GeoNature Docker Services

Ce dépôt permet de déployer automatiquement et facilement GeoNature, UsersHub et TaxHub dans un environnement dockerisé et accessible en HTTPS.
De plus, celui-ci fournit une image Docker de GeoNature contenant, outre les modules du cœur (Occtax, Occhab, Validation), les modules suivants :

• Import
• Export
• Dashboard
• Monitorings

Démarrage rapide

• Installer Docker : voir la documentation
• Ajouter votre utilisateur courant au groupe docker : sudo usermod -aG docker $USER puis réouvrir sa session Linux (voir la documentation)
• Installer git (sudo apt-get install git)
• Clôner le dépôt : git clone https://github.com/PnX-SI/GeoNature-Docker-services ou extraire une archive
• Se placer dans le répertoire du dépôt : cd GeoNature-Docker-services
• Créer le fichier .env à partir du fichier d’exemple : cp .env.sample .env. Compléter les paramètres importants (HOST, ACME_EMAIL, GEONATURE_LOCAL_SRID, POSTGRES_PASSWORD, GID, UID).
• Lancer la commande ./init-config.sh afin de créer les fichiers de configuration suivants, avec des clés secrètes générées aléatoirement :
  • config/geonature/geonature_config.toml
  • config/usershub/config.py
  • config/taxhub/config.py
• Lancer les conteneurs : docker compose up -d

Les logs de tous les services sont accessibles avec la commande docker compose logs -f. Pour n'afficher que les 100 dernières lignes, on utilise l'option --tail 100 et donc la commande docker compose logs -f --tail 100. Pour n'afficher les logs que d'un service en particulier, on utilise la commande docker compose logs -f <nom du service>.

Les services

• postgres : la base de données
• usershub : la gestion des utilisateurs
• taxhub : la gestion du référentiel taxonomique
• geonature-backend : l’API de GeoNature
• geonature-frontend : l’interface web de GeoNature
• geonature-worker : exécution de certaines tâches de GeoNature en arrière-plan (import, export, mail, etc...)
• redis : service de communication entre le worker et le backend
• traefik : serveur web redirigeant les requêtes vers le bon service

SERVICE              PORTS
geonature-backend    8000/tcp
geonature-frontend   80/tcp
geonature-worker     8000/tcp
postgres             0.0.0.0:5435->5432/tcp, :::5435->5432/tcp
redis                6379/tcp
taxhub               5000/tcp
traefik              0.0.0.0:80->80/tcp, 0.0.0.0:443->443/tcp, [::]:80->80/tcp, [::]:443->443/tcp
usershub             5001/tcp

Configuration

Voir la documentation des différentes applications pour renseigner les fichiers de configuration :

• GeoNature : ./config/geonature/geonature_config.toml (fichier d’exemple)
• UsersHub : ./config/usershub/config.py (fichier d’exemple)
• TaxHub : ./config/taxhub/config.py (fichier d’exemple)

Ces fichiers doivent contenir a minima le paramètre SECRET_KEY.
Vous pouvez générer automatiquement des fichiers vierges contenant des clés secrètes aléatoires avec le script ./init-config.sh.

Si vous modifiez les fichiers de configuration de GeoNature, d'un de ses modules, de TaxHub ou de UsersHub, vous devez relancer les conteneurs Docker avec la commande docker compose restart (ou idéalement seulement le conteneur concerné, par exemple docker compose restart usershub).

À noter que certaines variables seront fournies en tant que variables d'environnement (voir les fichiers .env et docker-compose.yml), comme par exemple :

• URL_APPLICATION
• SQLALCHEMY_DATABASE_URI
• ...

Dossiers de configuration et de customisation

• Les fichiers de configuration de GeoNature et de ses modules, de TaxHub et de UsersHub sont donc dans le dossier GeoNature-Docker-services/config/
• Les fichiers de customisation de GeoNature sont stockés dans le dossier GeoNature-Docker-services/data/geonature/custom/
• Les fichiers des médias de GeoNature (photos, application mobile...) sont stockés dans le dossier GeoNature-Docker-services/data/geonature/media/

Configuration par variable d’environnement

Les applications peuvent être configurées par des variables d’environnement préfixées respectivement par GEONATURE_, TAXHUB_ et USERSHUB_ (voir from_prefix_env).
Ces variables d’environnement doivent être renseignées directement dans le fichier docker-compose.yml, bien que certaines variables sont définies à partir d’une variable du même nom en provenance du fichier .env.

Mettre à jour GeoNature et ses modules

• Vérifiez si la dernière version disponible correspond aux versions des applications que vous souhaitez mettre à jour
• Placez vous dans le dossier GeoNature-Docker-services de votre serveur
• Mettez à jour le contenu du dossier dans sa dernière version : git pull
• Lancez la commande qui va télécharger les dernières versions des différentes applications et les relancer : docker compose pull && docker compose up -d

FAQ

Pour en savoir plus (lancer des commandes geonature, accéder à la BDD, intégrer le MNT, modifier votre domaine,...), consultez la FAQ.

Images Docker publiées

Une action permet la publication automatique d'images Docker frontend et backend de GeoNature sur les packages du dépôt :

• ghcr.io/pnx-si/geonature-frontend-extra
• ghcr.io/pnx-si/geonature-backend-extra

Ces images sont le pendant de celles publiées sur le dépôt de GeoNature mais contiennent en supplément les modules externes pré-cités en introduction.

Liens utiles

GeoNature

• Dépôt
• Dockerfile backend
• Dockerfile frontend
• Dockerfile backend-extra
• Dockerfile frontend-extra

UsersHub

• Dépôt
• Dockerfile

TaxHub

• Dépôt
• Dockerfile