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broadinstitute · Sep 8, 2015 · f5a2b11 · f5a2b11
1 parent 51d50aa
commit f5a2b11
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diff --git a/.../java/org/broadinstitute/hellbender/tools/picard/fastq/NormalizeFastaIntegrationTest.java b/.../java/org/broadinstitute/hellbender/tools/picard/fastq/NormalizeFastaIntegrationTest.java
@@ -24,8 +24,8 @@ public String getTestedClassName() {
         @Test
         public void testNormalize () throws IOException {
 
-            final File input = new File(TEST_DATA_PATH, "truncatedFASTA_WS.fasta");
-            final File expectedFile = new File(TEST_DATA_PATH, "truncatedFASTA_WS_3.fasta");
+            final File input = new File(TEST_DATA_PATH, "testfasta.fasta");
+            final File expectedFile = new File(TEST_DATA_PATH, "testFASTA_WS_4.fasta");
             final File outfile = BaseTest.createTempFile("normalized", ".fasta");
 
             final String[] args = {

diff --git a/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/picard/fasta/testFASTA_WS_4.fasta b/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/picard/fasta/testFASTA_WS_4.fasta
@@ -0,0 +1,284 @@
+>Chromosome
+TGTTA
+AAATT
+CAACT
+GACCA
+TAGGT
+GTATT
+GGTTT
+ATTTC
+TGTAC
+TCTTA
+GTAGA
+TTCCA
+TTGAC
+CTATA
+TCTCT
+ATCCT
+TATGC
+CAGTA
+CCACA
+CTGTT
+TTGTT
+AAAAT
+TCAAC
+TGACC
+ATAGG
+TGTAT
+TGGTT
+TATTT
+CTGTA
+CTCTT
+AGTAG
+ATTCC
+ATTGA
+CCTAT
+ATCTC
+TATCC
+TTATG
+CCAGT
+ACCAC
+ACTGT
+TTTGT
+TAAAA
+TTCAA
+CTGAC
+CATAG
+GTGTA
+TTGGT
+TTATT
+TCTGT
+ACTCT
+TAGTA
+GATTC
+CATTG
+ACCTA
+TATCT
+CTATC
+CTTAT
+GCCAG
+TACCA
+CACTG
+TTTTG
+TTAAA
+ATTCA
+ACTGA
+CCATA
+GGTGT
+ATTGG
+TTTAT
+TTCTG
+TACTC
+TTAGT
+AGATT
+CCATT
+GACCT
+ATATC
+TCTAT
+CCTTA
+TGCCA
+GTACC
+ACACT
+GTTTA
+AAACA
+GTGTG
+GTACT
+GGCAT
+AAGGA
+TAGAG
+ATATA
+GGTCA
+ATGGA
+ATCTA
+CTAAG
+AGTAC
+AGAAA
+TAAAC
+CAATA
+CACCT
+ATGGT
+CAGTT
+GAATT
+TTAAC
+AAAAC
+AGTGT
+GGTAC
+TGGCA
+TAAGG
+ATAGA
+GATAT
+AGGTC
+AATGG
+AATCT
+ACTAA
+GAGTA
+CAGAA
+ATAAA
+CCAAT
+ACACC
+TATGG
+TCAGT
+TGAAT
+TTTAA
+CAAAA
+CAGTG
+TGGTA
+CTGGC
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+GATAG
+AGATA
+TAGGT
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+GAATC
+TACTA
+AGAGT
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+AATAA
+ACCAA
+TACAC
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+ACAAA
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+GTATT
+GGTTT
+ATTTC
+TGTAC
+TCTTA
+GTAGA
+TTCCA
+TTGAC
+CTATA
+TCTCT
+ATCCT
+TATGC
+CAGTA
+CCACA
+CTGTT
+TTGTT
+AAAAT
+TCAAC
+TGACC
+ATAGG
+TGTAT
+TGGTT
+TATTT
+CTGTA
+CTCTT
+AGTAG
+ATTCC
+ATTGA
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+ATCTC
+TATCC
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+CCAGT
