added tests

test/input/TestReferenceSelection/lasv/F1.cleaned.trinity.fasta

@@ -0,0 +1,184 @@
+>comp2_c0_seq1 len=467 path=[0:0-466]
+GGCTGGGCACTTTGATTCAGGGATCCTAGGCAATTTAGCTGGACTTCAGTGGTAAAGTCC
+ATCCTAGTGAATCCCTGAATCAAAGTGCCCAGCCAAAATGGGCAACAAACAGGCCAAATC
+GACAAAGGTCGATGAACATCAAAGAGCTCATCTAGTGCCAGATGCATCTCATCTAGGCCC
+CCAGTTCTGTAAGAGTTGCTGGTTTGAGAACAGAGGGCTGGTGGAGTGCAACAACCACTA
+TCTGTGTCTCAACTGTCTCAGCCTGCTTCTCAGCGTCAGCAGCAGGTGCCCGATCTGCAA
+AATGCCTCTTCCCACCAGGCTAAAGGCAGCAACACAGCCGAGCGCACCCTCAACCGAGGC
+GACCCAGAACACAACACCTCCACCATACACCCCGTGATCCCAAGAACAACACTCCCATCT
+CCATCACCCACCCCCCACCCCCGGGGGGTCCCCCCGGGGGTGGGGGG
+>comp0_c0_seq1 len=3440 path=[0:0-3439]
+CTCAGTAAGTCAGTGAAATGCGCACAGTGGATCCTAGGCTATTGGATTGCGCATTTCACT
+GACTTACTGAGTGATACTTTCAACCAGTGAGTCCCTGAGTGTATAGATCAGGATGAGTGC
+TTCCAAAGAAGTAAAGTCATTCCTTTGGACACAGTCATTGAGGAGGGAGCTCTCAGGTTA
+CTGCTCCAGTATAAAGCTTCAAGTTGTTAAGGATGCTCAGGCTCTCCTTCATGGTCTTGA
+TTTTTCTGAAGTCAGCAATGTTCAGCGCTTGATGCGCAAACAAAAAAGGGACGACAGTGA
+TCTGAAACGTCTCAGAGATCTGAACCAGGCTGTTAACAATCTTGTAGAACTCAAATCAAC
+ACAACAAAAGAGTATTCTAAGAGTTGGGACCTTGACCTCAGATGATCTGCTGACATTGGC
+AGCTGACTTAGAGAAACTTAAGTCGAAGGTCATCAGAACAGAAAGGCCACTAAGCTCAGG
+TGTTTACATGGGAAATTTGAGTACACAGCAACTTGAGCAAAGAAGAGCATTGCTGAACAT
+GATAGGCATGGTTGGTGGGGCTCAGGGCACCCAACCTGGAAGAGACGGAGTTGTTAGGGT
+GTGGGATGTCAAGAATCCGGATCTTTTGAACAACCAATTCGGCACCATGCCTAGTCTGAC
+ATTGGCATGTCTCACCAAACAAGGTCAAGTTGATTTAAATGATGCCGTCTTGGCACTAAC
+AGACCTGGGCCTAATATACACAGCTAAGTACCCAAACAGCTCCGACCTGGACAGACTTTC
+TCAAAGCCATCCTATACTGAATATGGTGGACACTAAGAAGAGCTCCTTGAATATTTCTGG
+TTACAACTTCAGTTTAGGAGCTGCAGTGAAAGCTGGAGCCTGTATGCTTGATGGGGGGAA
+CATGCTGGAGACCATCAAGGTTACACCTCAAACAATGGATGGCATCTTGAAATCTATCTT
+AAAGGTAAAGAGATCTTTGGGAATGTTTGTTTCAGATGCACCTGGTGAGAGGAACCCTTA
+TGAGAACATACTTTACAAAATCTGTCTTTCTGGAGACGGTTGGCCCTACATAGCTTCAAG
+AACTTCCATTGTGGGTAGAGCTTGGGAGAACACCACTGTGGATCTCGAGTCAGATGGAAA
+ACCACAAAAGATGGGTACTGCTGGGTCCAACAAGTCTTTACAGTCAGCGGGGTTTCCAAC
