Pictor-Biological-Analysis-Platform

Pictor-Biological-Analysis-Platform（无码生信分析平台）

Todo

系统尚处于开发中第一阶段开发, 以下为目前的TODO

1. 完成待编写功能:

   1.1 工作区： 工作区筛选成员添加滚动条与搜索框 , 工作区动态区分工作区

   1.2 文件数据： 数据完成离线下载, 复制和移动功能， 进一步模块化 文件数据 功能, 使其独立成一个可配置模块， 上传功能修复 异步多文件 同时上传产生的问题

   1.3 完成上传规则设置

   1.4 添加站内信功能, 完善邮箱通知模板

3.整理代码/整理文档/整理设计图

4.编写分析任务管理接口, 对接平台

5.封装第一版本Docker , 并发布 v1 Demo

系统描述

致力于打造一个完整的无码生信分析平台，采用 Python+Django+Vue+Element 实现

一. 用户角色描述

系统用户分为 用户, 超级用户, 管理员, 超级管理员四个等级

用户: 可使用项目/样本/数据/分析任务

超级用户: 可使用项目/样本/数据/分析任务/设置/统计图表

管理员: 可使用项目/样本/数据/分析任务/设置/统计图表/实时监控/管理

超级管理员: 目前与管理员一致, 为冗余角色, 用于后续增加系统运维功能后, 该角色可使用运维功能对系统进行维护

其中使用系统必须创建工作区, 工作区成员等级决定了当前用户对于项目/样本/数据/分析任务/设置的可操作功能, 管理员不受工作区工作区等级限制, 可操作任意功能

工作区成员等级：

游客: 可使用功能模块内的数据, 仅查看

普通成员: 可使用功能模块内的数据, 查看/编辑以及除了删除以外的操作

超级成员: 可使用功能模块内的数据, 在普通成员的基础上, 可进行删除操作

工作区管理员： 可使用功能模块内的数据, 任意操作

二. 项目架构

三. 功能说明

四. 使用说明

部署使用说明

一. 自行部署

部署前提：

1.安装MySQL , 创建MySQL数据库 'pictor'

create database pictor character set utf8;

2.安装Redis, nodejs(npm)

3.部署

git clone git@github.com:bioLacaille/Pictor.git  # clone

配置 pictor_backend/configure.ini 里的 MYSQL

[MYSQL]
MYSQL_DB = pictor
MYSQL_USER = pictor
MYSQL_PASSWORD = pictor123456
MYSQL_HOST = 127.0.0.1
MYSQL_PORT = 3306

# 部署并运行后端
python3 -m venv pictor_env
source pictor_env/bin/activate
cd pictor_backend
pip install -r requirements.txt
python manage.py makemigrations pictor
python manage.py migrate
python manage.py create_default_user  # 创建默认用户
python manage.py runserver 0.0.0.0:8000

# 部署并运行前端
cd pictor_frontend
npm install
npm run serve

3.访问: http://127.0.0.1:8080

二. 自行封装docker

docker build -t pictor .

docker run -d -p 80:80  pictor sh -c 'sh init.sh'

等待初始化完毕(大概需要10s), 访问: http://127.0.0.1/

指定文件数据存放目录, 将目录挂载至 /deploy_web/PictorData 即可

docker run -d -p 80:80 -v {FILEDATA}:/deploy_web/PictorData pictor sh -c 'sh init.sh'

使用宿主MySQL数据库

docker run -d -p 80:80 -v {MYSQLDATA}:/var/lib/mysql pictor sh -c 'sh init.sh'

三. 使用 docker demo

亦可直接使用docker demo

docker pull fualan/pictor_demo:latest

docker run -d -p 80:80  fualan/pictor_demo sh -c 'sh init.sh'

等待初始化完毕(大概需要10s), 访问: http://127.0.0.1/

指定文件数据存放目录, 将目录挂载至 /deploy_web/PictorData 即可

docker run -d -p 80:80 -v {FILEDATA}:/deploy_web/PictorData fualan/pictor_demo sh -c 'sh init.sh'

使用宿主MySQL数据库

docker run -d -p 80:80 -v {MYSQLDATA}:/var/lib/mysql fualan/pictor_demo sh -c 'sh init.sh'

ps: docker 版本为当前稳定版, 如需使用最新版, 请自行拉取代码进行部署

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