103 255 255 255
368 L_Accumbens 255 165 0 255
369 L_VentralDC 165 42 42 255
370 R_Cerebellum 230 148 34 255
371 R_Thalamus 0 118 14 255
372 R_Caudate 122 186 220 255
373 R_Putamen 236 13 176 255
374 R_Pallidum 13 48 255 255
375 R_Hippocampus 220 216 20 255
376 R_Amygdala 103 255 255 255
377 R_Accumbens 255 165 0 255
378 R_VentralDC 165 42 42 255
379 Brain-Stem 119 159 176 255