+AGGGTTAACCTACTCTCAGTTGATGACACTTAAAGACTCAATGATGCAACTTGACCCAAG
+TGCTAAAACTTGGATAGACATTGAAGGTCGTCCAGAAGACCCTGTGGAAATAGCTCTTTA
+CCAACCTATGTCGGGTTGTTACATACACTTCTTCAGAGAACCAACAGACTTGAAACAGTT
+CAAGCAAGATGCCAAATATTCTCATGGGATTGATGTGGCAGATCTTTTCCCTGCTCAACC
+TGGCTTGACCAGTGCAGTCATTGAAGCCCTTCCTCGCAATATGGTACTGACCTGTCAGGG
+TTCAGACGATATCAAGAAACTCTTAGATTCGCAAGGAAGAAGGGACATAAAGCTTATTGA
+CATTGCACTGAGCAAGGCTGACTCTAGGAGGTTTGAGAATGCTGTTTGGGATCAATGCAA
+GGATCTATGCCATATGCATACTGGGGTGGTTGTTGAGAAGAAGAAAAGAGGAGGCAAAGA
+AGAAATCACCCCACACTGTGCTCTAATGGATTGCATAATGTATGATGCAGCTGTGTCAGG
+AGGACTCAATATTCCAGTTTTGAGAGCAGTTCTCCCCAGAGACATGGTGTTTAGAACATC
+AAGCCCCAAGGTCGTCCTGTAAATGGACGCCCCCGTGACCCACCGCCTTTCGGCGGTGGG
+TCACGGGGGCCCATGGGTGGGTCTGTCTCCTATCTTTTCCACTTGACTGGTACACCAGGA
+TGTTTGTAGAGACCACATGAGCATATGCCCATGTGGTTGAGTCTGTGTGGCTTGGGGCAG
+GGTTTCCCTATGACATGTCTATGGGTTGGGATTTTAACCAGGTGGAGGAAGATGCTAATA
+AGGTAGAAGCTAGTGCTGAAGACAAAAAGATCCACCAACCCTAAGGGTGTTTTCCCTTGC
+CTGTCAATGTACTCTTTCTGTAACAATTCTGTTATCATGTTGTCTGCTTGTTGCTCAATG
+TCATCAGAAAAATGTGTTTCATTCAGGTAGGAACCATTTGATACAAGCCAGCATCTTGGC
+AACGATGTCTTCCCTGTTACAGTGTGGTTTAAATACCAATACTTGCTGTAATTGCAGTAA
+GGAATTCCCATGATATCTCTTAAATGATTCTTCATAATGAGCTGGTCATTGATCAGTGCG
+TTCACTGCTTTGTTTATTAGTTGGATACTCATCTGTGCTTCTGTCTTTAGCCTCCTTATA
+GCCTGTTTGTTAAAGTCAAACAATCTTAACATGTCACAAAACTCTTCATCATGTTTCTCA
+TTGCACTTCGCGACTGCTGTGTTCCCAAAGCACTTTAATTCGGCCTCAATCAACATCCAT
+CTTGTTAAACAGTACCCACCCGGTGTTTCATTGCCCTCAGAGTCAGAGAGAGTCCAAGTA
+AAGGTTCCAAGGAGCCTTCGGCTGATGTAAATGTCCCTGGTTCTTTGTGACAGTAGCCCC
+AGATAACCGATAGGGGACGGGCGAGAAAACTGGCAGTGATCTTCCCAACTGGTGTTTTGG
+ATTATCAAATATTGGTAGGACGTCATTATACAATCCCAACTCCCCTTTCCAGAATCAAGT
+GCTATGTAACTGCCACCCCAGGCCATCCTCATAAAAGTTTGAAGGACTCCATTGGCAATG
+GTCCCACAATGGTTAGCTGCATCCACAGCATAAGCATGGCTGAGGTTGTACTGAACACTT
+ATCTTTCCTCCATTGAAGTCACAACTCATTGCTTCATACTGATTAAAGTTAGGGATAGAT
+AGGTGGAAGGTTGAGATGATGCTCATTAAAGCATGGTCATAGAGATTCTTTTTATGTGCA
