Skip to content

Latest commit

 

History

History
281 lines (180 loc) · 18.3 KB

DownlaodList.md

File metadata and controls

281 lines (180 loc) · 18.3 KB
Raw

[TOC]

微生物组软件包

易微生物组(EasyMicrobiome)脚本库

主页：https://github.com/YongxinLiu/EasyMicrobiome

简介：易扩增子、易宏基因组等分析流程依赖常用软件、脚本文件和数据库注释文件等。

版本 大小 更新时间 下载链接 描述
EasyMicrobiome v1.18 174M 2023-04-04 zip 分析脚本、命令行程序、数据库注释整理表格等
Windows系统常用软件 2G 2023-04-04 目录链接 常用软件Git、R、RStudio、Rtools、STAMP
微生物组常用软件补充目录 2G 2023-03-22 目录链接 常用软件、数据库等

R语言安装包

包有585多个常R包的安装版。解决安装中无法下载、编绎失败、缺少依赖关系等问题。下载内容解压后替换R包安装目录。R包位置查看：在RStudio中右下子窗口 Packages菜点，点击Install，窗口中Install to Library即为安装位置，如我的Win11系统为 C:/User/yongxinliu/AppData/Local/R/win-library/4.2

版本 大小 更新时间 下载链接
Windows10版4.2.x 942MB 2023-03-30 zip
MacOS版4.2.x 606MB 2023-03-30 zip

易扩增子(EasyAmplicon)分析流程

主页：https://github.com/YongxinLiu/EasyAmplicon

简介：跨平台(Win/Mac/Linux)的扩增子分析流程，在RStudio中完成可重复分析，去噪/分类注释比QIIME 2快上百倍，提供从原始数据到特征表，以及数十种出版级别的可视化方案，详见iMeta文章英文版/中文版。

版本 大小 更新时间 下载链接 描述
EasyAmplicon v1.18 180M 2023-03-11 zip 流程的脚本、依赖命令行程序、RDP/UNITE数据库和说明文档

易宏基因组(EasyMetagenome)分析流程

主页：https://github.com/YongxinLiu/EasyMetagenome

简介：易宏基因组分析流程代码，以及示例数据分析结果。需提交安装易微生物组才可以运行。

版本 大小 更新时间 下载链接 描述
EasyMetagenome v1.18 121M 2023-04-04 zip 分析流程脚本、结果示例等

Conda软件压缩包

Conda虽然极大方便了软件的安装，但使用中经常出现环境冲突安装失败的情况。这里提供安装好的Conda环境打包，可以下载解压实现快速安装，并极大提高成功率。

版本 大小 更新时间 下载链接 描述
QIIME2 2023.2 1.5G 2023-04-04 tar.gz 扩增子分析流程
picrust 232M 2023-04-04 tar.gz 功能注释
picrust2 490M 2023-04-04 tar.gz 功能注释新版，要求16G内存起
KneadData v0.12.0 643M 2023-04-01 tar.gz 宏基因组序列质量控制和去宿主流程
HUMAnN2+MetaPhlAn2 400M 2023-04-04 tar.gz HUMAnN 2物种和功能注释流程，包括humann2 v2.8.1、metaphlan2 2.7.5、graphlan 1.1.3、export2graphlan 0.22等
LEfSe 1.1.2 441M 2023-04-04 tar.gz 生物标志物鉴定，结果可绘制为柱状图、物种树等
Kraken2.1.2 527M 2023-04-04 tar.gz 打包的kraken2流程，包括kraken2、bracken、krakentools、krona、r-optparse等
megahit/spades组装流程 768M 2023-04-04 tar.gz 宏基因组组装流程，包括megahit v1.2.9、metaSPAdes v3.15.4、MetaQUAST v5.0.2、CD-HIT v4.8.1、EMBOSS v6.6、salmon v1.8等软件
eggnog-mapper 2.1.10 227M 2023-04-04 tar.gz 免费全面的功能注释软件，可实现KO/COG/CAZy/GO等10余种注释信息，需要配合数据库使用，KEGG注释的替换工具
RGI 5.2.1 329M 2023-04-04 tar.gz 抗生素抗性/耐药基因注释软件
MetaWRAP 1.3 1.7G 2023-04-04 tar.gz 分箱流程，包括组装、提纯、定量
dRep v3.2.2 246M 2023-04-04 tar.gz 细菌基因组、宏基因组组装基因组去冗余
GTDB-tk v2.2.6 154M 2023-04-04 tar.gz 细菌、古菌基因组物种注释

