Skip to content

Commit

Permalink
initialized with 16_Jan_2012 src
Browse files Browse the repository at this point in the history
  • Loading branch information
Vladimir Reinharz committed Sep 20, 2012
0 parents commit 46e7ac9
Show file tree
Hide file tree
Showing 55 changed files with 16,106 additions and 0 deletions.
1 change: 1 addition & 0 deletions .gitignore
@@ -0,0 +1 @@
.DS_Store
16 changes: 16 additions & 0 deletions Makefile
@@ -0,0 +1,16 @@
SRC_DIR = src

SRC_C_FILES = src/constraints.c src/RNAmutants.c src/util.c src/sampling.c src/mfe_backtrack.c src/energy_functions.c src/reader_energy_params.c src/hybrid.c

SRC_H_FILES = src/util.h src/constraints.h src/sampling.h src/reader_energy_params.h src/energy_params_tables.h src/mfe_backtrack.h src/RNAmutants.h src/energy_functions.h src/hybrid.h


all : RNAmutants

RNAmutants : $(SRC_C_FILES) $(SRC_H_FILES)
(cd $(SRC_DIR) && $(MAKE) $@) || exit 1;\
(mv $(SRC_DIR)/RNAmutants .) || exit 1

clean :
(cd $(SRC_DIR) && $(MAKE) $@) || exit 1;\
(rm -f *~) || exit 1
Binary file added lib/.DS_Store
Binary file not shown.
378 changes: 378 additions & 0 deletions lib/dat/asint1x2.dat

Large diffs are not rendered by default.