+TCAGAAAGGTTGCAGAATTTGTGGTTAATGATACTTGTGTTTGTTAAAGTCAGCTCCAAG
+CCAGTCTCATTTCCAACCATGATGTAGTGGTGGCTGTTGTTCTTCGTGCAGGATAAGGGC
+ATTGTCATATTAAGGCTTCCCATATCCAGCTCCAGAGTTTGAAGCTCATAAACACCCTTG
+TAAGTTGTTGAGCATGACCTTCCACATAAGAGAAGAAAAGACACCAACCCAAAGAGACCA
+CAGGTAGCAACATTGTAAATCCCTTTTAGTATTGCTAGAAGGCTGAGAGCAATTAAGACA
+ATGTTCATCACCTCCTCAATGACATGAGGCACTTCCTGGAAAAATGTTATGATTTGCCCC
+ATGGCTTAATGAAACCCACTCACAAAAGGATCTCTAAAAGCGCAATCCTAAATGCCTAGG
+ATTGCGCTTTTAGAGATCCT
+>comp1_c0_seq1 len=6841 path=[0:0-1223 1219:1224-6840]
+TTGGGCTGCCTGCCCCCCGGGGGGACCCCCCGCCGGGGGCCCCCCCGGGGGGCAGGCAGC
+CCAACTCTACTCAATGTCCTCAACACACCTCTCTGGCCCAAACAACTCTGAACATGTTCT
+TCCCTTCAGTCTCAGGCTGCCCCCACTTGACTGAATCATAACTTTTTGCTTTGATTTACT
+ATAGCAAAGGGCATAGCCTTTGAAATCAATCCATTCTCCAAGAGATTCAAGAAGTTCACT
+CAGTATATCAGCATAATCCAAAGGTCTCTGTTTTGTTAAGATTGAGACAATGTCCACACC
+CGTCCATTGAATTCTTTGCTTCAGTCTATCAGACATCATTGATTTCAATGCACCAACTAA
+AAGATGTGGGGAACCATCACCAATCTCCCTTACAAACATCTCTAAATCTTGATCTTGAAT
+AGATGGTGAAAATGTGGCTACCCTCCTATCAGATTCCCACAGTGCTCCCCTACATACAAC
+CAATGGCACTGGTTCGTTGTCAGGACCGACCTTGGTGAAGTCAAACTCACTGAACTGCAA
+TTTATCTGGATTGATAATCAGCTTCATGGGTATAACATCCCCTAATTGCTGTGTATCCTT
+TAAGAACTCATTTACTACATCTGATTCAACAAACCAGGCTGACCTACCTTTGAAAGTTGG
+ACCCGACAAAGCAAGTCTCCAACAATCAGACAGAACACATGGGCTCACAGACCCAGAATA
+TAGTGCCTGTACATCATTCACTACAAATTCACCACATTGATTAACAAGCCCTATCATGTT
+GAGATGGATAGAAAAAGTCTCTTTAAAGCTAGCATCCTGACTCTTGATTTTATACCTAAT
+TGTCTGGTAAAACTGAACAGAGTCCATTGGCATTGTACTTAACAAATCAAAGAAATCTTC
+AAGGGAGTCTAACCTCAATTCCTCTGTCAGGCCTGAGGCAATAAGTTGGTTCAAATTTAT
+CTGGGCTGGCTCTATGTCAAAGTCTATCCATGCATAGCCCATCATCAAATCAAACTTAAA
+CATAGGTCTCTCTATCCCTTTGTAGATAGCCTTCTCAATGAATGAGGAGAAGGGACCTAG
+TCGCTGCAGACCTTCACCCTCTGGTATTGAGGTTTTATGAGGGAACCAAGTGAAAGACCC
+AAGTGTCCTTGTTGTTGCTACAAAAGAACGGACATATGATTCAAAGTAGATTTGTCTCAT
+GAAGTTGTCCACTGCATCAGTAGTACTAACCACCCTTTCTTCCATCATGGGCTCATGTGT
+GCGAGAGTGTGAGTTTCTCAGTTCAGAAGCCAATACAACATAATGTTCCTCCCTCTTCCA
+CTTGACAATGTGTGAAACAAGTGAGAGTGCCTCGCAATTCACATCTAGGGCAACACAAAG
