No reads processed from stdin in tab5 format when using --12 -

[heuermh]

It appears reads in tab5 format are processed when using --12 filename but not when read from stdin using --12 -.

$ bowtie --version
bowtie-align version 1.2
64-bit
Built on ElCapitan.local
Sun Feb 19 14:05:23 GMT 2017
Compiler: InstalledDir: /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/XcodeDefault.xctoolchain/usr/bin
Options: -O3 -m64  -stdlib=libstdc++ -DWITH_TBB -DPOPCNT_CAPABILITY -DNO_SPINLOCK -DWITH_QUEUELOCK=1  
Sizeof {int, long, long long, void*, size_t, off_t}: {4, 8, 8, 8, 8, 8}

$ cat fragments.tab5 
H06HDADXX130110:2:2116:3345:91806	GTTAGGGTTAGGGTTGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGGTAGGGTTAGGGTTAGGGGTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGGTAGGGCTAGGGTTAAGGGTAGGGTTAGCGAAAGGGCTGGGGTTAGGGGTGCGGGTACGCGTAGCATTAGGGCTAGAAGTAGGATCTGCAGTGCCTGACCGCGTCTGCGCGGCGACTGCCCAAAGCCTGGGGCCGACTCCAGGCTGAAGCTCAT	>=<=???>?>???=??>>8<?>=2=<===1194<?;:?>>?#3==>###########################################################################################################################################################################################################	TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTACCCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCGTACCCTAAACCCAACCCTAACCACAAAGCAAATCCCAACCTTAACCGGAACCCGAAATCTCGCAGCAAATCTGCAGTAGAGACGCAGACTCAACCATGCGTCTATTAGTACGCATTATCATTGCCTCATGCTTCTTAAGTACAGAGAGATGAC	==;<?>@@@<>>@??<>>???<=>>?>:><@?4=:>7=5=>:=@;'@A?########################################################################################################################################################################################################
...

$ bowtie -S GCA_000001405.25_GRCh38.p10_genomic --12 fragments.tab5 
@HD	VN:1.0	SO:unsorted
@SQ	SN:CM000663.2	LN:248956422
...
@PG	ID:Bowtie	VN:1.2	CL:"bowtie-align --wrapper basic-0 -S GCA_000001405.25_GRCh38.p10_genomic --12 fragments.tab5"
H06HDADXX130110:2:2116:3345:91806	77	*	0	0	*	*	0	0	GTTAGGGTTAGGGTTGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGGTAGGGTTAGGGTTAGGGGTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGGTAGGGCTAGGGTTAAGGGTAGGGTTAGCGAAAGGGCTGGGGTTAGGGGTGCGGGTACGCGTAGCATTAGGGCTAGAAGTAGGATCTGCAGTGCCTGACCGCGTCTGCGCGGCGACTGCCCAAAGCCTGGGGCCGACTCCAGGCTGAAGCTCAT	>=<=???>?>???=??>>8<?><=2=<===1194<?;:?>>?#3==>###########################################################################################################################################################################################################	XM:i:0
H06HDADXX130110:2:2116:3345:91806	141	*	0	0	*	*	0	0	TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTACCCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCGTACCCTAAACCCAACCCTAACCACAAAGCAAATCCCAACCTTAACCGGAACCCGAAATCTCGCAGCAAATCTGCAGTAGAGACGCAGACTCAACCATGCGTCTATTAGTACGCATTATCATTGCCTCATGCTTCTTAAGTACAGAGAGATGAC	==;<?>@@@<>>@??<>>???<=>>?>:><@?4=:>7=5=>:<=@;'@A?########################################################################################################################################################################################################	XM:i:0
...
# reads processed: 4
# reads with at least one reported alignment: 0 (0.00%)
# reads that failed to align: 4 (100.00%)
No alignments

$ cat fragments.tab5 | bowtie -S GCA_000001405.25_GRCh38.p10_genomic --12 -
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# reads processed: 0
# reads with at least one reported alignment: 0 (0.00%)
# reads that failed to align: 0 (0.00%)
No alignments

[ch4rr0]

Fixed in Bowtie 1.2.1