The following command:
hds-util chr22.dose.HGDP00001.vcf.gz chr22.dose.HGDP00003.vcf.gz chr22.dose.HGDP00005.vcf.gz chr22.dose.HGDP00007.vcf.gz -O bcf | bcftools view |less -S
seems to produce some invalid genotypes:
HGDP00001 HGDP00003 HGDP00005 HGDP00007
0|0:0:0,0:1,0,0 0/0:0:0,0:1,0,0 0/0:0:0,0:1,0,0 0/0:0:0,0:1,0,0
0|0:0:0,0:1,0,0 0|34:0:0,0:1,0,0 0/18:0:0,0:1,0,0 0/0:0:0,0:1,0,0
0|0:0.171:0.066,0.105:0.83593,0.15714,0.00693 0/-44:0.354:0.261,0.093:0.670273,0.305454,0.024273 0/20:0.1:0.096,0.004:0.900384,0.099232,0.000384 1/0:>
0|0:0:0,0:1,0,0 0|36:0:0,0:1,0,0 0/18:0:0,0:1,0,0 0/0:0:0,0:1,0,0
0|0:0:0,0:1,0,0 0|36:0:0,0:1,0,0 0/18:0.008:0.008,0:0.992,0.008,0 0/0:0:0,0:1,0,0
0|0:0:0,0:1,0,0 0|36:0:0,0:1,0,0 0/18:0:0,0:1,0,0 0/0:0:0,0:1,0,0
0|0:0:0,0:1,0,0 0/36:0:0,0:1,0,0 0/18:0:0,0:1,0,0 0/0:0:0,0:1,0,0
0|0:0.002:0.001,0.001:0.998001,0.001998,1e-06 0/34:0.002:0.001,0.001:0.998001,0.001998,1e-06 0/18:0:0,0:1,0,0 0/0:0.001:0,0.001:0.999,0.001,0
0|0:0:0,0:1,0,0 0/36:0:0,0:1,0,0 0/18:0:0,0:1,0,0 0/0:0:0,0:1,0,0
0|0:0:0,0:1,0,0 0|36:0:0,0:1,0,0 0/18:0:0,0:1,0,0 0/0:0:0,0:1,0,0
0|0:0:0,0:1,0,0 0/-44:0:0,0:1,0,0 0/20:0:0,0:1,0,0 0/0:0:0,0:1,0,0
0|0:0:0,0:1,0,0 0|36:0.002:0.002,0:0.998,0.002,0 0/18:0:0,0:1,0,0 0/0:0:0,0:1,0,0
0|0:0:0,0:1,0,0 0|36:0:0,0:1,0,0 0/18:0:0,0:1,0,0 0/0:0:0,0:1,0,0
0|0:0:0,0:1,0,0 0|36:0:0,0:1,0,0 0/18:0:0,0:1,0,0 0/0:0:0,0:1,0,0
0|0:0:0,0:1,0,0 0|36:0:0,0:1,0,0 0/18:0:0,0:1,0,0 0/0:0:0,0:1,0,0
0|0:0:0,0:1,0,0 0|36:0.002:0,0.002:0.998,0.002,0 0/18:0:0,0:1,0,0 0/0:0:0,0:1,0,0
0|0:0:0,0:1,0,0 0|36:0:0,0:1,0,0 0/18:0:0,0:1,0,0 0/0:0:0,0:1,0,0
0|0:0:0,0:1,0,0 0/36:0:0,0:1,0,0 0/18:0:0,0:1,0,0 0/0:0:0,0:1,0,0
0|0:0:0,0:1,0,0 0/36:0:0,0:1,0,0 0/18:0.004:0.004,0:0.996,0.004,0 0/0:0:0,0:1,0,0
0|0:0:0,0:1,0,0 0|36:0.002:0,0.002:0.998,0.002,0 0/18:0.011:0.011,0:0.989,0.011,0 0/0:0:0,0:1,0,0