+ATCAAGGAACTTTATTCTAGGTGACCATTTCATCTTTGTAGAAGCTAAATCACTCATAAA
+TGGCAGTATGTGCTTCTCGAATAGAGACGGATACAAACGTCTCAAAGAATGAATGATGTG
+GCTCATGCCAACCCTGTCCTCTAGCAATTTCGAAACAGTGGGTCTTAAGGGGAAGTAATC
+ACAGGGATTATGTTTAAAAAAGTCCAAGATCTGAGCTTGTTTTGGTTCCCCGAGTACCCA
+TGCCCCAAGTTCTATAGCTGTAGATAGTGTTATGCACATATAATCCCATAGAAGAGGTCT
+TAAATAAGTGACAACAGTATCACCTCCATCTTTGACTTCTGGTGAGACTTTCCATATTTG
+GATTCCATTGTCCCCCATCACTACTTCAACACCTTGAGTCCCTAGCAGCTGAGTTTGTAT
+GGATCTAATGTAAAGATTCTCCTTGTTAGGCCCTCTGACGCACTTGCTACCTAGTGTTCT
+GCACAACCCTACAAACCCAGATGCTATAGAACTTTGGAAAGCCGATTTATTTATTGCTTC
+AGACAGCAGCTTCTGAGCTCCTCTAGTGAATGTCGATGACAACCTATTTTGCAAGGTCTT
+TACTATTGTAGGGACCTTTTCATCTTCCAGATTCACAGCACCAGAATAAATTATCTTCTG
+CCGCAACACCATTCTAAGCGGGTGATGGGTGGCTAAGTTTAACCAATGATACCCCAAATC
+AGAATCAGACAAAGGTTCAATGCCTAAAAGTTTAAACAAATTCTGTAATGATGTTGTGTG
+TTCACCTGATAGGTAGTTGGTAGTGAATTCCTCATGAAGCTCACCAGTTTTTAATTTATT
+AAACAATATCCTAAGCATTGACCTCATCTTTTTGCATGCATCAGGGATTAGCCTCTCAAT
+TTGCCTCATTATCCTATAGCTACGATTCCCGTCCACCCAATCCCTTACATCAGTCTCGCA
+ATTCAAAAGGAATGGATCAATAGGATACTTGGCATAACATAACAGACTTAAAGTCCTCTT
+CTGAATTTGATTACACAGATCAACTGGGACACCATTGGCCACAGATTGATCAATTATAGT
+ATCAATTGTTTCTGCCAATTGATGGGGTTCTTTGCACTTTATGTTATGTAAAGCCGCAGC
+AACAAATTTTGTTAGCAGAGGTACCTCGTCACCCCAAACATAGAACCTTGATTTGAACTC
+TGCAACAAATCTGCCAATTGCACTCTTTGGACTCACAAATTTATTTAGCTGATCACTCAT
+GTAGTAGTGGAATTCCAGCAATGTTTTGAATTCCTCTGCATCTCTTGAGAGTAACTCTGT
+TAGGTTCTGATCAAACAATGATATCTGATCGTCACTGGACGTGTAAGCATCGATCTGTCC
+TCCAGACACACACCTCACCGCAAAATTTATAAATCTTTCAGAAATCAATGCATAAAAGTC
+TGAAGTGTTGTGCAGGATACCCTGCCCCATATCAAGGATTGAACTAATGTGCGAGGGGAC
+TGTGCCAATTTGAAAGTTGGAATTGAAAAAGTCTTCAGTCACTGATTGAGTTGTCTTTTT
+CTTCAATCCAAGTTGGGATTTGATGTATGATTTCATCATTGCTGATACAACATTAAATGG
+GATCTCAACCATTTTGTGCATATGCCACGTTAATAATGTTGATAGGTAATCTTTGCCTTT
+TAAATCAGCTTGTAAATCATCAGAAAGTAAGATTAGGTTTTGAATTATTGTCAGAAACAA
+GAAAGGACACATCATAGGGCCCCACTTACTGTGATCCATACTATATGATACATGTGCCGA