96 changes: 96 additions & 0 deletions lib/dat/asint1x2.lop.dat
@@ -0,0 +1,96 @@
3.90 3.70 3.10 5.50 3.20 3.00 2.40 4.80 3.20 3.00 2.40 4.80 3.90 3.70 3.10 5.50 3.90 3.70 3.10 5.50 3.90 3.70 3.10 5.50
3.80 3.70 5.50 3.70 3.10 3.00 4.80 3.00 3.10 3.00 4.80 3.00 3.80 3.70 5.50 3.70 3.80 3.70 5.50 3.70 3.80 3.70 5.50 3.70
3.20 5.50 2.30 5.50 2.50 4.80 1.60 4.80 2.50 4.80 1.60 4.80 3.20 5.50 2.30 5.50 3.20 5.50 2.30 5.50 3.20 5.50 2.30 5.50
5.50 5.50 5.50 5.50 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50
3.60 3.20 3.10 5.50 2.90 2.50 2.40 4.80 2.90 2.50 2.40 4.80 3.60 3.20 3.10 5.50 3.60 3.20 3.10 5.50 3.60 3.20 3.10 5.50
3.70 4.00 5.50 3.70 3.00 3.30 4.80 3.00 3.00 3.30 4.80 3.00 3.70 4.00 5.50 3.70 3.70 4.00 5.50 3.70 3.70 4.00 5.50 3.70
5.50 5.50 5.50 5.50 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50
5.50 3.70 5.50 2.80 4.80 3.00 4.80 2.10 4.80 3.00 4.80 2.10 5.50 3.70 5.50 2.80 5.50 3.70 5.50 2.80 5.50 3.70 5.50 2.80
2.50 2.10 1.90 5.50 1.80 1.40 1.20 4.80 1.80 1.40 1.20 4.80 2.50 2.10 1.90 5.50 2.50 2.10 1.90 5.50 2.50 2.10 1.90 5.50
5.50 5.50 5.50 5.50 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50
2.30 5.50 3.70 5.50 1.60 4.80 3.00 4.80 1.60 4.80 3.00 4.80 2.30 5.50 3.70 5.50 2.30 5.50 3.70 5.50 2.30 5.50 3.70 5.50
5.50 5.50 5.50 5.50 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50
5.50 5.50 5.50 5.50 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50
4.00 3.40 5.50 3.70 3.30 2.70 4.80 3.00 3.30 2.70 4.80 3.00 4.00 3.40 5.50 3.70 4.00 3.40 5.50 3.70 4.00 3.40 5.50 3.70
5.50 5.50 5.50 5.50 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50
5.50 3.20 5.50 2.70 4.80 2.50 4.80 2.00 4.80 2.50 4.80 2.00 5.50 3.20 5.50 2.70 5.50 3.20 5.50 2.70 5.50 3.20 5.50 2.70
3.20 3.00 2.40 4.80 2.30 2.20 1.10 4.00 2.40 2.20 1.60 4.00 3.20 3.00 2.40 4.80 3.20 3.00 2.40 4.80 3.20 3.00 2.40 4.80
3.10 3.00 4.80 3.00 2.30 2.20 4.00 2.20 2.30 2.20 4.00 2.20 3.10 3.00 4.80 3.00 3.10 3.00 4.80 3.00 3.10 3.00 4.80 3.00
2.50 4.80 1.60 4.80 1.70 4.00 0.80 4.00 1.70 4.00 0.80 4.00 2.50 4.80 1.60 4.80 2.50 4.80 1.60 4.80 2.50 4.80 1.60 4.80
4.80 4.80 4.80 4.80 4.00 4.00 4.00 4.00 4.00 4.00 4.00 4.00 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80
2.90 2.50 2.40 4.80 2.10 1.70 1.60 4.00 2.10 1.70 1.60 4.00 2.90 2.50 2.40 4.80 2.90 2.50 2.40 4.80 2.90 2.50 2.40 4.80
3.00 3.30 4.80 3.00 2.20 2.50 4.00 2.20 2.20 2.50 4.00 2.20 3.00 3.30 4.80 3.00 3.00 3.30 4.80 3.00 3.00 3.30 4.80 3.00
4.80 4.80 4.80 4.80 4.00 4.00 4.00 4.00 4.00 4.00 4.00 4.00 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80
4.80 3.00 4.80 2.10 4.00 2.20 4.00 1.50 4.00 2.20 4.00 1.30 4.80 3.00 4.80 2.10 4.80 3.00 4.80 2.10 4.80 3.00 4.80 2.10
1.80 1.40 1.20 4.80 0.80 0.60 0.40 4.00 1.00 0.60 0.40 4.00 1.80 1.40 1.20 4.80 1.80 1.40 1.20 4.80 1.80 1.40 1.20 4.80
4.80 4.80 4.80 4.80 4.00 4.00 4.00 4.00 4.00 4.00 4.00 4.00 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80
1.60 4.80 3.00 4.80 0.80 4.00 2.20 4.00 0.80 4.00 2.20 4.00 1.60 4.80 3.00 4.80 1.60 4.80 3.00 4.80 1.60 4.80 3.00 4.80
4.80 4.80 4.80 4.80 4.00 4.00 4.00 4.00 4.00 4.00 4.00 4.00 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80
4.80 4.80 4.80 4.80 4.00 4.00 4.00 4.00 4.00 4.00 4.00 4.00 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80
3.30 2.70 4.80 3.00 2.50 1.90 4.00 2.20 2.50 1.90 4.00 2.20 3.30 2.70 4.80 3.00 3.30 2.70 4.80 3.00 3.30 2.70 4.80 3.00
4.80 4.80 4.80 4.80 4.00 4.00 4.00 4.00 4.00 4.00 4.00 4.00 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80
4.80 2.50 4.80 2.00 4.00 1.70 4.00 1.20 4.00 1.70 4.00 1.20 4.80 2.50 4.80 2.00 4.80 2.50 4.80 2.00 4.80 2.50 4.80 2.00
