Remove dontrun as required by CRAN

R/adephylo-package.R

@@ -146,15 +146,15 @@ NULL
 #' @keywords datasets
 #' @examples
 #' 
-#' \dontrun{
+#' 
 #' if(require(ape) && require(phylobase)){
 #' 
 #' data(carni19)
 #' tre <- read.tree(text=carni19$tre)
 #' x <- phylo4d(tre, data.frame(carni19$bm))
 #' table.phylo4d(x, ratio=.5, center=FALSE)
 #' }
-#' }
+#' 
 #' 
 NULL
 
@@ -184,7 +184,7 @@ NULL
 #' @keywords datasets
 #' @examples
 #' 
-#' \dontrun{
+#' 
 #' if(require(ape) && require(phylobase)){
 #' 
 #' data(carni70)
@@ -209,7 +209,7 @@ NULL
 #' 
 #' par(oldpar)
 #' }
-#' }
+#' 
 #' 
 NULL
 
@@ -248,7 +248,7 @@ NULL
 #' @keywords datasets
 #' @examples
 #' 
-#' \dontrun{
+#' 
 #' if(require(ape) && require(phylobase)){
 #' 
 #' ## see data
@@ -280,7 +280,7 @@ NULL
 #' 
 #' }
 #' }
-#' }
+#' 
 #' 
 NULL
 
@@ -307,7 +307,7 @@ NULL
 #' @keywords datasets
 #' @examples
 #' 
-#' \dontrun{
+#' 
 #' if(require(ape) && require(phylobase)){
 #' 
 #' data(maples)
@@ -334,7 +334,7 @@ NULL
 #' pic.dom <- pic(dom, tre)
 #' cor.test(pic.bif, pic.dom) # correlation is no longer significant
 #' }
-#' }
+#' 
 #' 
 NULL
 
@@ -371,7 +371,7 @@ NULL
 #' @keywords datasets
 #' @examples
 #' 
-#' \dontrun{
+#' 
 #' if(require(ape) && require(phylobase)){
 #' 
 #' data(mjrochet)
@@ -388,7 +388,7 @@ NULL
 #' mjr.tests <- abouheif.moran(mjr, nrep=499)
 #' mjr.tests
 #' 
-#' }
+#' 
 #' }
 #' 
 NULL
@@ -433,7 +433,7 @@ NULL
 #' @keywords datasets
 #' @examples
 #' 
-#' \dontrun{
+#' 
 #' if(require(ape) && require(phylobase)){
 #' 
 #' ## load data, make a tree and a phylo4d object
@@ -455,7 +455,7 @@ NULL
 #' }
 #' par(oldpar)
 #' }
-#' }
+#' 
 #' 
 NULL
 
@@ -492,7 +492,7 @@ NULL
 #' @keywords datasets
 #' @examples
 #' 
-#' \dontrun{
+#' 
 #' if(require(ape) && require(phylobase)){
 #' 
 #' ## load data, make tree and phylo4d object
@@ -503,7 +503,7 @@ NULL
 #' table.phylo4d(x,cex.lab=.7)
 #' par(oldpar)
 #' }
-#' }
+#' 
 #' 
 NULL
 
@@ -546,7 +546,7 @@ NULL
 #' @keywords datasets
 #' @examples
 #' 
-#' \dontrun{
+#' 
 #' if(require(ape) && require(phylobase)){
 #' 
 #' data(tithonia)
@@ -560,7 +560,7 @@ NULL
 #' table.phylo4d(x)
 #' par(oldpar)
 #' }
-#' }
+#' 
 #' 
 NULL
 
@@ -594,7 +594,7 @@ NULL
 #' @keywords datasets
 #' @examples
 #' 
-#' \dontrun{
+#' 
 #' if(require(ape) && require(phylobase)){
 #' ## load data
 #' data(ungulates)
@@ -614,7 +614,7 @@ NULL
 #' ## test phylogenetic inertia in residuals
 #' orthogram(residuals(lm1), x) 
 #' }
-#' }
+#' 
 #' 
 NULL
 

R/moran.R

@@ -27,10 +27,11 @@
 #' @keywords manip
 #' @examples
 #' 
-#' \dontrun{
+#' 
 #' ## use maples dataset
+#' if(require(ape) && require(phylobase)){
 #' data(maples)
-#' tre <- read.tree(text=maples$tre)
+#' tre <- ape::read.tree(text=maples$tre)
 #' dom <- maples$tab$Dom
 #' bif <- maples$tab$Bif
 #' 
@@ -53,8 +54,8 @@
 #' hist(sim, col="grey", main="Moran's I Monte Carlo test for 'bif'") # plot
 #' mtext("Histogram of permutations and observation (in red)")
 #' abline(v=sim[1], col="red", lwd=3)
-#' 
 #' }
+#' 
 #' @rdname moranIdx
 #' @export 
 moran.idx <- function(x, prox, addInfo=FALSE){

R/orthobasis.R

@@ -69,7 +69,7 @@
 #' table.phylo4d(obj, cex.sym=.7, cex.lab=.7)
 #' 
 #' 
-#' \dontrun{
+#' 
 #' ## REMOVING PHYLOGENETIC AUTOCORRELATION IN A MODEL ##
 #' ## use example in ungulates dataset
 #' data(ungulates)
@@ -98,7 +98,7 @@
 #' ## see the difference
 #' table.phylo4d(phylo4d(tre, cbind.data.frame(resid1, resid2)))
 #' }
-#' }
+#' 
 #' 
 #' @rdname orthobasis
 #' @import phylobase ade4

R/orthogram.R

@@ -81,7 +81,7 @@
 #'   Phylogenetic Tree. \emph{Biometrics}, \bold{62}, 471--477.
 #' @examples
 #' 
-#' \dontrun{
+#' 
 #' if(require(ape) && require(phylobase)){
 #' 
 #' ## a phylogenetic example
@@ -114,7 +114,7 @@
 #' W <- proxTips(tre, method="oriAbouheif") # proximity matrix
 #' abouheif.moran(resid, W)
 #' }
-#' }
+#' 
 #' 
 #' @import phylobase
 #' @import ade4

R/partition.R

@@ -100,7 +100,7 @@ listTips <- function(x){
 #' @keywords manip
 #' @examples
 #' 
-#' \dontrun{
+#' 
 #' 
 #' if(require(ape) & require(phylobase)){
 #' ## make a tree
@@ -112,7 +112,7 @@ listTips <- function(x){
 #' temp <- phylo4d(x, partition)
 #' table.phylo4d(temp, cent=FALSE, scale=FALSE)
 #' }
-#' }
+#' 
 #' 
 #' @import phylobase
 #' @export treePart

R/utils.R

@@ -92,15 +92,15 @@
 #' @keywords manip
 #' @examples
 #' 
-#' \dontrun{
+#' 
 #' if(require(ape) & require(phylobase)){
 #' ## make a tree
 #' x <- as(rtree(20),"phylo4")
 #' plot(x,show.node=TRUE)
 #' ## get shortest path between tip 1 and all other tips.
 #' sp.tips(x, "t1", "t2")
 #' sp.tips(x, 1, 2:20, TRUE)
-#' }
+#' 
 #' }
 #' 
 #' @import phylobase