latexmkrc que funcionou no Linux e Windows, com uma tese gigantesca

.latexmkrc

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-add_cus_dep('glo', 'gls', 0, 'run_makeglossaries');
-add_cus_dep('acn', 'acr', 0, 'run_makeglossaries');
-add_cus_dep('idx', 'ind', 0, 'texindy');
-
-$makeindex = 'texindy %O -o %D %S';
+# esse arquivo configura o latexmk para usar todas as funcionalidades
+# que a classe da FEI disponibiliza
+# ele foi criado utilizando os exemplos disponíveis em:
+# https://www.ctan.org/tex-archive/support/latexmk/example_rcfiles
 
-sub run_makeglossaries {
-  if ( $silent ) {
-    system "makeglossaries -q '$_[0]'";
-  }
-  else {
-    system "makeglossaries '$_[0]'";
-  };
-}
+$pdflatex = 'pdflatex --shell-escape %O %S';
+push @generated_exts, 'slg', 'slo', 'sls';
+push @generated_exts, 'bbl', 'loa', 'ins', 'loe', 'mw', 'run.xml', 'xdy';
 
+# não usamos o makeindex, mas sim o texindy
+add_cus_dep('idx', 'ind', 0, 'texindy');
+$makeindex = 'texindy %O -o %D %S';
 sub texindy{
     system("texindy \"$_[0].idx\"");
 }
 
+# configuração do makeglossaries para os pacotes glossaries e glossaries-extra
 push @generated_exts, 'glo', 'gls', 'glg';
 push @generated_exts, 'acn', 'acr', 'alg';
-push @generated_exts, 'slg', 'slo', 'sls';
-push @generated_exts, 'bbl', 'loa', 'ins', 'loe', 'mw', 'run.xml', 'xdy';
+add_cus_dep('glo', 'gls', 0, 'makeglossaries');
+add_cus_dep('acn', 'acr', 0, 'makeglossaries');
+$clean_ext .= " acr acn alg glo gls glg";
+sub makeglossaries {
+  my ($base_name, $path) = fileparse( $_[0] );
+  pushd $path;
+  my $return = system "makeglossaries", $base_name;
+  popd;
+  return $return;
+}
+
+# configuração para o bib2gls
+push @generated_exts, 'glstex', 'glg';
+add_cus_dep('aux', 'glstex', 0, 'run_bib2gls');
+sub run_bib2gls {
+    if ( $silent ) {
+        my $ret = system "bib2gls --silent --group '$_[0]'";
+    } else {
+        my $ret = system "bib2gls --group '$_[0]'";
+    };
+
+    my ($base, $path) = fileparse( $_[0] );
+    if ($path && -e "$base.glstex") {
+        rename "$base.glstex", "$path$base.glstex";
+    }
+
+    # Analyze log file.
+    local *LOG;
+    $LOG = "$_[0].glg";
+    if (!$ret && -e $LOG) {
+        open LOG, "<$LOG";
+	while (<LOG>) {
+            if (/^Reading (.*\.bib)\s$/) {
+		rdb_ensure_file( $rule, $1 );
+	    }
+	}
+	close LOG;
+    }
+    return $ret;
+}