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+ACTGT
+TTTGT
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+GTGTA
+TTGGT
+TTATT
+TCTGT
+ACTCT
+TAGTA
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+GGTGT
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+GTACT
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+ATGGT
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+GAATT
+TTAAC
+AAAAC
+AGTGT
+GGTAC
+TGGCA
+TAAGG
+ATAGA
+GATAT
+AGGTC
+AATGG
+AATCT
+ACTAA
+GAGTA
+CAGAA
+ATAAA
+CCAAT
+ACACC
+TATGG
+TCAGT
+TGAAT
+TTTA
diff --git a/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/picard/fasta/testfasta.fasta b/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/picard/fasta/testfasta.fasta
@@ -0,0 +1,15 @@
+>Chromosome 20
+TGTTAAAATTCAACTGACCATAGGTGTATTGGTTTATTTCTGTACTCTTAGTAGATTCCATTGACCTATATCTCTATCCTTATGCCAGTACCACACTGTTT
+TGTTAAAATTCAACTGACCATAGGTGTATTGGTTTATTTCTGTACTCTTAGTAGATTCCATTGACCTATATCTCTATCCTTATGCCAGTACCACACTGTTT
+TGTTAAAATTCAACTGACCATAGGTGTATTGGTTTATTTCTGTACTCTTAGTAGATTCCATTGACCTATATCTCTATCCTTATGCCAGTACCACACTGTTT
+TGTTAAAATTCAACTGACCATAGGTGTATTGGTTTATTTCTGTACTCTTAGTAGATTCCATTGACCTATATCTCTATCCTTATGCCAGTACCACACTGTTT
+AAAACAGTGTGGTACTGGCATAAGGATAGAGATATAGGTCAATGGAATCTACTAAGAGTACAGAAATAAACCAATACACCTATGGTCAGTTGAATTTTAAC
+AAAACAGTGTGGTACTGGCATAAGGATAGAGATATAGGTCAATGGAATCTACTAAGAGTACAGAAATAAACCAATACACCTATGGTCAGTTGAATTTTAAC
+AAAACAGTGTGGTACTGGCATAAGGATAGAGATATAGGTCAATGGAATCTACTAAGAGTACAGAAATAAACCAATACACCTATGGTCAGTTGAATTTTAAC
+AAAACAGTGTGGTACTGGCATAAGGATAGAGATATAGGTCAATGGAATCTACTAAGAGTACAGAAATAAACCAATACACCTATGGTCAGTTGAATTTTAAC
+TAAAATTCAACTGACCATAGGTGTATTGGTTTATTTCTGTACTCTTAGTAGATTCCATTGACCTATATCTCTATCCTTATGCCAGTACCACACTGTTTTGT
+TAAAATTCAACTGACCATAGGTGTATTGGTTTATTTCTGTACTCTTAGTAGATTCCATTGACCTATATCTCTATCCTTATGCCAGTACCACACTGTTTTGT
+TAAAATTCAACTGACCATAGGTGTATTGGTTTATTTCTGTACTCTTAGTAGATTCCATTGACCTATATCTCTATCCTTATGCCAGTACCACACTGTTTTGT
+TAAAATTCAACTGACCATAGGTGTATTGGTTTATTTCTGTACTCTTAGTAGATTCCATTGACCTATATCTCTATCCTTATGCCAGTACCACACTGTTTTGT
+ACAAAACAGTGTGGTACTGGCATAAGGATAGAGATATAGGTCAATGGAATCTACTAAGAGTACAGAAATAAACCAATACACCTATGGTCAGTTGAATTTTA
+ACAAAACAGTGTGGTACTGGCATAAGGATAGAGATATAGGTCAATGGAATCTACTAAGAGTACAGAAATAAACCAATACACCTATGGTCAGTTGAATTTTA
diff --git a/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/picard/fasta/testfastq.fastq b/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/picard/fasta/testfastq.fastq
@@ -0,0 +1,55 @@
+@20FUKAAXX100202:6:27:4968:125377
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++
+DEDEFGGHFFFGHEHFGEFGGGGGEGFGGGGGFFFGGGCBHGFGEHFHGGGFGGGGGFFGGGGHEGHGGGGGHGHGGGGHGGGGGGHGGGEGHFHEHGFGG
+@20FUKAAXX100202:6:27:4968:125377
+TGTTAAAATTCAACTGACCATAGGTGTATTGGTTTATTTCTGTACTCTTAGTAGATTCCATTGACCTATATCTCTATCCTTATGCCAGTACCACACTGTTT
++
+DEDEFGGHFFFGHEHFGEFGGGGGEGFGGGGGFFFGGGCBHGFGEHFHGGGFGGGGGFFGGGGHEGHGGGGGHGHGGGGHGGGGGGHGGGEGHFHEHGFGG