3.20 3.00 2.40 4.80 2.40 2.20 1.60 4.00 2.50 2.20 2.10 4.00 3.20 3.00 2.40 4.80 3.20 3.00 2.40 4.80 3.20 3.00 2.40 4.80
3.10 3.00 4.80 3.00 2.30 2.20 4.00 2.20 2.30 2.20 4.00 2.20 3.10 3.00 4.80 3.00 3.10 3.00 4.80 3.00 3.10 3.00 4.80 3.00
2.50 4.80 1.60 4.80 1.70 4.00 0.80 4.00 1.70 4.00 0.80 4.00 2.50 4.80 1.60 4.80 2.50 4.80 1.60 4.80 2.50 4.80 1.60 4.80
4.80 4.80 4.80 4.80 4.00 4.00 4.00 4.00 4.00 4.00 4.00 4.00 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80
2.90 2.50 2.40 4.80 2.10 1.70 1.60 4.00 2.10 1.70 1.60 4.00 2.90 2.50 2.40 4.80 2.90 2.50 2.40 4.80 2.90 2.50 2.40 4.80
3.00 3.30 4.80 3.00 2.20 2.50 4.00 2.20 2.20 2.50 4.00 2.20 3.00 3.30 4.80 3.00 3.00 3.30 4.80 3.00 3.00 3.30 4.80 3.00
4.80 4.80 4.80 4.80 4.00 4.00 4.00 4.00 4.00 4.00 4.00 4.00 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80
4.80 3.00 4.80 2.10 4.00 2.20 4.00 1.30 4.00 2.20 4.00 1.20 4.80 3.00 4.80 2.10 4.80 3.00 4.80 2.10 4.80 3.00 4.80 2.10
1.80 1.40 1.20 4.80 1.00 0.60 0.40 4.00 1.20 0.60 0.40 4.00 1.80 1.40 1.20 4.80 1.80 1.40 1.20 4.80 1.80 1.40 1.20 4.80
4.80 4.80 4.80 4.80 4.00 4.00 4.00 4.00 4.00 4.00 4.00 4.00 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80
1.60 4.80 3.00 4.80 0.80 4.00 2.20 4.00 0.80 4.00 2.20 4.00 1.60 4.80 3.00 4.80 1.60 4.80 3.00 4.80 1.60 4.80 3.00 4.80
4.80 4.80 4.80 4.80 4.00 4.00 4.00 4.00 4.00 4.00 4.00 4.00 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80
4.80 4.80 4.80 4.80 4.00 4.00 4.00 4.00 4.00 4.00 4.00 4.00 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80
3.30 2.70 4.80 3.00 2.50 1.90 4.00 2.20 2.50 1.90 4.00 2.20 3.30 2.70 4.80 3.00 3.30 2.70 4.80 3.00 3.30 2.70 4.80 3.00
4.80 4.80 4.80 4.80 4.00 4.00 4.00 4.00 4.00 4.00 4.00 4.00 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80
4.80 2.50 4.80 2.00 4.00 1.70 4.00 1.20 4.00 1.70 4.00 1.20 4.80 2.50 4.80 2.00 4.80 2.50 4.80 2.00 4.80 2.50 4.80 2.00
3.90 3.70 3.10 5.50 3.20 3.00 2.40 4.80 3.20 3.00 2.40 4.80 3.90 3.70 3.10 5.50 3.90 3.70 3.10 5.50 3.90 3.70 3.10 5.50
3.80 3.70 5.50 3.70 3.10 3.00 4.80 3.00 3.10 3.00 4.80 3.00 3.80 3.70 5.50 3.70 3.80 3.70 5.50 3.70 3.80 3.70 5.50 3.70
3.20 5.50 2.30 5.50 2.50 4.80 1.60 4.80 2.50 4.80 1.60 4.80 3.20 5.50 2.30 5.50 3.20 5.50 2.30 5.50 3.20 5.50 2.30 5.50
5.50 5.50 5.50 5.50 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50
3.60 3.20 3.10 5.50 2.90 2.50 2.40 4.80 2.90 2.50 2.40 4.80 3.60 3.20 3.10 5.50 3.60 3.20 3.10 5.50 3.60 3.20 3.10 5.50
3.70 4.00 5.50 3.70 3.00 3.30 4.80 3.00 3.00 3.30 4.80 3.00 3.70 4.00 5.50 3.70 3.70 4.00 5.50 3.70 3.70 4.00 5.50 3.70
5.50 5.50 5.50 5.50 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50
5.50 3.70 5.50 2.80 4.80 3.00 4.80 2.10 4.80 3.00 4.80 2.10 5.50 3.70 5.50 2.80 5.50 3.70 5.50 2.80 5.50 3.70 5.50 2.80
2.50 2.10 1.90 5.50 1.80 1.40 1.20 4.80 1.80 1.40 1.20 4.80 2.50 2.10 1.90 5.50 2.50 2.10 1.90 5.50 2.50 2.10 1.90 5.50
5.50 5.50 5.50 5.50 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50
2.30 5.50 3.70 5.50 1.60 4.80 3.00 4.80 1.60 4.80 3.00 4.80 2.30 5.50 3.70 5.50 2.30 5.50 3.70 5.50 2.30 5.50 3.70 5.50
5.50 5.50 5.50 5.50 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50
5.50 5.50 5.50 5.50 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50
4.00 3.40 5.50 3.70 3.30 2.70 4.80 3.00 3.30 2.70 4.80 3.00 4.00 3.40 5.50 3.70 4.00 3.40 5.50 3.70 4.00 3.40 5.50 3.70
5.50 5.50 5.50 5.50 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50
5.50 3.20 5.50 2.70 4.80 2.50 4.80 2.00 4.80 2.50 4.80 2.00 5.50 3.20 5.50 2.70 5.50 3.20 5.50 2.70 5.50 3.20 5.50 2.70
