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# File created on 07 Jul 2012
from __future__ import division
__author__ = "Greg Caporaso"
__copyright__ = "Copyright 2011, The QIIME project"
__credits__ = ["Greg Caporaso", "Jens Reeder"]
__license__ = "GPL"
__version__ = "1.9.0"
__maintainer__ = "Greg Caporaso"
__email__ = "gregcaporaso@gmail.com"
from shutil import rmtree
from glob import glob
from os import close
from os.path import exists, join
from tempfile import mkstemp, mkdtemp
from skbio.util import remove_files
from unittest import TestCase, main
from qiime.parallel.pick_otus import (ParallelPickOtusSortMeRNA,
ParallelPickOtusUclustRef,
ParallelPickOtusBlast,
ParallelPickOtusTrie,
greedy_partition)
from qiime.util import get_qiime_temp_dir
from qiime.test import initiate_timeout, disable_timeout
from qiime.parse import parse_otu_map
from bfillings.sortmerna_v2 import build_database_sortmerna
class ParallelPickOtusTests(TestCase):
def setUp(self):
""" """
self.files_to_remove = []
self.dirs_to_remove = []
tmp_dir = get_qiime_temp_dir()
self.test_out = mkdtemp(dir=tmp_dir,
prefix='qiime_parallel_tests_',
suffix='')
self.dirs_to_remove.append(self.test_out)
fd, self.refseqs1_fp = mkstemp(dir=self.test_out,
prefix='qiime_refseqs',
suffix='.fasta')
close(fd)
refseqs1_f = open(self.refseqs1_fp, 'w')
refseqs1_f.write(refseqs1)
refseqs1_f.close()
self.files_to_remove.append(self.refseqs1_fp)
fd, self.inseqs1_fp = mkstemp(dir=self.test_out,
prefix='qiime_inseqs',
suffix='.fasta')
close(fd)
inseqs1_f = open(self.inseqs1_fp, 'w')
inseqs1_f.write(inseqs1)
inseqs1_f.close()
self.files_to_remove.append(self.inseqs1_fp)
initiate_timeout(60)
def tearDown(self):
""" """
disable_timeout()
remove_files(self.files_to_remove)
# remove directories last, so we don't get errors
# trying to remove files which may be in the directories
for d in self.dirs_to_remove:
if exists(d):
rmtree(d)
class ParallelPickOtusUclustRefTests(ParallelPickOtusTests):
def test_parallel_pick_otus_uclust_ref(self):
""" parallel_pick_otus_uclust_ref functions as expected """
params = {'refseqs_fp': self.refseqs1_fp,
'similarity': 0.97,
'max_accepts': 1,
'max_rejects': 8,
'stepwords': 8,
'word_length': 8,
'stable_sort': True,
'enable_rev_strand_match': True,
'optimal_uclust': False,
'exact_uclust': False,
'stable_sort': True,
'save_uc_files': True
}
app = ParallelPickOtusUclustRef()
r = app(self.inseqs1_fp,
self.test_out,
params,
job_prefix='PTEST',
poll_directly=True,
suppress_submit_jobs=False)
otu_map_fp = glob(join(self.test_out, '*otus.txt'))[0]
otu_map = parse_otu_map(open(otu_map_fp, 'U'))
# some basic sanity checks: at least one OTU per reference sequence
self.assertTrue(len(otu_map[0]) > 5)
self.assertEqual(set(otu_map[2]), set(['r1', 'r2', 'r3', 'r4', 'r5']))
class ParallelPickOtusBlastTests(ParallelPickOtusTests):
def test_parallel_pick_otus_blast(self):
""" parallel_pick_otus_blast functions as expected """
params = {'refseqs_fp': self.refseqs1_fp,
