Tira-labra

Tietorakenteiden harjoitustyö periodi 2, syksy 2017

Ohjelma on kirjoitettu C:llä. Projektin tarkempi dokumentaatio löytyy dokumentaatio -kansiosta. Alla ohjeita C-koodin kääntämiseen.

src -kansio sisältää lähdekoodin.

tests -kansio testit. Testit tarvitsevat toimiakseen Unity -yksikkötestaus paketin C:lle.

xtc_reader -kansio sisältää testiversion xtc -tiedostojen lukemisesta (tarvitsee toimiakseen GROMACS kirjaston) ja yhden xtc aika-askeleen auki kirjoitettuna sekä vastavan pdb tiedoston verkon luomista varten. Kansio sisältää nyt myös kolmen aika-askeleen xtc tiedoston, joka on kyseisen pdb -tiedoston kanssa yhteensopiva.

Dokumentaatio -kansio sisältää viikkoraportit ja muun kurssin vaatimuksiin kuuluvat dokumentaatiot ohjelmasta ja ohjelman tekemisestä/testaamisesta jne.

suoritettava_ohjelma_linux -kansio sisältää suoritettavan ohjelman linux -käyttöjärjestelmälle sekä esimerkkejä ohjelman tulostuksesta.

Muut kansiot ovat vertaisarviointeja varten ladattuja github -projekteja.

Yleisiä ohjeita C-koodin kääntämiseen ja ajamiseen

1. Tarvitset kääntäjän, ks. esimerkiksi GCC, the GNU Compiler Collection.

2. Itse olen käyttänyt make -ohjelmaa kääntämisen helpottamiseen. Make ohjelmaa käytetään ajamaan makefile -tiedostoja.

3. Linux käyttöjärjestelmässä gcc ja make löytyvät luultavasti valmiina. Windows ympäristössä tarvitset jonkin ohjelman tjtn, joka sisältää edelliset ohjelmat. Esimerkiksi Cygwin projekti (gcc ja make täytyy erikseen lisätä Cygwiniin, seuraa Cygwinin ohjeita).

4. Käytän projektissa valmiin ohjelman päätteenä .out -päätettä. Näitä ohjelmia voi ajaa terminaalista (esimerkiksi Cygwin -terminaali) komennolla: ./ohjelman_nimi.out ja tarvittavat komentoriviparametrit kuten: ./ohjelman_nimi.out parametri_1 parametri_2. ./ osa tarkoittaa osoitetta kyseiseen ohjelmaan, kun oma sijaintimme on terminaalissa sama kuin ohjelman sijainti. Jos ohjelma sijaitsee jossain muussa kuin nykyisessä kansiossa käytetään esimerkiksi komentoa: /polku/kyseiseen/tiedostoon/ohjelman_nimi.out parametrit tai ../../suhteellinen/polku/ohjelman_nimi.out parametrit. Lisätietoa saat luultavasti kurssilta Shell scripting (en itse ole käynyt sitä), tai muulta Linux:n käyttöön opastavalta kurssilta.

Käyttöohje

Toteutusdokumentti

Testausdokumentti