3.90 3.70 3.10 5.50 3.20 3.00 2.40 4.80 3.20 3.00 2.40 4.80 3.90 3.70 3.10 5.50 3.90 3.70 3.10 5.50 3.90 3.70 3.10 5.50
3.80 3.70 5.50 3.70 3.10 3.00 4.80 3.00 3.10 3.00 4.80 3.00 3.80 3.70 5.50 3.70 3.80 3.70 5.50 3.70 3.80 3.70 5.50 3.70
3.20 5.50 2.30 5.50 2.50 4.80 1.60 4.80 2.50 4.80 1.60 4.80 3.20 5.50 2.30 5.50 3.20 5.50 2.30 5.50 3.20 5.50 2.30 5.50
5.50 5.50 5.50 5.50 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50
3.60 3.20 3.10 5.50 2.90 2.50 2.40 4.80 2.90 2.50 2.40 4.80 3.60 3.20 3.10 5.50 3.60 3.20 3.10 5.50 3.60 3.20 3.10 5.50
3.70 4.00 5.50 3.70 3.00 3.30 4.80 3.00 3.00 3.30 4.80 3.00 3.70 4.00 5.50 3.70 3.70 4.00 5.50 3.70 3.70 4.00 5.50 3.70
5.50 5.50 5.50 5.50 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50
5.50 3.70 5.50 2.80 4.80 3.00 4.80 2.10 4.80 3.00 4.80 2.10 5.50 3.70 5.50 2.80 5.50 3.70 5.50 2.80 5.50 3.70 5.50 2.80
2.50 2.10 1.90 5.50 1.80 1.40 1.20 4.80 1.80 1.40 1.20 4.80 2.50 2.10 1.90 5.50 2.50 2.10 1.90 5.50 2.50 2.10 1.90 5.50
5.50 5.50 5.50 5.50 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50
2.30 5.50 3.70 5.50 1.60 4.80 3.00 4.80 1.60 4.80 3.00 4.80 2.30 5.50 3.70 5.50 2.30 5.50 3.70 5.50 2.30 5.50 3.70 5.50
5.50 5.50 5.50 5.50 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50
5.50 5.50 5.50 5.50 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50
4.00 3.40 5.50 3.70 3.30 2.70 4.80 3.00 3.30 2.70 4.80 3.00 4.00 3.40 5.50 3.70 4.00 3.40 5.50 3.70 4.00 3.40 5.50 3.70
5.50 5.50 5.50 5.50 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50
5.50 3.20 5.50 2.70 4.80 2.50 4.80 2.00 4.80 2.50 4.80 2.00 5.50 3.20 5.50 2.70 5.50 3.20 5.50 2.70 5.50 3.20 5.50 2.70
3.90 3.70 3.10 5.50 3.20 3.00 2.40 4.80 3.20 3.00 2.40 4.80 3.90 3.70 3.10 5.50 3.90 3.70 3.10 5.50 3.90 3.70 3.10 5.50
3.80 3.70 5.50 3.70 3.10 3.00 4.80 3.00 3.10 3.00 4.80 3.00 3.80 3.70 5.50 3.70 3.80 3.70 5.50 3.70 3.80 3.70 5.50 3.70
3.20 5.50 2.30 5.50 2.50 4.80 1.60 4.80 2.50 4.80 1.60 4.80 3.20 5.50 2.30 5.50 3.20 5.50 2.30 5.50 3.20 5.50 2.30 5.50
5.50 5.50 5.50 5.50 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50
3.60 3.20 3.10 5.50 2.90 2.50 2.40 4.80 2.90 2.50 2.40 4.80 3.60 3.20 3.10 5.50 3.60 3.20 3.10 5.50 3.60 3.20 3.10 5.50
3.70 4.00 5.50 3.70 3.00 3.30 4.80 3.00 3.00 3.30 4.80 3.00 3.70 4.00 5.50 3.70 3.70 4.00 5.50 3.70 3.70 4.00 5.50 3.70
5.50 5.50 5.50 5.50 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50
5.50 3.70 5.50 2.80 4.80 3.00 4.80 2.10 4.80 3.00 4.80 2.10 5.50 3.70 5.50 2.80 5.50 3.70 5.50 2.80 5.50 3.70 5.50 2.80
2.50 2.10 1.90 5.50 1.80 1.40 1.20 4.80 1.80 1.40 1.20 4.80 2.50 2.10 1.90 5.50 2.50 2.10 1.90 5.50 2.50 2.10 1.90 5.50
5.50 5.50 5.50 5.50 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50
2.30 5.50 3.70 5.50 1.60 4.80 3.00 4.80 1.60 4.80 3.00 4.80 2.30 5.50 3.70 5.50 2.30 5.50 3.70 5.50 2.30 5.50 3.70 5.50
5.50 5.50 5.50 5.50 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50
5.50 5.50 5.50 5.50 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50
4.00 3.40 5.50 3.70 3.30 2.70 4.80 3.00 3.30 2.70 4.80 3.00 4.00 3.40 5.50 3.70 4.00 3.40 5.50 3.70 4.00 3.40 5.50 3.70
5.50 5.50 5.50 5.50 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 4.80 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50 5.50
5.50 3.20 5.50 2.70 4.80 2.50 4.80 2.00 4.80 2.50 4.80 2.00 5.50 3.20 5.50 2.70 5.50 3.20 5.50 2.70 5.50 3.20 5.50 2.70
12 changes: 12 additions & 0 deletions lib/dat/begin.dat
@@ -0,0 +1,12 @@
____ __ __
____ ___ / __/___ / /___/ /
/ __ `__ \/ /_/ __ \/ / __ /
/ / / / / / __/ /_/ / / /_/ /
/_/ /_/ /_/_/ \____/_/\__,_/