扩增子数据库

EzBioCloud

主页：https://www.ezbiocloud.net/

简介：EzBioCloud是综合的细菌16S鉴定数据库，所有16S序列经人工校正，几乎全部为完整27F-1492R全长16S序列，而且全面覆盖NCBI、JGI的16S和细菌基因组，以及PacBio测序的16S全长序列。数据库每季度更新，近10年来被引用过万次。

版本 大小 更新时间 下载链接 说明
USEARCH 19M 2021-07-07 fasta.gz usearch/vsearch格式物种注释数据库
MOTHUR 19M 2021-07-07 fasta.gz MOTHUR 格式物种注释数据库
QIIME 19M 2021-07-07 fasta.gz usearch/vsearch格式物种注释数据库

GreenGenes

主页：http://ftp.microbio.me/greengenes_release/current/

简介：GreenGenes是使用最广泛的16S rRNA基因注释数据库，QIIME/QIIME 2的默认数据库，也是使用PICRUSt/BugBase等功能预测的参考数据库。2022年10月更新。QIIME 2版下载链接https://docs.qiime2.org/2023.2/data-resources/

版本 大小 更新时间 下载链接 说明
2022.10.taxonomy.asv.nwk.qza 179M 2023-03-30 qza QIIME2使用的物种注释文件，在QIIME 2 2023.3版本上测试通过
gg_13_8_otus 320M 2013-08-30 tar.gz 合集，包括97/99%等多种相似度的序列、物种注释和多序列对齐文件
gg_13_8_otus_97 29M 2013-08-30 fasta.gz 97%聚类序列，PICRUSt和BugBase分析准备输入文件时参考数据库

RDP

主页：http://rdp.cme.msu.edu/

简介：USEARCH推荐使用的物种注释数据库，其精选的训练集准确率高，体积小巧速度快。RDP网站还有在线扩增子分析流程rdpipeline和引用过万的分类器(RDP Classifier)。USEARCH提供了各版本的物种注释数据库 https://www.drive5.com/usearch/manual/sintax_downloads.html 。

版本 大小 更新时间 下载链接 说明
RDP 16s v18 12.0M 2021-09-15 zip RDP物种注释数据库
QIIME rdp_16s_v18 6.0M 2021-09-15 zip QIIME物种注释数据库
usearch rdp_16s_v18 6.8M 2021-09-15 fa.gz usearch/vsearch物种注释数据库，推荐属水平
usearch rdp_16s_v18_sp 6.0M 2021-09-15 fa.gz usearch/vsearch物种注释数据库，自制种水平

SILVA

主页：https://www.arb-silva.de/

简介：最新最全的16S/18S核糖体数据库，最近更新于2020年 https://www.arb-silva.de/no_cache/download/archive/current/Exports/，QIIME和USEARCH都可以相应格式的数据库可用。但数据库较大，使用会消耗更多的计算资源和时间。usearch版数据库下载：https://www.drive5.com/usearch/manual/sintax_downloads.html；QIIME 2版数据下载

版本 大小 更新时间 下载链接 说明
silva-138-99 531M 2023-04-02 qza QIIME 2 2023.2物种注释数据库
silva_16s_v123 438M 2020-09-23 fa.gz usearch/vsearch物种注释数据库

UNITE

主页：https://unite.ut.ee/

简介：最好的真菌/真核微生物转录间格区(ITS)数据库。支持主流工具，如QIIME/USEARCH/Mothur等。

版本 大小 更新时间 下载链接 说明
UNITE 9.0 usearch格式 39M 2022-11-29 fasta.gz usearch/vsearch真核生物包括真菌物种注释数据库