'similarity': 0.97,
'blast_db': None,
'max_e_value': 1e-10,
'min_aligned_percent': 0.50
}
app = ParallelPickOtusBlast()
r = app(self.inseqs1_fp,
self.test_out,
params,
job_prefix='BTEST',
poll_directly=True,
suppress_submit_jobs=False)
otu_map_fp = glob(join(self.test_out, '*otus.txt'))[0]
otu_map = parse_otu_map(open(otu_map_fp, 'U'))
# some basic sanity checks: at least one OTU per reference sequence
self.assertTrue(len(otu_map[0]) > 5)
self.assertEqual(set(otu_map[2]), set(['r1', 'r2', 'r3', 'r4', 'r5']))
class ParallelPickOtusSortMeRNATests(ParallelPickOtusTests):
def test_parallel_pick_otus_sortmerna_default(self):
""" parallel_pick_otus_sortmerna functions as expected
with default parameters """
params = {'refseqs_fp': self.refseqs1_fp,
'sortmerna_db': None,
'similarity': 0.97,
'sortmerna_e_value': 1,
'sortmerna_coverage': 0.97,
'sortmerna_max_pos': 10000,
'sortmerna_store_logs': False,
'threads': 1}
app = ParallelPickOtusSortMeRNA()
r = app(self.inseqs1_fp,
self.test_out,
params,
job_prefix='STEST',
poll_directly=True,
suppress_submit_jobs=False)
otu_map_fp = glob(join(self.test_out, '*otus.txt'))[0]
otu_map = parse_otu_map(open(otu_map_fp, 'U'))
# some basic sanity checks: at least one OTU per reference sequence
self.assertTrue(len(otu_map[0]) > 5)
self.assertEqual(set(otu_map[2]), set(['r1', 'r2', 'r3', 'r4', 'r5']))
def test_parallel_pick_otus_sortmerna_logs(self):
""" parallel_pick_otus_sortmerna functions as expected
with default parameters except now storing logs """
params = {'refseqs_fp': self.refseqs1_fp,
'sortmerna_db': None,
'similarity': 0.97,
'sortmerna_e_value': 1,
'sortmerna_coverage': 0.97,
'sortmerna_max_pos': 10000,
'sortmerna_store_logs': True,
'threads': 1}
app = ParallelPickOtusSortMeRNA()
r = app(self.inseqs1_fp,
self.test_out,
params,
job_prefix='STEST',
poll_directly=True,
suppress_submit_jobs=False)
otu_map_fp = glob(join(self.test_out, '*otus.txt'))[0]
otu_map = parse_otu_map(open(otu_map_fp, 'U'))
# some basic sanity checks: at least one OTU per reference sequence
self.assertTrue(len(otu_map[0]) > 5)
self.assertEqual(set(otu_map[2]), set(['r1', 'r2', 'r3', 'r4', 'r5']))
def test_parallel_pick_otus_sortmerna_index(self):
""" parallel_pick_otus_sortmerna functions as expected
with default parameters and pre-built database """
# build the index
sortmerna_db, db_files_to_remove = build_database_sortmerna(
self.refseqs1_fp,
max_pos=10000,
output_dir=self.test_out)
# Files created by indexdb_rna to be deleted
self.files_to_remove.extend(db_files_to_remove)
params = {'refseqs_fp': self.refseqs1_fp,
'sortmerna_db': sortmerna_db,
'similarity': 0.97,
'sortmerna_e_value': 1,
'sortmerna_coverage': 0.97,
'sortmerna_max_pos': 10000,
'sortmerna_store_logs': False,
'threads': 1}
app = ParallelPickOtusSortMeRNA()
r = app(self.inseqs1_fp,
self.test_out,
params,
job_prefix='STEST',
poll_directly=True,
suppress_submit_jobs=False)
otu_map_fp = glob(join(self.test_out, '*otus.txt'))[0]