+@20FUKAAXX100202:6:27:4986:125375
+TGTTAAAATTCAACTGACCATAGGTGTATTGGTTTATTTCTGTACTCTTAGTAGATTCCATTGACCTATATCTCTATCCTTATGCCAGTACCACACTGTTT
++
+DEDEFGGHFFFGHEHFGEFGGGGGEGFGGGGGFFFGGGCBHGFGEHFHGGGFGGGGGFFGGGGHEGHGGGGGHGHGGGGHGGGGGGHGGGEGHFHEHGFGG
+@20FUKAAXX100202:6:27:4986:125375
+TGTTAAAATTCAACTGACCATAGGTGTATTGGTTTATTTCTGTACTCTTAGTAGATTCCATTGACCTATATCTCTATCCTTATGCCAGTACCACACTGTTT
++
+DEDEFGGHFFFGHEHFGEFGGGGGEGFGGGGGFFFGGGCBHGFGEHFHGGGFGGGGGFFGGGGHEGHGGGGGHGHGGGGHGGGGGGHGGGEGHFHEHGFGG
+@20FUKAAXX100202:8:65:6304:46134
+AAAACAGTGTGGTACTGGCATAAGGATAGAGATATAGGTCAATGGAATCTACTAAGAGTACAGAAATAAACCAATACACCTATGGTCAGTTGAATTTTAAC
++
+EFFGDGFFFFFFBFEHFGFGGFHGGGGGGGGGGFGFGGAFGHGGGGHGFHGEHGHGHGFGEHGHHFGGHB?FHHCGEHDGHGFGEGGHHGGGHFEGFGGIE
+@20FUKAAXX100202:8:65:6304:46134
+AAAACAGTGTGGTACTGGCATAAGGATAGAGATATAGGTCAATGGAATCTACTAAGAGTACAGAAATAAACCAATACACCTATGGTCAGTTGAATTTTAAC
++
+EFFGDGFFFFFFBFEHFGFGGFHGGGGGGGGGGFGFGGAFGHGGGGHGFHGEHGHGHGFGEHGHHFGGHB?FHHCGEHDGHGFGEGGHHGGGHFEGFGGIE
+@20GAVAAXX100126:1:7:1484:95625
+AAAACAGTGTGGTACTGGCATAAGGATAGAGATATAGGTCAATGGAATCTACTAAGAGTACAGAAATAAACCAATACACCTATGGTCAGTTGAATTTTAAC
++
+DFFBDGFFFFFFFGEHFFFHFGHFGHGGGHBHGGGGFGCFHHGFGHHGDHGEHGIGEGFGEHGHIIGGIDCGHIGGEHEFHGGFGCGHFFHFHD4>>CCE:
+@20GAVAAXX100126:1:7:1484:95625
+AAAACAGTGTGGTACTGGCATAAGGATAGAGATATAGGTCAATGGAATCTACTAAGAGTACAGAAATAAACCAATACACCTATGGTCAGTTGAATTTTAAC
++
+DFFBDGFFFFFFFGEHFFFHFGHFGHGGGHBHGGGGFGCFHHGFGHHGDHGEHGIGEGFGEHGHIIGGIDCGHIGGEHEFHGGFGCGHFFHFHD4>>CCE:
+@20FUKAAXX100202:5:62:8987:1929
+TAAAATTCAACTGACCATAGGTGTATTGGTTTATTTCTGTACTCTTAGTAGATTCCATTGACCTATATCTCTATCCTTATGCCAGTACCACACTGTTTTGT
++
+ADEECCDDFGDGFGDFGGFGGDGFGGFGGFGFGGFDCHGFGEHFHGGGGGGHGGFFHGGGHEGHGGGGFHFHGGGGHGGGGGGGGGGEGHEHEHEFFFFGF
+@20FUKAAXX100202:5:62:8987:1929
+TAAAATTCAACTGACCATAGGTGTATTGGTTTATTTCTGTACTCTTAGTAGATTCCATTGACCTATATCTCTATCCTTATGCCAGTACCACACTGTTTTGT
++
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+@20GAVAAXX100126:1:28:4295:139802
+TAAAATTCAACTGACCATAGGTGTATTGGTTTATTTCTGTACTCTTAGTAGATTCCATTGACCTATATCTCTATCCTTATGCCAGTACCACACTGTTTTGT
++
+DEF1HFGFGHEHFHEFHFGFGEFFGGHFGFHGGGGEDHFFGEHFHHGGFGGHGHGGEGHFFEGHGGGGGHGHGGFGHHGGFGFHGCGEFHEHEHFGGGGFF
+@20GAVAAXX100126:1:28:4295:139802
+TAAAATTCAACTGACCATAGGTGTATTGGTTTATTTCTGTACTCTTAGTAGATTCCATTGACCTATATCTCTATCCTTATGCCAGTACCACACTGTTTTGT
++
+DEF1HFGFGHEHFHEFHFGFGEFFGGHFGFHGGGGEDHFFGEHFHHGGFGGHGHGGEGHFFEGHGGGGGHGHGGFGHHGGFGFHGCGEFHEHEHFGGGGFF
+@20FUKAAXX100202:6:46:14765:137890
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++
+DCEGGGDGFFFFFGFFEHGGFGGFHGGGGGGGGGGGGGGGFFGHGGGGHGFHGEHGHGHGGGEHGHIHGGHFCGHIGGEHEGHGGGHGGHGGGGHHGGGGG
+@20FUKAAXX100202:6:46:14765:137890
+ACAAAACAGTGTGGTACTGGCATAAGGATAGAGATATAGGTCAATGGAATCTACTAAGAGTACAGAAATAAACCAATACACCTATGGTCAGTTGAATTTTA
++