宏基因组软件和数据库

KneadData质控去宿主

主页：http://huttenhower.sph.harvard.edu/kneaddata

简介：用于宏基因组质控、去宿主、宏转录组去核糖体等功能。下面提供常用数据库的Bowtie2索引。

版本 大小 更新时间 下载链接 说明
kneaddata 0.12.0 673M 2023-04-04 tar.gz 宏基因组质控、去宿主软件流程，包括kneaddata 0.12.0、fstqc v0.12.1、multiqc 1.13等
人基因组hg37 3.7G 2023-04-04 tar.gz 鉴定人类样本宿主含量或人源污染

MetaPhlAn+HUMAnN物种和功能注释

  • HUMAnN2+MetaPhlAn2数据库

主页：http://www.huttenhower.org/humann2

简介：宏基因组数据有参快速物种和功能通路定量软件。

版本 大小 更新时间 下载链接 说明
HUMAnN2+MetaPhlAn2 400M 2023-04-04 tar.gz HUMAnN 2物种和功能注释流程，包括humann2 v2.8.1、metaphlan2 2.7.5、graphlan 1.1.3、export2graphlan 0.22等
MetaPhlAn2序列+索引 1.5G 2023-04-04 tar.gz 物种注释、序列和bowtie2索引(完整版列)
MetaPhlAn2序列 253M 2023-04-04 tar.gz 物种注释、序列，第一次运行时会自动建索引，要求安装和使用用户为同一人，有权限生成bowtie2索引
HUMAnN2 Chocophlan v0.1.1 5.4G 2023-04-04 tar.gz 微生物泛基因组(nucleotide)，建立功能与物种组成的联系
HUMAnN2 Mapping 1.1 621M 2023-04-04 tar.gz 功能描述(utility_mapping)
HUMAnN2 Uniref90 1.1 6.2G 2023-04-04 tar.gz UniRef蛋白(protein)序列90%相似度聚类diamond索引
HUMAnN2 Uniref50 1.1 2.7G 2023-04-04 tar.gz UniRef蛋白(protein)序列50%相似度聚类diamond索引
  • MetaPhlAn4软件+数据库

主页：https://github.com/biobakery/MetaPhlAn

简介：宏基因组数据有参快速物种定量软件

版本 大小 更新时间 下载链接 说明
MetaPhlAn4 371M 2023-04-04 tar.gz metaphlan4.0.6
MetaPhlAn4 vJan21数据库 13G 2023-04-04 tar.gz 物种注释、序列和bowtie2索引(完整版列)
MetaPhlAn4 vOct22数据库 14G 2023-04-04 tar.gz 物种注释、序列和bowtie2索引(完整版列)

LEfSe生物标志物鉴定

主页：https://github.com/SegataLab/lefse

简介：生物标志物鉴定，结果可绘制为柱状图、物种树等。https://bioconda.github.io/recipes/lefse/README.html

版本 大小 更新时间 下载链接 说明
LEfSe 1.1.2 441M 2023-04-04 tar.gz 生物标志物鉴定，结果可绘制为柱状图、物种树等

Kraken2物种注释

主页：https://github.com/DerrickWood/kraken2

简介：快速的宏基因组物种分类注释软件。内存需求较大，最小16GB，推荐256GB。标准库包括人类、细菌、古菌、病毒和载体索引。

版本 大小 更新时间 下载链接 说明
Kraken2.1.2 527M 2023-04-04 tar.gz 打包的kraken2流程，包括kraken2、bracken、krakentools、krona、r-optparse等
迷你库PlusPF 16G 2023-04-04 tar.gz 标准库+原生生物+真菌，压缩为16G，注释效率仅为85%，适合内存不到百G的服务器
PlusPF 69G 2023-04-04 tar.gz 标准库+原生生物+真菌
PlusPFP 144G 2023-04-04 tar.gz 标准库+原生生物+真菌+植物