otu_map = parse_otu_map(open(otu_map_fp, 'U'))
# some basic sanity checks: at least one OTU per reference sequence
self.assertTrue(len(otu_map[0]) > 5)
self.assertEqual(set(otu_map[2]), set(['r1', 'r2', 'r3', 'r4', 'r5']))
class ParallelPickOtusTrieTests(ParallelPickOtusTests):
def setUp(self):
"""
"""
super(ParallelPickOtusTrieTests, self).setUp()
seqs = [
('s1 some description', 'ACGTAATGGT'),
('s2', 'ACGTATTTTAATTTGGCATGGT'),
('s3', 'ACGTAAT'),
('s4', 'ACGTA'),
('s5', 'ATTTAATGGT'),
('s6', 'ATTTAAT'),
('s7', 'AAATAAAAA')
]
fd, self.small_seq_path = mkstemp(prefix='TrieOtuPickerTest_',
suffix='.fasta')
close(fd)
self.files_to_remove = [self.small_seq_path]
f = open(self.small_seq_path, 'w')
f.write('\n'.join(['>%s\n%s' % s for s in seqs]))
f.close()
def test_parallel_pick_otus_trie(self):
""" parallel_pick_otus_trie functions as expected """
params = {
'jobs_to_start': 2,
'prefix_length': 1
}
app = ParallelPickOtusTrie()
r = app(self.small_seq_path,
self.test_out,
params,
job_prefix='POTU_TEST_',
poll_directly=True,
suppress_submit_jobs=False)
otu_map_fp = glob(join(self.test_out, '*otus.txt'))[0]
otu_map = parse_otu_map(open(otu_map_fp, 'U'))
expected = ({(1, 2): 1,
(0, 0): 1,
(2, 4): 1,
(1, 3): 1,
(3, 6): 1,
(1, 1): 1,
(3, 5): 1},
['s2', 's1', 's3', 's4', 's7', 's5', 's6'],
['0', '1', '2', '3'])
self.assertEqual(len(otu_map[0]), 7)
self.assertEqual(otu_map, expected)
def test_parallel_pick_otus_trie_raises(self):
""" parallel_pick_otus_trie raises error"""
params = {
'jobs_to_start': 2,
'prefix_length': 6
}
app = ParallelPickOtusTrie()
self.assertRaises(ValueError, app,
self.small_seq_path,
self.test_out,
params,
job_prefix='POTU_TEST_',
poll_directly=True,
suppress_submit_jobs=False)
class ParallelPickOtusFunctionTests(TestCase):
def test_greedy_partition(self):
"""greedy_partition works as expected"""
#(non) partition into one bucket
obs_part, obs_levels = greedy_partition({'1': 2,
'2': 1,
'3': 3}, 1)
self.assertEquals(obs_levels, [6])
self.assertEquals(obs_part, [['3', '1', '2']])
# two buckets
obs_part, obs_levels = greedy_partition({'1': 2,
'2': 1,
'3': 3}, 2)
self.assertEquals(obs_levels, [3, 3])
self.assertEquals(obs_part, [['3'], ['1', '2']])
# larger input
obs_part, obs_levels = greedy_partition({'1': 1, '2': 2, '3': 3,
'4': 4, '5': 5, '6': 6}, 2)
self.assertEquals(obs_levels, [11, 10])
self.assertEquals(obs_part, [['6', '3', '2'], ['5', '4', '1']])
refseqs1 = """>r1
CTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAATGTGGCCGTTTACCCTCTCAGGCCGGCTACGCATCATCGCCTTGGTGGGCCGTTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCAGGTCCATCCATGTTCACGCCTTGATGGGCGCTTTAATATACTGAGCATGCGCTCTGTATACCTATCCGGTTTTAGCTACCGTTTCCAGCAGTTATCCCGGACACATGGGCTAGG
>r2
TTGGACCGTGTCTCAGTTCCAATGTGGGGGCCTTCCTCTCAGAACCCCTATCCATCGAAGGCTTGGTGGGCCGTTACCCCGCCAACAACCTAATGGAACGCATCCCCATCGATGACCGAAGTTCTTTAATAGTTCTACCATGCGGAAGAACTATGCCATCGGGTATTAATCTTTCTTTCGAAAGGCTATCCCCGAGTCATCGGCAGGTTGGATACGTGTTACTCACCCGTGCGCCGGTCGCCA