_ _____ ___
_ _____ __________(_)___ ____ |__ / < /
| | / / _ \/ ___/ ___/ / __ \/ __ \ /_ < / /
| |/ / __/ / (__ ) / /_/ / / / / ___/ / / /
|___/\___/_/ /____/_/\____/_/ /_/ /____(_)_/

72 changes: 72 additions & 0 deletions lib/dat/coaxial.dat
@@ -0,0 +1,72 @@
Data Arangement:

Y
------------------
(X) A C G U
------------------
5' ==> 3'
AX
AY
3' <== 5'
(A) . . . .
(C) . . . .
(G) . . . .
(U) -0.70 -0.10 -0.70 -0.10

--------------------------------
STACKING ENERGIES :

Y Y Y Y
------------------ ------------------ ------------------ ------------------
A C G U A C G U A C G U A C G U
------------------ ------------------ ------------------ ------------------
5' --> 3' 5' --> 3' 5' --> 3' 5' --> 3'
AX AX AX AX
AY CY GY UY
3' <-- 5' 3' <-- 5' 3' <-- 5' 3' <-- 5'
. . . . . . . . . . . . . . . -0.90
. . . . . . . . . . . . . . -2.20 .
. . . . . . . . . . . . . -2.10 . -0.60
. . . . . . . . . . . . -1.10 . -1.40 .


Y Y Y Y
------------------ ------------------ ------------------ ------------------
A C G U A C G U A C G U A C G U
------------------ ------------------ ------------------ ------------------
5' --> 3' 5' --> 3' 5' --> 3' 5' --> 3'
CX CX CX CX
AY CY GY UY
3' <-- 5' 3' <-- 5' 3' <-- 5' 3' <-- 5'
. . . . . . . . . . . -2.10 . . . .
. . . . . . . . . . -3.30 . . . . .
. . . . . . . . . -2.40 . -1.40 . . . .
. . . . . . . . -2.10 . -2.10 . . . . .


Y Y Y Y
------------------ ------------------ ------------------ ------------------
A C G U A C G U A C G U A C G U
------------------ ------------------ ------------------ ------------------
5' --> 3' 5' --> 3' 5' --> 3' 5' --> 3'
GX GX GX GX
AY CY GY UY
3' <-- 5' 3' <-- 5' 3' <-- 5' 3' <-- 5'
. . . . . . . -2.40 . . . . . . . -1.30
. . . . . . -3.40 . . . . . . . -2.50 .
. . . . . -3.30 . -1.50 . . . . . -2.10 . -0.50
. . . . -2.20 . -2.50 . . . . . -1.40 . 1.30 .


Y Y Y Y
------------------ ------------------ ------------------ ------------------
A C G U A C G U A C G U A C G U
------------------ ------------------ ------------------ ------------------
5' --> 3' 5' --> 3' 5' --> 3' 5' --> 3'
UX UX UX UX
AY CY GY UY
3' <-- 5' 3' <-- 5' 3' <-- 5' 3' <-- 5'
. . . -1.30 . . . . . . . -1.00 . . . .
. . -2.40 . . . . . . . -1.50 . . . . .
. -2.10 . -1.00 . . . . . -1.40 . 0.30 . . . .
-0.90 . -1.30 . . . . . -0.60 . -0.50 . . . . .

0 comments on commit 46e7ac9

Please sign in to comment.