+TGAGACATTCAGCTTCATTGACAAAATGGCATTATCAAACTCCTTCTCATTGTTTAGACA
+GCTGCCCGCTAACTGTGATGTGAGCGCTTCAAAGTAATCTTCAATAAGCCTTGTGAACAT
+CTTTGTCCTCAAATCTCCGATGTATAACTCTCTATTACCTCCCACTTGTTCCTTGTAAGA
+CAAAGAAAATTTTAGTCTGCCAGTGTCAGGGCCAGTTGAATTATAGGATTGAGGTGATTC
+CTGACTGTAAAAACACAGGTTTTTTAACATTGCTGTAGTACAGTTAGTTAGGGATAAGGC
+CTTGCTAAGTGCTTCAGAGTTACTCTCACGTTCACTTATTCTGACATCCTCAGCTAATCT
+TCCTGTGTCAAATTTAAAGTTCAGGCACTTACTCTTATAATGAGAGTATCTTCCCATTAG
+CTTGTTCCCATTCATCACTAATAAGATTGACTTAAAGCACTGGAAATATTCCTGGTCCAA
+AAAAGTTCTAGTCACTACTGCCTTTGTCAACTCACTAATAGGACATGAGTTCATTGGCCC
+TACATAGAAATATTTACTTCTCAAATCAGCATCATTGTAGATATTCTCACAAATTTTGAT
+GTATTGATCCTCAGACAGGATCTCTCGATCAAAATCTTCTATCATATGGTTTGAAAGTTC
+ACTTTTTATCAACCGTATTAAAAGTTTTTCTTCCACCACCTTGTCAAGATCAGATATTGA
+GGGTGCATTGCAGTCTGCCTGCTGCTGTCTTTCTGGTTGCTCCCTATACTGACTGACAAT
+ATTGTCAACAGTGCACCTCAGTTGGTCGAAGTATTCTGATGCTCCTCCATCCAGTAGTAT
+CTCATCTAGATCAGCATTGTTGGTGTCACCACTCCCTCCTTTGGACCCCAGAACAAGATT
+ACTCATTGCTTGCTGTATCTTGTAATCATAATCCTGTTTATTAAGCAAGAATTTGCCCTT
+ACGTGCAAACACCTCAGTCAACTGTGTGACAGCTAAAGCTGTAAGTTTATTGAAGTCGTA
+ATCCAGAATGCGAGACCCATCTGTATATTTATTCACAACAACACTCTTATTGCTGGCTAA
+ATCCAAAGCTGTTGCACAGCCACTTGTGATAAGAGGGTCTCGCAGTGTCCTCTTTACTTC
+CTTTTCTTTAAATAATGAACCATTATTGAAACTAGATACAAGGAGTGAGATAAATTTTTT
+GGAAACACCAGGCTTTTTATACCTAATTTTTTCTGCATCTGCACAACATTCTTTACTTAA
+AAACCTTCTTGCATTATGAACCATTTCAGCAAGTTCCTCCTCCGATGCATCATCCTTTGG
+GTTCACACTCACATGTCCAAATTCTAATTTGGGTTCAAGGAATTTTTCAAAACATTTGAT
+CTGATCGGTCAGTCTGTCAGGTGTTTCTTTTGTAATGAAGTGGCACATATAAGAGACATT
+TAAAACAAACTTGAACCTATTGGTCATCATACTGACAACTTCTTCAGACAGAATTATTTT
+TAATAAGTGACGAACAAGTCTGTAGAGCAGATATTCAACTTCTGTGATCAGATCCTCCCT
+AATTTTCTCAATCAAATCCTTATGATAAAAATCGGATACAAAGGCCATCACAAAATACCT
+AATGTTTTGTAAAAATTTTTGACACCTTTTACTAGGATGTGTCAATATCAAGACTAAAAT
+CATTTTGGTTAACAATTTAATAGTGATCAATTGTTCGGACAACTCTGTGCATTCTTCTAT
+CCAGCTGACCATAACATCGACTACTTTCTGTAACACATCGCTAGAGAAAACTGAAGGAAA
+AAACCGTTTAGGATCAGCATAAAAGGAACAAACCTCTCCAGTTATATTGTTGTTAATAGC