>r3
TTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAATGTGGCCGATCAGTCTCTTAACTCGGCTATGCATCATTGCCTTGGTAAGCCGTTACCTTACCAACTAGCTAATGCACCGCAGGTCCATCCAAGAGTGATAGCAGAACCATCTTTCAAACTCTAGACATGCGTCTAGTGTTGTTATCCGGTATTAGCATCTGTTTCCAGGTGTTATCCCAGTCTCTTGGG
>r4
CTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAATGTGGCCGTTCAACCTCTCAGTCCGGCTACTGATCGTCGACTTGGTGAGCCGTTACCTCACCAACTATCTAATCAGACGCGAGCCCATCTTTCAGCGGATTGCTCCTTTGGTATTCCGGCGATGCCGCCAAAATCATTATGCGGTATTAGCAGTCGTTTCCAACTGTTGTCCCCCTCTGAAAGGCAGGTTGCTCACG
>r5
TTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAATGTGGCCGTTCACCCTCTCAGGCCGGCTACTGATCGTCGCTTTGGTAGGCCGTTACCCTGCCAACTGGCTAATCAGACGCGGGTCCATCTCACACCGATTAATCTTTTTCCAACCAGAGCATGCGCCCCTGTTGGCTTATGCGGTATTAGCGGTCGTTTCCAACTGTTATCCCCCTGTGTGAGGCAGGTTACCCACGCGTTACTCACCCGTCCG
"""
inseqs1 = """>PC.634_1 FLP3FBN01ELBSX orig_bc=ACAGAGTCGGCT new_bc=ACAGAGTCGGCT bc_diffs=0
CTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAATGTGGCCGTTTACCCTCTCAGGCCGGCTACGCATCATCGCCTTGGTGGGCCGTTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCAGGTCCATCCATGTTCACGCCTTGATGGGCGCTTTAATATACTGAGCATGCGCTCTGTATACCTATCCGGTTTTAGCTACCGTTTCCAGCAGTTATCCCGGACACATGGGCTAGG
>PC.634_2 FLP3FBN01EG8AX orig_bc=ACAGAGTCGGCT new_bc=ACAGAGTCGGCT bc_diffs=0
TTGGACCGTGTCTCAGTTCCAATGTGGGGGCCTTCCTCTCAGAACCCCTATCCATCGAAGGCTTGGTGGGCCGTTACCCCGCCAACAACCTAATGGAACGCATCCCCATCGATGACCGAAGTTCTTTAATAGTTCTACCATGCGGAAGAACTATGCCATCGGGTATTAATCTTTCTTTCGAAAGGCTATCCCCGAGTCATCGGCAGGTTGGATACGTGTTACTCACCCGTGCGCCGGTCGCCA
>PC.354_3 FLP3FBN01EEWKD orig_bc=AGCACGAGCCTA new_bc=AGCACGAGCCTA bc_diffs=0
TTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAATGTGGCCGATCAGTCTCTTAACTCGGCTATGCATCATTGCCTTGGTAAGCCGTTACCTTACCAACTAGCTAATGCACCGCAGGTCCATCCAAGAGTGATAGCAGAACCATCTTTCAAACTCTAGACATGCGTCTAGTGTTGTTATCCGGTATTAGCATCTGTTTCCAGGTGTTATCCCAGTCTCTTGGG
>PC.481_4 FLP3FBN01DEHK3 orig_bc=ACCAGCGACTAG new_bc=ACCAGCGACTAG bc_diffs=0
CTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAATGTGGCCGTTCAACCTCTCAGTCCGGCTACTGATCGTCGACTTGGTGAGCCGTTACCTCACCAACTATCTAATCAGACGCGAGCCCATCTTTCAGCGGATTGCTCCTTTGGTATTCCGGCGATGCCGCCAAAATCATTATGCGGTATTAGCAGTCGTTTCCAACTGTTGTCCCCCTCTGAAAGGCAGGTTGCTCACG
>PC.634_5 FLP3FBN01DGFYQ orig_bc=ACAGAGTCGGCT new_bc=ACAGAGTCGGCT bc_diffs=0
TTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAATGTGGCCGTTCACCCTCTCAGGCCGGCTACTGATCGTCGCTTTGGTAGGCCGTTACCCTGCCAACTGGCTAATCAGACGCGGGTCCATCTCACACCGATTAATCTTTTTCCAACCAGAGCATGCGCCCCTGTTGGCTTATGCGGTATTAGCGGTCGTTTCCAACTGTTATCCCCCTGTGTGAGGCAGGTTACCCACGCGTTACTCACCCGTCCG
>PC.636_6 FLP3FBN01A55WZ orig_bc=ACGGTGAGTGTC new_bc=ACGGTGAGTGTC bc_diffs=0
TTGGACCGTGTCTCAGTTCCAATGTGGGGGACCTTCCTCTCAGAACCCCTATCCATCGAAGACTAGGTGGGCCGTTACCCCGCCTACTATCTAATGGAACGCATCCCCATCTTATACCGGTAAACCTTTAATCATGAGAAAATGCTCACTCATGATACCATCTTGTATTAATCTCCCTTTCAGAAGGCTATCCAAGAGTATAAGGCAGGTTGGATACGCGTTACTCACCCGTGCGCCGG
>PC.634_7 FLP3FBN01D7O1S orig_bc=ACAGAGTCGGCT new_bc=ACAGAGTCGGCT bc_diffs=0
