IsoBath

Construction d'isobath en fonction de contraintes diverses à partir d'un grid bathymétrique

TODO

• Découpage (cf. compétences) sur la zone US4MA13M

  • gdalwarp -of GTiff -tr 30.0 -30.0 -tap -cutline /tmp/processing_tUFKXm/d2141618117a4f748786662cf68c1f29/MASK.shp -cl MASK -crop_to_cutline /home/ecastro/isobath/data/navd_bath_30m /tmp/processing_tUFKXm/5b1965931e864ffdb686f28e1e27d838/OUTPUT.tif
  • https://pcjericks.github.io/py-gdalogr-cookbook/raster_layers.html#clip-a-geotiff-with-shapefile
  • https://www.youtube.com/watch?v=n33MswNARkE

• Apprendre à écrire des fichers Raster & Vector

• Parcourir les géométries des features DEPARE et filtrer en fonction de la valeur de Bathy.

Docs

GDAL/OGR

• https://pcjericks.github.io/py-gdalogr-cookbook/
• https://gdal.org/tutorials/index.html
• https://gdal.org/api/index.html#id3
• https://www.programcreek.com/python/index/8908/osgeo.ogr
• https://www.programcreek.com/python/index/6873/gdal

Général

• https://hub.packtpub.com/libraries-for-geospatial-analysis/
• https://shapely.readthedocs.io/en/latest/project.html
• https://fiona.readthedocs.io/en/latest/README.html
• https://rasterio.readthedocs.io/en/latest/
• https://stackoverflow.com/questions/4681737/how-to-calculate-the-area-of-a-polygon-on-the-earths-surface-using-python
• https://spacetelescope.github.io/spherical_geometry/spherical_geometry/user.html
• https://gist.github.com/sgillies/7e5cd548110a5b4d45ac1a1d93cb17a3
• https://www.dataquest.io/blog/jupyter-notebook-tips-tricks-shortcuts/

Compétences

• Découper des fichiers de grids et de vectoriels pour faire des tests du des petits volumes
• Lister les resources de données (pour ne pas les mettre dans Git)
• Tester les algos de GRASS, GDAL et SAGA

Données de test

Au large de Boston

• ENC : US4MA13M
  Dans le zip https://charts.noaa.gov/ENCs/MA_ENCs.zip
• Bathy : http://pubs.usgs.gov/of/2012/1157/GIS_catalog/SourceData/bathy/bathy_30m.zip

Zone couverte

• La zone couverte est accessible via M_COVR avec CATCOV = 1 (valider qu'il est unique)

Trait de côte

• Le trait de côte est interompu : il est intermittant. Soit il se superpose à la zone −2,9, ou à la zone 0. Donc en cas, d'interruption, il faut regarder la ligne qui est dessous, et continuer jusqu'à retrouver un autre segment du trait de côte.
• Une approche alternative est de prendre le trait 0 et de comparer avec la bathy.

Trucs

Import de données dans PostGIS

N'a pas semblé avantageux avec QGIS

raster2pgsql -I -C -M -F -t auto ~/win/Documents/local/Bathymap/bathy_30m/navd_bath_30m/w001001.adf | psql -U admin -d gis -h localhost

Création de données OGR

featureDefn = LAYER.GetLayerDefn()
featureDefn.AddFieldDefn(ogr.FieldDefn('NAME', ogr.OFTString))
featureDefn.AddFieldDefn(ogr.FieldDefn('TRUC', ogr.OFTString))

covr_f.SetFieldString(0,'Hello')
covr_f.SetFieldString(1,'World')

LAYER.CreateFeature(covr_f)

DATASOURCE.Destroy()

Reprojection fichier

%time x=gdal.VectorTranslate('toto.gpkg', 'data/ENC_ROOT/US4MA13M/US4MA13M.000', options = gdal.VectorTranslateOptions(layers='DEPARE', dstSRS='EPSG:32619'))
del x

Poste de dev

• Ubuntu 20.04 (focal)

• QGIS 3.12 Bucaresti

  • Installé depuis https://qgis.org/ubuntu

  • sudo add-apt-repository https://qgis.org/ubuntu
    sudo apt install qgis qgis-plugin-grass

• SAGA 7.3.0

  • Installation à partir des paquets Debian/Ubuntu

• SAGA 7.6.3 (utilité voir)

  • Installé à partir des sources

  • sudo apt-get install libwxgtk3.0-gtk3-dev libtiff5-dev libgdal-dev libproj-dev libexpat-dev wx-common libogdi-dev unixodbc-dev 
    sudo apt-get install g++ make automake libtool git
    autoreconf -fi
    ./configure # --enable-python et autres fonctionnalités
    make

  • Algo utiles : http://www.saga-gis.org/saga_tool_doc/7.6.3/index.html

  • Visualiseur inefficace sous VirtualBox

  • Pour l'utiliser depuis QGIS, il semble suffir de mettre saga_gui dans le PATH.

  • Mais il semble plus simple d'invoquer saga_cmd.

• Wine, pour faire tourner quelques trucs Windows

  • sudo add-apt-repository 'deb https://dl.winehq.org/wine-builds/ubuntu/ focal main'
    wget -O - https://dl.winehq.org/wine-builds/winehq.key | sudo apt-key  add -
    sudo apt install --install-recommends winehq-stable
    

• Pour faire marche raster2psql

  • Installation de Postgis complet et désactivation du service

  • sudo apt install postgis
    sudo systemctl stop postgresql
    sudo systemctl disable postgresql
    

Docker

PostGIS

C.f. le docker-compose.yml du répertoire docker