宏基因组组装megahit/spades

简介：宏基因组组装流程，包括megahit v1.2.9、metaSPAdes v3.15.4、MetaQUAST v5.0.2、CD-HIT v4.8.1、EMBOSS v6.6、salmon v1.8等软件。

版本 大小 更新时间 下载链接 说明
megahit/spades组装流程 768M 2023-04-04 tar.gz 宏基因组组装流程，包括megahit v1.2.9、metaSPAdes v3.15.4、MetaQUAST v5.0.2、CD-HIT v4.8.1、EMBOSS v6.6、salmon v1.8等软件

功能注释eggNOG/CAZy

  • eggNOG综合功能注释KO/COG/CAZy/GO等

主页：http://eggnog-mapper.embl.de/

简介：免费全面的功能注释软件和数据库，可实现KO/COG/CAZy/GO等10余种注释信息，使用方便。

版本 大小 更新时间 下载链接 说明
eggnog-mapper 2.1.10 227M 2023-04-04 tar.gz 免费全面的功能注释软件，可实现KO/COG/CAZy/GO等10余种注释信息，需要配合数据库使用，KEGG注释的替换工具
eggnog蛋白索引 12G 2023-04-04 dmnd.gz eggnog蛋白注释数据库
  • CAZy碳水化合物活性酶数据库

主页：http://www.cazy.org/

简介：最全面的碳水化合物活性酶注释数据库，扩展分析网站有dbCAN2 http://bcb.unl.edu/dbCAN2

版本 大小 更新时间 下载链接 说明
dbCAN2-CAZyDB 693M 2023-04-04 tar.gz dbCAN2发布的整理CAZy数据库，每年更新1次

耐药基因 CARD

主页：https://card.mcmaster.ca/

RGI Github: https://github.com/arpcard/rgi

简介：耐药基因数据库 CARD（Comprehensive Antibiotic Resistance Database），提供了与抗菌素耐药性的分子基础相关的数据、模型和算法。

版本 大小 更新时间 下载链接 说明
RGI 5.2.1 329M 2023-04-04 tar.gz 抗生素抗性/耐药基因注释软件
Database 3.9M 2023-04-04 tar.bz2 抗生素抗性/耐药基因数据库

MetaWRAP分箱

主页：https://github.com/bxlab/metaWRAP

简介：最好用的分箱流程，包括组装、提纯、定量、物种和功能注释全流程。

版本 大小 更新时间 下载链接 说明
MetaWRAP 1.3 1.7G 2023-04-04 tar.gz 分箱流程，包括组装、提纯、定量
MetaWRAP测试数据 3G 2023-04-04 *.gz 组装结果final.contigs.fa.gz和三个样本ERR011347/8/9的双端文件_1/2.fastq.gz
CheckM 288M 2023-04-04 tar.gz 基因组完整性评估，用于binning, bin_refinement, reassemble_bins
NCBI_nt 201GB 2023-04-04 tar.gz 基因组物种注释，用于blobology, classify_bins
NCBI_tax 58M 2023-04-04 tar.gz 基因组物种注释，用于blobology, classify_bins

dRep基因组去冗余

GitHub: https://github.com/MrOlm/drep

Conda: https://bioconda.github.io/recipes/drep/README.html

简介：细菌基因组、宏基因组组装基因组去冗余，鉴定种、株级别的基因组数量。

版本 大小 更新时间 下载链接 说明
dRep v3.2.2 246M 2023-04-04 tar.gz 细菌基因组、宏基因组组装基因组去冗余
CheckM 288M 2023-04-04 tar.gz 基因组完整性评估，用于drep，同metawrap中CheckM

GTDB细菌基因组物种注释

网址：https://gtdb.ecogenomic.org/

该数据库于2018/2020连发两篇Nature Biotechnology，被引数千次，是引领全基因组细菌、古菌分类中最新的数据库、最前沿的方法。

版本 大小 更新时间 下载链接 说明
GTDB-tk v2.2.6 154M 2023-04-04 tar.gz 细菌、古菌基因组物种注释
GTDB r207v2 67GB 2023-04-04 tar.gz 分箱、细菌基因组物种注释、进化树构建