TTGGACCGTGTCTCAGTTCCAATGTGGGGGACCTTCCTCTCAGAACCCCTATCCATCGAAGACTAGGTGGGCCGTTACCCCGCCTACTATCTAATGGAACGCATCCCCATCGATAACCGAAATTCTTTAATAGTGAAACCATGCGGAAATACTATACTATCGGGTATTAATCTTTCTTTCGAAAGGCTATCCCCGAGTTATCGGCAGGTTGGATACGTGTTACTCACCCGTGCGCCGGTCGCCATC
>PC.634_8 FLP3FBN01CV5ZU orig_bc=ACAGAGTCGGCT new_bc=ACAGAGTCGGCT bc_diffs=0
TTGGTCCGTGTCTCAGTACCAATGTGGGGGGTTAACCTCTCAGTCCCCCTATGTATCGTCGCCTTGGTAAGCCGTTACCTTACCAACCAGCTAATACAACGCATGCCCATCTGTAACCGCCGAAACTTTCAACCACAAGAGATGCCTCTCATAGTGTTATGCGGTATTAGTACCGATTTCTCAGTGTTATCCCCCTGTTACAGGTAGGTTGCATACGCGTTACGCACCCGTGCGCCGGTCG
>PC.634_9 FLP3FBN01DQ783 orig_bc=ACAGAGTCGGCT new_bc=ACAGAGTCGGCT bc_diffs=0
TTGGACCGTGTCTCAGTTCCAATGTGGGGGACCTTCCTCTCAGAACCCCTATCCATCGAAGACTAGGTGGGCCGTTACCCCGCCTACTATCTAATGGAACGCATCCCCATCGTCTACCGGAATACCTTTAATCATGTGAACATGCGGACTCATGATGCCATCTTGTATTAATCTTCCTTTCAGAAGGCTGTCCAAGAGTAGACGGCAGGTTGGATACGTGTTACTCACCCG
>PC.634_10 FLP3FBN01DDPFF orig_bc=ACAGAGTCGGCT new_bc=ACAGAGTCGGCT bc_diffs=0
TTGGACCGTGTCTCAGTTCCAATGTGGGGGACCTTCCTCTCAGAACCCCTATCCATCGAAGACTAGGTGGGCCGTTACCCCGCCTACTATCTAATGGAACGCATCCCCATCGTCTACCGGAATACCTTTAATCATGTGAACATGCGGACTCATGATGCCATCTTGTATTAATCTCCCTTTCAGAAGGCTATCCAAGAGTATAAGGCAGGTTGGGTACGCGTTACTC
>PC.634_11 FLP3FBN01CPD70 orig_bc=ACAGAGTCGGCT new_bc=ACAGAGTCGGCT bc_diffs=0
CTGGACCGTGTCTCAGTTCCAATGTGGGGGGCCTTCCTCTCAGAACCCCTATCCATCGAAGGCTTGGTGGGCCGTTACCCCGCCAACAACCTAATGGAACGCATCCCCATCGATGACCGAAGTTCTTTAATAGTTCTACCATGCGGAAGAACTATGCCATCGGGTATTAATCTTTCTTTCGAAAGGCTATCCCCGAGTCATCGGCAGGTTGGATACGTGTTACTCACCCGTGCGCCGGTCG
>PC.593_12 FLP3FBN01BBAE6 orig_bc=AGCAGCACTTGT new_bc=AGCAGCACTTGT bc_diffs=0
CTGGTCCGTGTCTCAGTACCAGTGTGGGGGACCTTCCTCTCAGAACCCCTACGCATCGTCGCCTCGGTGGGCCGTTACCCCGCCGACTAGCTAATGCGCCGCATGCCCATCCGCCACCGGTAATCCCTTTGGCGGCACCGGGATGCCCCGATGCCGCGTCACGCGGTATTAGACGGAATTTCTTCCGCTTATCCCCCTGTGGCGGGCAGGTTGCATACGTGTTACTCACCCGTGCG
>PC.355_13 FLP3FBN01AWYZD orig_bc=AACTCGTCGATG new_bc=AACTCGTCGATG bc_diffs=0
TTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAATGTGGCCGATCAGTCTCTCAACTCGGCTATGCATCATTGCCTTGGTAAGCCGTTACCTTACCAACTAGCTAATGCACCGCAGGTCCATCCAAGAGTGATAGCAGAACCATCTTTCAAACTCTAGACATGCGTCTAGTGTTGTTATCCGGTATTAGCATCTGTTTCCAGGTGTTATCCCAGTCTCTTGGG
>PC.634_14 FLP3FBN01AM0P3 orig_bc=ACAGAGTCGGCT new_bc=ACAGAGTCGGCT bc_diffs=0
CTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAATGTGGCCGGCCGCCCTCTCAGGCCGGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGGGCCGTTACCCCGCCAACCAGCTAATCAGACGCGGGCCCATCCCGTACCACCGGAGTTTTTCACACTGCTTCATGCGAAGCTGTGCGCTTATGCGGTATTAGCACCTATTTCTAAGTGTTATCCCCCAGTATACGGCAGGTTCTCCACGCGTTACTCACCCG
>PC.635_15 FLP3FBN01BO4IE orig_bc=ACCGCAGAGTCA new_bc=ACCGCAGAGTCA bc_diffs=0
CTGGGCCGTATCTCAGTCCCAATGTGGCCGTTCAACCTCTCAGTCCGGCTACTGATCGTCGACTTGGTAGGCCGTTACCCCACCAACTATCTAATCAGACGCAAGCCCATCTATCAGCGGATTGCTCCTTTCCCATTTATATCATGTGATATTCATGGCATATGCGGTATTAGCAGTCATTTCTAACTGTTGTTCCCCTCTGATAGG
>PC.635_16 FLP3FBN01BPX14 orig_bc=ACCGCAGAGTCA new_bc=ACCGCAGAGTCA bc_diffs=0
CTGGTCCGTGTCTCAGTACCAGTGTGGGGGGCCTTCCTCTCAGAACCCCTACGCATCGTCGCCACGGTGGGCCGTTACCCCGCCGTCAAGCTAATGTCACGCGAGCCTATCCTCATCCGACGGATCTTTAGATGGAACCAGATGCCTGATTCCATCGCCATGGGGCATTAGACGCCGTTTCCAGCGATTATTCCCCTGATCGAGGGCAAGTTGCATACGCG