+ATAGCACTTTGAGCATTCACCTGTCTTTTGATATAATAGTTTGAATCCCATCCTATTGAT
+GAAGAACTCTTGGCAATAGGCTTCTTTGCACCTCACAACCTGATATCTAGAGGGTCCAAA
+TTCATTTTGCCTTAGTTTCACTGTGGAAGACGTCTTCATTGAGTTGATCAAAGCCAAGCT
+TAATGATGATAGTCTTTCTAAGTCTGTTGCATCTAGAATGTCAATAACGCCAAGAGTGTA
+AGGGAACATGTCTTCCTGAGTTTTCTGGTAACTTATAGTGGGTGTGATACCGGTAATCTC
+AATGTCCATAATGGCATCATAAACATCACAATCAAGAATCTTAAAATCAATTCCATAAGA
+ATTAGTTTCTATGCCAACCTCCCTCAAAGCATTAGTGGCTCGAGTTAGTACTCTGTTGAT
+GATTGCAAGGAGCTCACAATTCCGTTCTTCTTTGGGTGATAGGACACCTACATTTCTGTC
+CCTAGTTCTCTTCCTACTGTCTATCCACCGTTTTAAATCTCTTTTTGTTGACTCCAATGA
+AACTAATCTATCGTTAACACTCACAAAACAGGAGCCCAGCCAACCAGCAAGGAGCCCGTC
+ACCATGCTTTATGCGGTCCAACCGGCTAGCAAGAAGAATGAGAACATCGAAAATAAGGAG
+AAGTTTCCTCCTGGTGTTAAGGATCCTTAGAGACTTTATCTTATTCAGAAAAGATCTCCA
+ACATTGCATCTGTTCACTTTGAGAGTCAGCAGCCCTTTCTTCACCAGAATCTAAGTCTGC
+ATACAAGAACTTAAGAACTGGAGAGGCTCTTCGGAACTGGAATGTTAATTGTTCAATGCT
+GTCATCACAGGTGTCTATTTTATCACTATATAGCTTCTTGAAATCCTCTAATAACCTCAC
+CTTGTCAGTCCTAACAAATTGATTTTCTATGTCCCCTTGCCTTAGCTTGTTCCTGAAGAT
+TTGATACTCCTCCTCAATTAAACTCTTGACTTCATGAGAGGTGAGCTTGTTGTTAATGCC
+CTGATGACAACTAGAAATTATTTCCTCAAAGTGTTTTGCACGCTTATCAGTTAGAACATT
+GATGCTTTCGATTCCTGAGAGCCTACCAGACGTTAAGGCTAAAGACTCACAAAGTCTTGA
+ATACTCAGACTCTTCAAACAATGCATTACTTTCTTGTGAATATTTTAACAGGGTGAATAA
+GGTGTCCCTAAGTTTGTCATTTACCCAATCAGGTATTTGTTCATTGTAAAATGTTGTCCT
+GCCGTCTATGAGAGGGATGAGATTGATGCCAACAGACTCCAAATCATTCTTTAATTGTTC
+TAGTTTTTTGTGATCTTCTAAATACTTCTGTTCAAAATTGGCGGGGGATGATCTAACAAA
+GCACTCAAGTAAGATTAGAACATTACCAGTGAGTTTGTAGCCGTCAGGCACCACAAAGCA
+TAAAGCTGGAGTGAGAATCCCATGATCACTCAGAATGGATTCAACCGTTTTGTCTTCAGT
+GTTATGTTCACACCCATTAGCCTTGCAAGAGTCAATCTCAATACAGAGAGACAATAGCTT
+CAATCCCTCCATGAGTAACATTCTAGGTTCAGTTTGGACTAGAAAAGCTAACTTCTGTCT
+TGATAACTTTTCATTATCTGCAAGGTATTTTGAGATAAGATCTTTAGCATTGGCAATGTC
+TTCCTCCATCGCCGATTGTGGCACCTGTGTTGGGTTTGGGCTTGTGCTTGTGTGGCTTGC
+AGGTCAGCTGATGGTGCCCCACAAAAAACTCCCACAAAAATGAGAGACAATATGCCTAGG
+A