Throws StringIOOBException with certain insertions

[buske]

Here's the error generated by variant chr6:g.34725662,-->NTT:

java.lang.StringIndexOutOfBoundsException: String index out of range: 2
        at java.lang.String.substring(String.java:1955)
        at jannovar.annotation.InsertionAnnotation.getAnnotation(InsertionAnnotation.java:294)
        at jannovar.reference.Chromosome.annotateExonicVariants(Chromosome.java:755)
        at jannovar.reference.Chromosome.getPlusStrandAnnotation(Chromosome.java:440)
        at jannovar.reference.Chromosome.getAnnotationList(Chromosome.java:170)
        at [... from Exomiser]

[martenj]

Hi,
This error should be fixed by now.
Therefore I added 'X' for unknown amino acids, caused by the insertion of 'N's

[buske]

Getting this error from some larger substitutions from 1000 genomes. Two included below:

java.lang.StringIndexOutOfBoundsException: String index out of range: -1
    at java.lang.String.substring(String.java:1958)
    at jannovar.annotation.BlockSubstitution.getAnnotationBlockPlusStrand(BlockSubstitution.java:148)
    at jannovar.reference.Chromosome.annotateExonicVariants(Chromosome.java:784)
    at jannovar.reference.Chromosome.getMinusStrandAnnotation(Chromosome.java:583)
    at jannovar.reference.Chromosome.getAnnotationList(Chromosome.java:172)
    at jannovar.Jannovar.annotateVCFLine(Jannovar.java:360)
    at jannovar.Jannovar.outputAnnotatedVCF(Jannovar.java:466)
    at jannovar.Jannovar.annotateVCF(Jannovar.java:581)
    at jannovar.Jannovar.main(Jannovar.java:235)
[WARN] Annotation error on line: 12 10581590    esv2661703  GATAAGGGCCAGGCACAGTGATGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTATAGGCTTGAGCCACCAGAACTGGCCTATTTCTAGATTAAACATGGCAATACCATTATGGTCTTTACAGTTATTTAGAGGCAATAAAACTATTTTTCATTACATTTTAATGTCTATATGAAATAGAAAATTCATACATACTCATTACCAAATGCAGTACCTCAAATAGAAATCTGAGTATATCCCACCATGTATTAAAGAAATTCAGTTTAGACATAAACTTTCCTAGAAAAATAGTCTACAAACTCAGATGGCATTACTAGTGAATTATAACATTTAAAAATAAAGCAGTACTCTCAACAAATGCTTCTAGGTTATAGAAAAAGAGAAATTCTTCCCAAGATAGCCTTGATATCAAAACCTTTCAAGTATATAGCTATGAATAAAAACATGGTCAAATATCCTTGTGAACATGGATGAAGAAACAAATCTTACCCTACATAAAATATATATGCGCTAATTTTTTTTTATTCATCTTTTTTGAGACAGAGTCTCCCTCTGTCGCCAGGTTGGAGTACAGTGGTGCCCTCTCGGCTCACTGCAACCTCCGACCCCTGGTTTAAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCTCGAGTAGCTGGGACTATAGGTGCGCACCACCACGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGCACAGATAGGGTTTCAGCACGTTGGCCAGGATGGTCTCGATCTCTTGACTTCATGATCCACCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGACGTGGGCCACCACACCCGGCCAGCACTGATATTTTATGAGGGAAATATACAATGATCATCATGGATCTATTTCAGAAACAAAGGCTGGTTTAACATTTGAAAAAATAAAAGTTTATAAAATGTTATATAAACAAAACATATATCATTCCAACGGATACAAATTAATAAAAATGTTACAATTGATAAAATCTATTAGAAAATAGTATTATAAAACTGCTTCGATATGAGAAAGATAGGATGCAAAAAACACCAAGCTTTTTAAATATGTATAACATGTTGAAGTATTTTTTGCCAAAACCAGAAAATGATGCATATGATCCACAAAGAACTTTGATTGTGCCTTCTATTCAACTATGGGTATAAAACCCTAGCCAGTGAAAATAAATGAAAATAAAACTAAGTTATAGCACATGGATTAAAAAAAATAAAAGTGTGATCATTTGCAGATAAAATTGCTCGTTATATAGAACACCCAGAAATAAATCAATAGTTGACATAATAGATTTAAATATATAAAATCAGTGGAATAAGTAGATATAAAATCAAAATGCAGACATCAGTTGTATTTCTATTTATAACAACAAAAATTACTAAAGGGAATTTTAGAATCAGGATGCCATTTACAAAAGCATAAATGTAAAATACCTACATTTCTGTATGACTTCAATCCCCCAAAATACAAAATACAAGAGAGAGAAATTAAAGATAACACAGTACATTGAAGGAAACACTTTATACTGATTAGAAAAGTCAATATTATAAAGAAGCTAATCTTTAAAAATTACTTTAGAGAATAAATGCAGTCATAAACAATCCCATCAGAGGCTTTTTTTTTTCTGGATAGCTTTATTGAAGTGTCATGTACAAAGCATACATTTCATGCACTTAAAATGATTAAAAATCAATGATGTTTAGTATATTCGCAGAGTTACAACCATCACCACTACTGAAATTTAGAAAGTTTTCATCACGACACAAAGAAACGTTCTATCAATTAGTGGTCATCTCCTATTTCAACCTCCCTGAGACATTGGCAACCACTATTCTACTTTCTGTCTCCATGGGTTTGACTGTTCTTGGTACTTCCTATAAGCTGACTCACATAACATGCAACTTTTAGAAAGGCTGAAAACCACAAATACCATGTTGAGCAAAATGAGCCCGACACAAATGCTAGGATGTCTGTACTTTAGTAATTGTGTGCATCCTATTTCAATAATTGATTTAGAATTTTTGTATCAGAGCAAATAACATAATTCATTTTCAGATTTATGCAATCATAATATTTCTATTTTAAGAAATATAAAATGTATCTGATGCACTGCAAACGCAAATGCTTTACTTCTAAAGCTTATGCTTACAATGATATATCATTGAAGATCCACACTGGGCTGATTTAAGTCGATTTACTTGTAGCACTGCACAGTTAAGTTCAGCATTATCTGAGTCTTTTATCCTGTAATGGAGAAAAATCCATTTTCTGTTACATTTTAAGCAAATGATTCATGAGACGAAAGCATTTTCCATGTACTGTAAGAAAAGAATTTCATGGAAAAGGGTAATTAAATTTTTCATAATATTAGTAAGAGTCATTATTCTGAACACTCAACAGAGTAGTCCCTCTTCATCCACGAGGGATATGTTTCAAGACCCCAGTGGATGCCTGAAATGGCAGATAGTGCAGAACCTATAGAGAGATTATGTTTTCTCTACACATTCATAACTGTGATAAAGTTTAATTTATAAATTAGGCACAATAAGAGATTGACAACAATAACTAATAATAAAAAAATTATAGCAATATGCCAACAGCACTATTATTGTGCTTTGAGGATATTCTTAAGTAAAAAAGTAAGCGTGGCTTTTTAATAAAAACAAGCACTGCAGTTCCCTGATAGTCCAGCTCGAGGTTGTCCAACTCGCTGCCCATGGGCCGCACGTGACCCAGGACAGCTTTGAATGCGGCCCAACACAAATACGTAAACTTTCTTAAAACATTCTGTGATTTTTTTTTTTTTTTTAGCTCGTCAGCTATCGTTAGTGTTAGTGTATTCTATGTGTGGCCCAAGACTATTCGTCTTCTAACGTGGCCCACAGAAGCCAAAGATGGGACACCCCTGGTCCATCTGATAACCAAGAAGGTTACTAGCAGACCAATGAGCGGTTGAAATATATGGACTACTATGGTCTATTGTAAAATATTTATATCAACATTTCACTAACTTTCCACATCTTTCTTCATGTCAATGATTCCACATAAATTTATTCATATTATTCTTCTGAATTTATCCTTTATATATATTTTTTATATAGCGCCATACAAAAGAACTTACTTATGTTTGAAAGCCAAACCATTTATTGTCACCCATGGATGATGACTGCTGTTACGAAACACACCAATCCATGAGGAAGGTAAAATGCTGGCCAGAAATTTCTAAAAGAAAAGAAATAATTTTCACTTAAATAATAATTATGAAAACATTACAAAAACAATATATTAAAGTTGAAAACCACTATTTGCAGTGCCAAAAACTTTCATAAATGTTTGAATTTTTTATTTAAATGAACTCTTCAACGTTTATACTTAGTACTTTCATTCTTATTCTCATGTTAATAAAGACATTTTAATTCTTGCAATGTAATAGTTACTCCAATTAACAGAATAAACGCAGGAAGGGTTTTAATAAGTTTCCTGATACTGTGCATTCATTCCTCCAGATACTGTGACTAAATCAATCTATTTTTGTGCTATATTTCTCAGAGTTGGAGATTTAGAAGGGAATTGAGGGGTTGTCATTCAGAAATAGATGACATGGAAGCTACAGATTGGGTTTTCTGGGTACCACACCATTCTTTAACTAGATAAGCCCTCAATTTTTATCCGATTCGGTTTTTGCGGAATAACAGGGGTCCTGGCCAGGTGGTGTAGACTCGTCTCTCTCTGCTACTCCCGACTAAAAACAACTATAAACTCTGGGATTAATGAAAGACAAAAGCAATGGAGAACTCTGAAAGGTGGAAAGAGAAAGATGAAATTGTCTGGGACCCTAGCATCAGGGATCAACCAAGTGTCCGAGTGAGCATGTTAAGTCCTCCACACGACAGAAGAAGGTGACCTAGGCCTGCTGTTTCCCTACACCCAACCTGGCAATAGGAGGAGGGTATCGAAGGAGAGTCCCCTCCACAATACCAGGCAAGGCTGGTGCCACTGGCAAGGATGATCTACCAGGAGACCTGCTACCAATATGGAGCTAGAGAAAGTGCTTCCTTCTCATACCAAGAGACACCAGGATGGCTGTGGATGAGGAGGATCAGCAAAGGGACCCCATGACTAACAGTGCACCGTAAACCACCTAGGGTCCTCTTTGTCCCTGAGGGCATGAGACCCACTTCCCCATCCAGAGACAAGGACTCAATGGATTCTTACTGTTCTTTGTACATAGTACAGCAGTGAACAGTAACATACTACTGATAACTGCAATAATATGGAGGAATTGCACAAATATCAGATAGGATTGAAAAAGACATGAAATTCACACTGCTTGATTCCCTTTATATAAATAAATTCAAGAACAGGCAATCATTATTTATAATATTAAAAGTCAAGACTGCGTTTTGGAGAGGAGTCAGGATAAGTGATGAGGGCATACACAGGGGTGGAACTGCTAGAGCTGGAAACTTTTATTTCATGATCTGACTTGTATCACATGCATTCATTCACTTTGTGATCAATCTGCATGACCAGATGATATCATGCCCGATAAAATTAGATAGCAAAATTTATTGTGGATTCAAAGCACTTATAGAAGCATGGTTTTCCTTGAAAAACAAAAACTGAAAATAAATGTACATTAGCAGTATATAACTTTAAAAACATTATTAAGTCAATCAATTGAATATTACATACACTTGAAAATATATGAGATAAATATATGTACACACATATGGATGTTTTCTACAAATGTATTATTCACTGAAGGAAGCTTTTCATAAAATGTTTGAAACATTTACATCTTACCATTTCTTCTTCATTATCTATAGAAAGCAGACTGGAGTTCTTCGAAGTACAGGCCAGCAAACTCTCTTCCCAAGTTCTTCTTTCCTTACCAATGTAATAACAACTGTTGGAATATGTAATCCACTCCTCAGGACAATGGCCACAATGACGTGCTAATAAAGATATGAATTACTATCTAGACCAATATGAATTTTTAAAAATGAAAATTAGTTCACATATTTCAACAGTATAAACATATATGTGCTTAACATATTTACGCATCCTTACAGGCTTATAAATGTATATTTTTAATAACTGAGTCAGTCATACACACATGCACAGACAAGGGTTAGCCTCTCCTCCCTAATTGTGTTCCCATATAAAGCAAATGAACAAACAAAAATACACTCTACACATGTGTTGAACATCGCTGATACACAACTGCTTTTTTAGAATAGTAAAATTATTTATTTGGTATCATCTCACAGCAGTAGGAAACCTCTGTTAATTGGGAGAAAGAGGGTAGAATGATTTTAAGTGAGTATTTCTACTCACTGGAGAAAAGGAAATGCTGCCTCATAATCTTTCTTTATAAATATTTATGGCTGAATTTATGGCTTATTTTCTGCAAAAATGCCACTATTCTTTTACATGCCTTAAAACAGACACAAAATATAAATTGTACTAATATCAGAACATTGAAAATAAAAATGTACCTTTCTGCGTTCTTGTATTCGGGGAAAAATTGTTCTGCTCCAGGACTGTAATAGAAAAATTAAAATGATTTTTATAAAAACTGATATCTAGATAAACCATAACGAGTTTAGTTTCTTACTTTGAAACTTTGTGTGTTATTTAAAATGGGGAGAATCTTTAATAAAATTAACTTTTTCTATAAAAATATATAAAGTAATAGACCTTTGAAATAAACATTTTTAAAGACTTTAGCACAAACTTCACCATCTCTTGTAGTATTTGATGTAACCACTTTCAAAAATTAATTTGTTTTTCTAAATACTTTTCTTCTATAGCATGCCTTTGAATTATGAAATCAGAAAATATCTTTGTGTGTGTATGTATATACATATATATAGATTACACACAAAAAATAAACACATGTTCTCTACAATGATTTTGTTATTTATGTTGTGAAAAATTCAGAATAACCATATTACTTTTGGTTCCAAATTGTACTAATATCAGAACTTTGAAAATAAAAATGTACTTTTCTGGGTTCTTGTATTTGGGGAAGAATTGTTCTGCTCCAGGACTGTAACAGAAAAATTAAAATGATTTTTATAAAAAGTAATATTTAGATAAACCATAATGAGTTTAGTTTCTTACTTTGAAACTTTGTGTGTTATTTAAAATGGGGACAATCTTTAATAAAATTAACTTTTTCTATAAAAATAAATGAAGTAATAGATCTTTGAAAGAAACAGTAAAATAAGAGTTCTATTCTTCAACAGTATGAAATATTTTGAGGCACTTCCAAGCATTAAAGTAAAACGTTCCCTTCTAATCTTTCAAGAATATGCTTACAAGGAATAAGAACTATTGTTTTTAACACAGTGGCCATCAGGACAATGCAAATGATTCCTAGGACCTCGGCAGTGAGCTTCTCTGGAGGTGGCAGTAAACCTGCAGGGAGAGAAATAGAGGCACTGAGAGAGGGGAGATAGAGAGTTGATTAGGATTACATACTAGAGAATTACATACTAGAGAACCCACATGCACAGGGAAACATAATGATAAACTCTGGCCTCTAAATCTACATCTACTCTAGTAATCTTTCTCTCAGAATATACCATTTCATTTTCAGTAAATATAATGTTCCATGAGTGGACCGCAGATTACAGTTGAACAATGCCCGAATAAAATTAGTCTTCTGATTTCATATTAGAATTTTAGATCCCAATTATGAACTCCGATTCTCACAAGTGCAAAATATTCCCTAATCTTTCCTCACCCTTCTGCATTCAACTGCACATCCTAGAACAATAATATTGAAGATATATTTAATGTTTTACCTTGGCAGTCATATATTTTATCAATCCCTTGATGATTCAGGGAAGGATTTTGAAGATTTAATTCTACTTGGAATATTTCCTGTTCGGTTCCTGAAATGGAGCTTTTATTGCCTTTAGGTTTCCTTTGCTGCCGCTTTGGGTCCTGGGCCAGACTCACTTCTGAGAAGGTTCCTCTTTGTTTATTCATCTCTGCAGCTGTGTGATGTGAGGGACTGTGCTCTATGATAACTGCACTTAAGAAGCTATAAATGGTGTATATTTTGACAGGATCCCTGGTATAGGCAATGTGCATGTGTTGGGGCTGAGTAATAATGTTTACTTTGCTGTTAACCAATGTAAAATTCTGCTACTAATTTCCTAAAGCTTTAAACAAAAATCACACGATATAATTGGCAATTTTTTAGATGTATTCTGTATTTGACATAATATTACTAGTGGGAACAATAAAAACATTAAACTTATGAGAACTAGGAAGTTCATGAAAAATTGGTATTAAATTAAGGTTAGATTCTTCAAAAATGTTTAACACCAATAGACTGCATATGTCAACAATCAAAATACTGTATTTAGAAATACACAAATTTTATCATAGTTTTAAGAGTCATTGATGGTTAAGGATTGTGTGCCATAAGATAAAATAGTTCTGTCAGCATATAGAGTATCTTCTTATACTAAAATACATTGTTAGTGACTTACATTCATTTATTAAAAGGACCTGAGGTATTGTCAAATGATTTTTTTTCTAAATTAGGAAATCAGAAAAATCATTAAAATTTTAAAAATATATCTTGTAAAACATTACATTACTGTATGCATAAATATTATTGAAAACGTATTTTTAAATTGCTGCTTTTACACAAGAAATTGGTAATTGATTTAATGACTAAAATAGGAAAACTTAAAATGATAAATAAACGTGTGGGCCGTCTATGGAAGAATAGTGTCCAATCAAACTTTCAGAAAGCTCCTATGATTGTATAAGTCAGTGAGGGTTGCTTTGGTTGTATAAGTAATTGTAATAGTTCAGATAATGTAATTTAATAATCTAGTCAATGAGCTCTGTAGTCAGTGAGACTACAATTAATTCTAGCTTTGCAAGTTGTAATATGTGACCTGTACTAAATTACTTAGTGTCTACTAACCTAGTTTACTAATCTACATTGGGAAAAATAATTTATAAAGTATAATGTATGTAAAAAACTAAACACACAACCTGGCACATGTTACCACTGAATACATAATAGATATTTCAACTATTTTTAACACAATTGCCATTTTATTATTTCTGATTTGCATTAGAGTGTGTTAAAATAACTCATTAATTAGGCGTCTCATGTCAGTGTGGTACATCTTTTTTGCAATGTTTGGTTCAATTGTTTTAAGTCTTCCAATTGTTTATAATTAAGGTCAGATTTGCATTTTATGGAAATGATTTCATCCTTACTTTTATTAAAAATTAAAACTGCTTTCATGAAATCTAGGTGTGTGATTGAGAATTAATGTTTGACATTCACAATTTGATGTATCCATATTAAAAATTTATTTTTAAAGTTTGGTCTAAATATAATATACAAAATGTAATGGTTACAAAATCCAAAATTAATTGTTCATTGTCATGATGGTTATGGGTTTCACTCTAAATTACATGGATTGGCAAACCTATTATTATGTATGCATCTACTTGAGTGATTCTCCAGCGGCAATGATGTGAATACTCTAAGAAATCCTTAAACATAGTTTATATTTTGGCTCGTTTTTCACCTTGAATTATTCACGTGAATAAAGTTCTACCTTGATTTTCGTCTATATCAACTTTACCTCAGGTGCATCACAGCCAGTACTTACAATCTTCTACTAAATGAGATGAGCTAGTAGAGAAACAGGGAGAGGAGCAACACTTACCTACTGTCATCAGAAAGCCACACGCCCTTCAGTGGAGAGGTCAGGTTACCTCTGAAAGACACAAACGTTATCTGTGATCTTCACAGGCTGCCCTTTGAAGGGTCAGAGTGAGGCAAGAGTGGAAAAAGTAGATTCCTCACCAATGTGTCACTGCAGATTTGAACAGGAAATTCTCACCCTAGGGCTATTTTGAATCAGTTTGTCTCATCACACACTTTAGAATATAGGAGACTTTGGGTGGCTAGTGTGTCATTTAGTTTGTCCATTTTAAAGTGCCTCTTAGAAATTATTTTTATGGTCGACAAGATGAGGGGAGAGCAGAGATTTGATCCATGCTGGTGATTGTTTCCATCTCAGTCACAAACACCAAAGTTTTGTAACTTTTCAAAAGGATCTTAGGTGGTTGCTTTCTACATTTAGACAAGGTGGCTGAAACTTGACATTATATACTTCTTTATCATATACCCCTATAATATCACTGCTATCATAATAACAAAATTTAAATAATGATTTTATCAATAGGAATTTAATGTACTTGTCACTATTTTGAGAAAATGCTGCATTTTCAACTTAATTGTAACTGACATGCATTCTCAAACTTATCTTCTTGCTTTCTTTGCCTTAGTTCTTAAAATTCCCTCATTCAATTTTTCTTCTTTATATAAGTTAACCAGATTCCTCTGATTAAAATAAATGTCTCTTGAAAGAATAAAATATTAAACAATACTGAGCTATATCTCTATGCCAGAGACTGAAATAATAAAAAAAACTACCTACTATATTGTTCACCGGTTCCTTCTCTAATCATGACTTATTGTCTACATTTTAATAGAAATATTTGTTGTAAATGATTAAAGCCTAAGTTAAACTATGAAGGGAGGTTAAAGCAATTTTTAAAACATCACCTACTTAAAAATGGGGAGGCCAGAAAATGGAGATTTTTTTAAAACACAAGTAAAATGATACATGAATGTCCGGGCGTGGTAGCTCATGTCAGTAATCCCAGCACTCCAGGATCACTTGAGCTCAGGAGTTTGAGGTTAGCATGATACACAGGATGAAACCCCATCTCTTAAAAAAAAATATATATATATATATAAAAATTAGCCGAGGATGCTGGTGTTTGCTTGTAGTCCCATCTGCTCTGGAGGCTGAGGTGAGAGGATCGCTTGAGCCCATTGGGGTCAAGGCTGCAGTGAACTGTTAGTGTCACTGCACTGTAGCCTGGGCAACAGAGCCAGACCTTGTCTCAAAAACAAATAAACAAAAATTTTAAAAAAATAAATGGTATATGAACATCAGGGAAAAAACTATAAATTATCTAGTTGTATTAAATAAAAATCTTTTCATCATTTATTTTCTATCAAGAAAAGGGGGAATGTTTATGCATAATTCTATTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCCATCTCAGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGGGCTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCGTGTGCCACCAGGCCCAGCTAATTTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGAGGTTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCGTTATCCGTCTGCCTCGGCCTTCCAATGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGTGCCCGGCTATTCTCTAAAATCTAAAAAGTTGGAATTTAAACCCATATTTATTTCTTTGCAATGAGAATTATTATTTGCCCTTCCATCAGAATGGCTAATGGTGGCTAGGTATATATGTTTTTCTGTAAAATATATTGTAATATATTTTCACAAAATTAATTAATAATGTCATATGCATATATGCTTGTGTTCATATTGTATCTTTTTCTATTACAAGTATATTTATATTTACATTTTATTACATTTTCATAAACTAGGTTACTTTTTCTATTAGTCACGTTATGGAACTAAAACAATAAAATCATTCACTAAAGATGCCACATAATGTATCATTCACTGATGTTTTCTATTTAAGTTTGAAGTGCTGATGTCTACTATTGCTACAAACATCCACTTGGTGTTTTCCATTAGTGTTATACCGTTATTGTTTGCATAATGACAGGGATACCTCTGAGGAATATGTCTTTAGGCAATTTCATCCCTGTGTCAACATCAAAGAGTTTATTTACACAAACCTAGATGGTACAGCTACTACACTCCTGTGTTATATGGGATAGGCTATTGCTCCAAGGATACAAACCTGTACAATATGTTACTGTTGTGAATAATGCAAGCAGTGACCAGAATGGTAATTTTTGTTTATCTAATTATATATAAACCAAAAAACAGTAAAATATGGTTTAAAAAAAGGTTAAAAATGGCATCCTTTTATAGGGCACTTACTATGAATGAAGACTGCAGAAATGGAATTTTCCCTGGGTGAGTCAGTGAGTAAGTAGCAAGTGAAAGTCAAGGCCTAGGATATTACAGCACACTACTGTAGGATTTATACACTGTACACTAGGGTACACTATATTTATGCAGCACTTTTTTTCTTGAGCTAATAATAAATTAACTTTACTGCACCTTTGTTGGTTTCTAAATTTTTCATATTTTAAAAATCTTCTGCCTCTTTTTAAATACACTTTATTTAAAAACACAAATTGCACAGTCTTAACAACTATATTCTTTTTTATGAGCTTTTTTCTATATTTCATTTTAATTTTTTTCTTTTTAAACTTTTTTTAAAAACGAAGACACGAAAACATACATTAGCCTAAGCCTACGCAGTGTCAGCAAGATCAATCTCACTGTCATCCCCTCCACATCTTGTCCCACTGGAAGGTTCAGGCAATAACACACGTGCAGCTGTCCTCTCCTATGGTAACAGTGCCTTCTTCTGGAATTCCTCCTGAGGGACCTGCCCAAGGTTGTTTTTCAGGTAACTGTTTTTATAGAAGTAGAAGGAGTACACTCTAAAATAATAATTAAAAGTATACTACAGTAAATACATAAACCAATAACATTGTCATTTATTATCATTATCAAATATTATGTAGTGTATGTAATTGTTTGTGCTATACTTTTATTCCACTGGCAGCAAGGTAATTTACACCAGCATCACCACAGACATGTGAATAATACACTGTACTGAAACTATTGCTATGACGTCACTAAGTCATAGGAAATTTCCAGCTCCGTTATAATCTAGTGGGACCACTATCTACGTGCAGTCAGTCATTGACCAAAACATCATTTTGTGGCACGTGACTGTATATCATGTCCTTTGTTAATCGAAACAATACAGATTTCTACTGTTTGAGTATTTAACGTGAATGATGTTTATGCTTATATAAAGGCACAATATATAATTACACAAATATATAAAAACAAATATATATAAAAACAAAAATTACACACGATAACTGGAGCACTTAGAATTTACTCTATATGATATGTGTATATATATATGTTTATATGATGTAAATACACACACACACACAGAACTTACGATGATTAATATTAGGTGTCAGCCTGATTGGATTGAAGGATGCCTGGATAGCTGGTAAAGTGTTGTTTCTGGCTGTGTCTGTGACGGTGTTGCCAGAGGAGACTGACATTTGACTCAGTGGACTGGGCGAAGAAGACCCATCCTCGGTGTGGGTGGGCACCATCCAATGGCTGCCAGAGCGAGTAGAACAAAGCAGCTAGAAGAAGGTGGGGTAAGCTGGCTTGCTGTGTTCGGCTTTCATTTTTTTCCCGTGCTGGATGCTTCCTTCGTTCCTCCTGCCCTTGGACATCAGACTCCAGGTTCTTCAGCCTTTGGACTCTTGTACTTACACCAGTGGTTCTACAGGGGCTCCTAGGCCTTCGGCCACAGACTGAAGGCTGCACTTTTGGCTTCTCTGCTTCTGAGGCTTTTACTGAGCCACTACTGGCTTCTTTCTTCCCCCAGCTTGCAGATGGCCTATTGTGGGACTTTGCCTTGTGATCGTGTGAGCCAATTCTCCCTAATAAACTCCCTTTCATATATACACGTATCCTATTAGTTCTGTCCATCTGGAGAACCCTAACACCGAACCTACATATGAATTACTGTGACTATTGCAAATAATGGCAATATCTGGTTTCCTATGGGTTATGGCTAAGTTGGAAGTCAATAAGAAGTGAAAATATACTTTTAATGTAACATGAAATAAAATAATTTTCAAGCAGTTTAAGAAATTGGAGTGAATTAGTTATTACAAACTCTAAAGAAAATAAAATTCAAATTTCTTCAATAGATTAAGCACACCTTCCCAATGAAAACTTGGATATTCAAAAAGAAGACTTAAAGTAAAGGAATTATGTGGATATACCTAATTGGATATTGAATAGATAGTGTATTAATGACAAAGTTTCCAACATTGAAATAAATATTTGTATTAGAATTTGGGGAGCAGATACAGGCTAACTGGCAAATAAAATAGAGAGTAATCTTACTTTGTTTGTACTGCTATAATAAAATATCACAAACTAAGCAATCTATTAACCATACAGATATATTACTCACAGTTCAGACAACAGGGAGGTCCCAGATCAAAGTGCCAGCAGGTGTGTTGTAAATTGTATTAAATTAACAAGTTTCTATGTGGAAAGTAAACAATGAAAATATTTATTATGAAAACATAAGGGAACAACAGAGTTTAAACACTTGGTAATGTTCAATCAGAATGTAATAAAAATGAAGTTATAATTAATACCTGTGCTTACATATTTCCATATAAATAAAATACATAAGAATTATATTTTAGATATTGATAATTATATTAAGTATAGAGTAATTTGAATTTAAAAGCAAAGAATGTATATATTCAGTAATAACTGTTTGTTGTCTTTATTAGACATGCCTTTCATGTAAGCATAAAGAAAAATGAATATAAAAGTGGAGCCACCATATGATCCAGCAATCCCACTCCCAGGTATATACCCAAAAGCAAGAAAATCAGTTTATCTAAGGGATAGCTGTACTCCCATGTTTGTTGCAGCACTGTTCACAATAGCTAAGATCTGGAAGCTACCTAAGTGTCCATCAACAGATGAATGGACAAAGAAAATGTGGTATATATAAACAATGGAGCAATATTCAGCCATAAAAAAGGAATGAGACCCTGTCATTTGCTATAACATGAATGGAACCAGGGGTCATTATGTTAAATAAAATAAGCCAGTCGCAGGAAGACAATCATCACATGCTCTCACTTACCTGTGGGATTTAAAAATCACAACAATTGAACTCATGGAGAGAGACAGTAGAAGGATGGTTACCAGAGATTGAGAAGGATAGTGGAAGGGTAGTAGTAGGGAGGTGAAAATGGTTAATTAATGGGTACGAAAAAAAGATAGAAAGGATGAGTAAGACCTAGTGTTTGATAGCACAACAGGGTCACTACAGTCAATAATAATTTAATTGTACTTTTAAAAATAACTAAAGAGTATAACTGGATTGTTTGTAACAAAAGAATAAATCCTTAGGGAGATGGAAACACCATTTTTACATGATGTCATTATTATGCACTGCATGTCTCCCTCAAAACAGCTCACGGACCCCATGAACATATACACCTACTATGTACGCACTGAAATTAAAATTAAAATATTTAAACAAGGAAAGATGAGGATAAAATATTTAACAACATATACCATGCCTCACAAACTGGTAGAACACTATTACAGTTGTAATAGTGCCGTCTTAATATAAGGCAAGCCCTTTACTGGAATTGAGGAAGCATGCTTCATAATGTAAGATTAATTTTCCAAACCACTAGTAATATACATTTTTTATCATTGCATGTACCTAATGCTACAAGTTCAACATATAATTGAATAAAGTGAATAAGTAACAATCATAAATGGGATTTTAAACCCTTTTCTCTCAGTGCTTAACACATAAACAAGCCACAGAGCTGACAGAAAGATCTGAACTAGACACGTAGTTATCACTCATATGCACACACTCACACACGTAGAATACTCACATATTTAATTTCACATATTTTTCCCAAATACACTGTAATCTCATAATTCTAAGCATATTAGTAAAAAATATAGGACTATGATTTCAATGTAGTACCACTAGCCAAGCTTGGCCAGTGGATAGTTAAAAAATAGCTATTCTAATTCAACATTAATTAATACCAAATAAATAACATATAAAGCCAGTTTCTCAGCACACTAGCCACATCTTTGCATACAAAGATGAAGAATATTTCCAGCTTCATAGAAAATGTTCTAACTACAGTTTACCTACAATAGAAGTCAATAAAAAAATCTGACAACCTCAATGGTTTTAAATTCAGTAATATATATCCAAATAACATATGGGTGAAATAAATTATCAAAATGAATGGTCACAATTTTTATATGAATTATAAGGAAAATAGAATGAAAATCTCTCTTGTAAAAACTGATTGCCCTCAATGTACATATATTACAAAAGATGACCTAAAAATTAAATAACCATTGAATGCACTAAAATAAATTAAAAATAGAAAAGCTAAAACTAAATACAAGTGGTGTATAAGAAAATAATGAATAAACAGTAAAAAATCACGATAAAGAATAATGTTACAATAGAGAGAACAGCAAGGCCAAAGGTATTTTCATTGAAAATGCTTTTAAAACTTGATGAACGACTACTAAAAATATACACCTACTAACGTATCCACAAAAATAATAAATTTAACATTTTAAAAAATTGATAAG    GGTAAC  .   PASS    AC=398;AF=0.18;AFR_AF=0.20;AMR_AF=0.15;AN=2184;ASN_AF=0.19;AVGPOST=0.9956;CIEND=-10,25;CIPOS=-25,9;END=10597017;ERATE=0.0005;EUR_AF=0.18;HOMLEN=1;LDAF=0.1837;RSQ=0.9884;SVLEN=-15422;SVTYPE=DEL;THETA=0.0271;VT=SV;HOMSEQ=A    GT:DS:G1|0:1.000:-1.62,-0.01,-20.26

java.lang.StringIndexOutOfBoundsException: String index out of range: 10784
    at java.lang.String.substring(String.java:1955)
    at jannovar.annotation.DeletionAnnotation.shiftedFrameDeletion(DeletionAnnotation.java:322)
    at jannovar.annotation.DeletionAnnotation.getMultinucleotideDeletionAnnotation(DeletionAnnotation.java:293)
    at jannovar.reference.Chromosome.annotateExonicVariants(Chromosome.java:773)
    at jannovar.reference.Chromosome.getPlusStrandAnnotation(Chromosome.java:440)
    at jannovar.reference.Chromosome.getAnnotationList(Chromosome.java:170)
    at jannovar.Jannovar.annotateVCFLine(Jannovar.java:360)
    at jannovar.Jannovar.outputAnnotatedVCF(Jannovar.java:466)
    at jannovar.Jannovar.annotateVCF(Jannovar.java:581)
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