>PC.356_17 FLP3FBN01DB5I7 orig_bc=ACAGACCACTCA new_bc=ACAGACCACTCA bc_diffs=0
TTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAATGTGGCCGTCCACCCTCTCAGGCCGGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGGGCCTTTACCCCGCCAACCAGCTAATCAGACGCGGGTCCATCCTGCACCGCCGGAGCTTCCCCCGCCGCCCCATGCGGGGCTGCGGGCATATGCGGTATTAGCAGCCGTTTCCGGCTGTTGTCCCCCAGTGCAGGGCAGGTTGCCCACGCGTTACTCACCCGTCCG
>PC.634_18 FLP3FBN01AK9OO orig_bc=ACAGAGTCGGCT new_bc=ACAGAGTCGGCT bc_diffs=0
CTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAATGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTCGCCTTGGTCGAGCCGTTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGCCCATCTCATAGCGGATTACTCCTTTAATTGCTACTTCATGCGAAGCTACAATCTTATGCGGTATTAATCTCCCTTTCGGAAGGCTATTCCCCTCTATGAGGTCAGGTTG
>PC.634_19 FLP3FBN01ANGF2 orig_bc=ACAGAGTCGGCT new_bc=ACAGAGTCGGCT bc_diffs=0
CTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGGGGACCTTCCTCTCAGAACCCCTAGACATCGTCGCCACGGTGGGCCGTTACCCCGCCGTCAAGCTAATGTCACGCGAGCCTATCCTCATCCGACGGATCTTTAGATGGAACCAGATGCCTGATTCCATCGCCATGGGGCATTAGACGCCGTTTCCAGCGATTATTCCCCTGATGAGGGCAAGTTGCTCACGCG
>PC.634_20 FLP3FBN01AF994 orig_bc=ACAGAGTCGGCT new_bc=ACAGAGTCGGCT bc_diffs=0
TTGGTCCGTGTCTCAGTACCAATGTGGGGGACCTTCCTCTCAGAACCCCTATCCATCGTCGGTTTGGTGGGCCGTTACCCCGCCAACTGCCTAATGGAACGCATGCCTATCTATCAGCGATGAATCTTTAGCAAATATCCCCATGCGGGGCCCCTGCTTCATGCGGTATTAGTCCGACTTTCGCCGGGTTATCCCCTCCTGATAGGTAAGTTGCATACGCGTTACTTCACCCGTCGCGG
>PC.634_21 FLP3FBN01AHXU8 orig_bc=ACAGAGTCGGCT new_bc=ACAGAGTCGGCT bc_diffs=0
TTGGACCGTGTCTCAGTTCCAATGTGGGGGACCTTCCTCTCAGAACCCCTACGCATCGTCGGTTAGGTGGGCCGTTACCCCGCCTACTGCCTAATGCGCCGCATGCCCATCCTCCACCGGTAATCCTTTCCTCCCCCGGGGATGCCCCCAAGGGATATACGCGGGATTAGCCTCCCTTTCGGAAGGTTGTCCCCCTGTGGAGGGCAGGTTGCATACGTGTTACTCACCCGTGCGCCAGTCGCCGGCAGAGAG
>PC.593_22 FLP3FBN01APRWO orig_bc=AGCAGCACTTGT new_bc=AGCAGCACTTGT bc_diffs=0
TTGGGCCGTGTCTCAGTACCAGTGTGGGGGACCTTCCTCTCAGAACCCCTACGCATCGTCGCCTCGGTGGGCCGTTACCCCGCCGACTAGCTAATGCGCCGCATGGCCATCCGCAGCCGATAAATCTTTAAACATCGGGAGATGCCTCCCAACGTTCTTACGCGGTATTAGACGGAATTTCTTCCGCTTATCCCCCTGCTGCGGGCAGGTTCCATACGTGTTACTCACCCGTGCGCCGG
>PC.634_23 FLP3FBN01C645E orig_bc=ACAGAGTCGGCT new_bc=ACAGAGTCGGCT bc_diffs=0
CTGGACCGTGTCTCAGTTCCAATGTGGGGGACCTTCCTCTCAGAACCCCTATCCATCGAAGACTAGGTGGGCCGTTACCCCGCCAACAACCTAATGGAACGCATCCCATCGATGACCGAAGTTCTTTAATAGTTCTACCATGCGGAAGAACTATGCCATCGGGTATTAATCTTTCTTTCGAAAGGCTATCCCCGAGTCATCGGCAGGTTGGATACGCGTTACTCACCCGTGCGCCAGTCG
>PC.634_24 FLP3FBN01A2K0Q orig_bc=ACAGAGTCGGCT new_bc=ACAGAGTCGGCT bc_diffs=0
TTGGTCCGTGTCTCAGTACCAATGTGGGGGGTTAACCTCTCAGTCCCCCTATGTATCGTGGTCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACTAACTAATACAACGCATGCCCATCCATTACCACCGGAGTTTTCAACCCAAGAAGATGCCTCCCTGGATGTTATGGGGTATTAGTACCGATTTCTCAGTGTTATCCCCCTGTAATGGGTAGGTTGCATACGCGTTACGCACCCGTGCGCCGGTCGCCAT
>PC.634_25 FLP3FBN01DJY30 orig_bc=ACAGAGTCGGCT new_bc=ACAGAGTCGGCT bc_diffs=0
TTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAATGTGGCCGTCCGCCCTCTCAGGCCGGCTACTGATCGTCGCCTTGGTAGGCCGTTACCCTGCCAACTAGCTAATCAGACGCGGGCCCATCTCATACCACCGGAGTTTTTGCCGCTGCACCATGCGGTGCTGTGGCCTTATGCGGTATTAGCAGCCATTTCTGGCTGTTATCCCCCTGTATGAGGCAGGTTGCCCACG
>PC.355_26 FLP3FBN01EB63O orig_bc=AACTCGTCGATG new_bc=AACTCGTCGATG bc_diffs=0
TTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAATGTGGCCGGTCACCCTCTCAGGTCGGCTACTGATCGTCGGCTTGGTGGGCCGTTACCCCGCCAACTACCTAATCAGACGCGGGTCCATCCTGTACCACCGGAGTTTTTCACACCGGACCATGCGGTCCTGTGCGCTTATGCGGTATTAGCAGTCATTTCTAACTGTTGTCCCCCTGTACAGGGCAGGTTACCCACGCGTTACTCACCCGTCCGCCACT
>PC.634_27 FLP3FBN01DUWHJ orig_bc=ACAGAGTCGGCT new_bc=ACAGAGTCGGCT bc_diffs=0
TTGGTCCGTGTCTCAGTACCAGTGTGGGGGACCTTCCTCTCAGAACCCCTACGCATCGTCGGCTTGGTGGTCCGTTACACCGCCAACTACCTAATGCGACGCATGCCCATCCGCTACCGGATCGCTCCTTTGGAATCCCGGGGATGTCCCGGAATCGTTATGCGGTATTAGACGGAATTTCTTCCGCTTATCCCCCTGTAGCGGGCAGGTTGCATACGTGTTACTCACCCGTGCGCCGGTCGCCGG
>PC.634_28 FLP3FBN01ESJ5R orig_bc=ACAGAGTCGGCT new_bc=ACAGAGTCGGCT bc_diffs=0
TTGGACCGTGTCTCAGTTCCAATGTGGGGGCCTTCCTCTCAGAACCCCTATCCATCGAAGGCTTGGTGGGCCGTTACCCCGCCAACAACCTAATGGAACGCATCCCCATCGATGACCGAAGTTCTTTAATAGTTCTACCATGCGGAAGAACTATGCCATCGGGTATTAATCTTTCTTTCGAAAGGCTATCCCCGAGTCATCGGCAGGTTGGATACGTGTTACTCACCCGTGCGCCGGTCGCCGG
>PC.635_29 FLP3FBN01BJH6S orig_bc=ACCGCAGAGTCA new_bc=ACCGCAGAGTCA bc_diffs=0
CTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAATGTGGCCGTTCGACCTCTCAGTCCGGCTACCGATCGTCGGCTTGGTGAGCCGTTACCTCACCAACTACCTAATCGGACGCGAGCCCATCTCCGAGCGATATAATCTTTGATACCAAAGGGATGTCCCTCCAGTATGTTATGCGGTATTAGCGACCGTTTCCAGCCGTTATTCCCCTCTCGAAGGTAGGTTGCTCACGTGTTACTCACCCGTCCG
>PC.634_30 FLP3FBN01BF988 orig_bc=ACAGAGTCGGCT new_bc=ACAGAGTCGGCT bc_diffs=0
TTGGACCGTGTCTCAGTTCCAATGTGGGGGACCTTCCTCTCAGAACCCCTATCCATCGAAGACTAGGTGGGCCGTTACCCCGCCTACTATCTAATGGAACGCATCCCCATCTTATACCGGTAAACCTTTAATCATGCGAGAATGCTCACTCATGATACTATCTTGTATTAATCTCCCTTTCAGAAGGCTATCCAAGAGTATAAGGCAGGTTGGATACGCGTTACTC
>PC.634_31 FLP3FBN01DRASA orig_bc=ACAGAGTCGGCT new_bc=ACAGAGTCGGCT bc_diffs=0
TTGGACCGTGTCTCAGTTCCAATGTGGGGGACCTTCCTCTCAGAACCCCTATCCATCGAAGACTAGGTGGGCCGTTACCCCGCCTACTATCTAATGGAACGCATCCCCATCGTCTACCGGAATACCTTTAATCATGTGAACATGCGGACTCATGATGCCATCTTGTATTAATCTTCCTTTCAGAAGGCTGTCCAAGAGTAGACGGCAGGTTGGATACGTGTTACTCACCCG
>PC.634_32 FLP3FBN01EMWGJ orig_bc=ACAGAGTCGGCT new_bc=ACAGAGTCGGCT bc_diffs=0
TTGGACCGTGTCTCAGTTCCAATGTGGGGGACCTTCCTCTCAGAACCCCTATCCATCGAAGACTAGGTGGGCCGTTACCCCGCCTACTATCTAATGGAACGCATCCCCATCGTCTACCGGAATACCTTTAATCATGTGAACATGCGGACTCATGATGCCATCTTGTATTAATCTTCCTTTCAGAAGGCTATCCAAGAGTATAAGGCAGGTTGGATACGCGTTACTCACCCG
>PC.634_33 FLP3FBN01BMERW orig_bc=ACAGAGTCGGCT new_bc=ACAGAGTCGGCT bc_diffs=0
CTGGTCCGTGTCTCAGTACCAGTGTGGGGGACCTTCCTCTCAGAACCCCTACGCATCGTCGGCTTGGTGGTCCGTTACACCGCCAACTACCTAATGCGACGCATGCCCATCCGCTACCGGATCGCTCCTTTGGAATCCCGGGGATGTCCCCGGAACTCGTTATGCGGTATTAGACGGAATTTCTTCCGCTTATCCCCCTGTAGCGGGCAGGTTGCATACGCGTTACTCACCCGTGCGCCGGTCG
>PC.634_34 FLP3FBN01A724Q orig_bc=ACAGAGTCGGCT new_bc=ACAGAGTCGGCT bc_diffs=0
CTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAATGTGGCCGGTCACCCTCTCAGGTCGGCTACTGATCGTCGGCTTGGTGAGCCGTTACCTCACCAACTACCTAATCAGACGCGGGCCCATCTTACACCACCGGAGTTTTTACCTCAGAACCATGCGGTTCCGCGGTCTTATGCGGTATTAGCAGTCATTTCTAACTGTTATCCCCCTGTGTAAGGCAGGTTGCCCACGCGTTACTCACCCGTCCGCCG
>PC.634_35 FLP3FBN01AKXJC orig_bc=ACAGAGTCGGCT new_bc=ACAGAGTCGGCT bc_diffs=0
CTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAATGTGGCCGGCCACCCTCTCAGGTCGGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGGGCTTTTATCTCACCAACTAGCTAATCAGACGCGGATCCATCCCATACCACCGGAGTTTTTCACACAGGGCCATGCAGCCTCGTGCGCTTATGCGGTATTAGCAGCCGTTTCCGGCTGTTATCCCCCGGTATGGGGCAGGTTATCCACGCGTT
>PC.634_36 FLP3FBN01EC04T orig_bc=ACAGAGTCGGCT new_bc=ACAGAGTCGGCT bc_diffs=0
CTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAATGTGGCCGTCCGCCCTCTCAGGCCGGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGGGCCGCTGCCCCGCCAACAAGCTAATCAGACGCGGGCCCATCCTGTACCACCGGAGTTTTCAGGGAAAAGCCATGCGGCTTCCCCCGTTATGCGGTATTAGCACCTATTTCTAAGTGTTATCCCCCTGTACAGGCCAGGTTGCCCACGCGTTACTCACCCGTCCGCC
>PC.634_37 FLP3FBN01AX7NV orig_bc=ACAGAGTCGGCT new_bc=ACAGAGTCGGCT bc_diffs=0
TTGGACCGTGTCTCAGTTCCAATGTGGGGGACCTTCCTCTCAGAACCCCTATCCATCGAAGACTAGGTGGGCCGTTACCCCGCCTACTATCTAATGGAACGCATCCCCATCGTCTACCGGAATACCTTTAATCATGTGAACATGCGGACTCATGATGCCATCTTGTATTAATCTTCCTTTCAGAAGGCTGTCCAAGAGTAGACGGCAGGTTGGATACGTGTTACTCACCCG
>PC.607_38 FLP3FBN01CS9UE orig_bc=AACTGTGCGTAC new_bc=AACTGTGCGTAC bc_diffs=0
TTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAATGTGGCCGTCCACCCTCTCAGGTCGGCTACCGATCGTCGCCTTGGTGGGCTGTTACCCCTCCAACTAGCTAATCGGACGCGGATCCATCTCTCACCGATTTCTCTTTCCCTCTCTCCTCATGCGACAAAAGAGGCTCATGCGGTATTAGCAACCGTTTCCAGCTGTTATCCCCCTGTGAAAGGCAGGTT
>PC.634_39 FLP3FBN01A38B0 orig_bc=ACAGAGTCGGCT new_bc=ACAGAGTCGGCT bc_diffs=0
CTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGGCCACCCTCTCAGGCCGGCTACCCATCGTCGCCTTGGTAGGCCATTACCCTACCAACTAGCTAATGGGACGCGAGTCCATCTTTCAGCGTCAGGTCTCCCCAACTTTTCCTATATAAACATGCACTTATATAACTCATCCGGCATTAGCTCACCTTTCGGTAAGTTGTTCCAGTCTAAAAGGCAGGTCACTCACGTGTT
>PC.634_40 FLP3FBN01CB1XF orig_bc=ACAGAGTCGGCT new_bc=ACAGAGTCGGCT bc_diffs=0
TTGGACCGTGTCTCAGTTCCAATGTGGGGGACCTTCCTCTCAGAACCCCTATCCATCGAAGACTAGGTGGGCCGTTACCCCGCCTACTATCTAATGGAACGCATCCCCATCGTCTACCGGAATACCTTTAATCATGTGAACATGCGGACTCATGATGCCATCTTGTATTAATCTTCCTTTCAGAAGGCTGTCCAAGAGTAGACGGCAGGTTGGATACGTGTTACTCACCCG
>PC.634_41 FLP3FBN01ARU00 orig_bc=ACAGAGTCGGCT new_bc=ACAGAGTCGGCT bc_diffs=0
TTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAATGTGGCCGGTCACCCTCTCAGGTCGGCTACTGATCGTCGGTTTGGTGGGCCGTTACCCCGCCAACTGCCTAATCAGACGCGGGGCCATCTCATACCACCGGAGTTTTTCACACCGTGTCATGCGACACTGTGCGCTTATGCGGCATTAGCAGTCATTTCTAACTGTTATTCCCCTGTATGAGGCAGGTTCCCCACGCGTTACT
>PC.634_42 FLP3FBN01A24G3 orig_bc=ACAGAGTCGGCT new_bc=ACAGAGTCGGCT bc_diffs=0
TTGGACCGTGTCTCAGTTCCAATGTGGGGGACCTTCCTCTCAGAACCCCTAGACATCGTCGCCACGGTGGGCCGTTACCCCGCCGTCAAGCTAATGTCACGCGAGCCTATCCTCATCCGACGGATCTTTAGATGGAACCAGATGCCTGATTCCATCGCCATGGGGCATTAGACGCCGTTTCCAGCGATTATTCCCCTGATGAGGGCAAGTTGCTCACGCGTTACG
>PC.593_43 FLP3FBN01AYGTR orig_bc=AGCAGCACTTGT new_bc=AGCAGCACTTGT bc_diffs=0
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