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[ADAM-1585] Support additional Illumina FASTQ metadata.
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Resolves bigdatagenomics#1585, bigdatagenomics#1589. Adds regex to cover new metadata that Illumina added into
FASTQ name line. Also, adds a regex to the InterleavedFastqInputFormat that
checks for a wider range of supported first-of-read ending suffices.
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@fnothaft
fnothaft committed Jul 11, 2017
1 parent 97a8498 commit 61202b2
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Showing 12 changed files with 111 additions and 33 deletions.
22 changes: 18 additions & 4 deletions adam-core/src/main/java/org/bdgenomics/adam/io/InterleavedFastqInputFormat.java
View file
Expand Up @@ -19,6 +19,8 @@

import java.io.EOFException;
import java.io.IOException;
import java.util.regex.Matcher;
import java.util.regex.Pattern;
import org.apache.hadoop.fs.Path;
import org.apache.hadoop.conf.Configuration;
import org.apache.hadoop.io.Text;
Expand Down Expand Up @@ -71,6 +73,9 @@ public final class InterleavedFastqInputFormat extends FileInputFormat<Void, Tex
*/
private static class InterleavedFastqRecordReader extends FastqRecordReader {

private final String firstReadSuffix = ".+([/ +_]1| 1:[YN]:[02468]+:[0-9]+)$";
private Pattern firstReadRegex;

InterleavedFastqRecordReader(final Configuration conf,
final FileSplit split) throws IOException {
super(conf, split);
Expand All @@ -90,10 +95,19 @@ private static class InterleavedFastqRecordReader extends FastqRecordReader {
* formatted pair of FASTQ records.
*/
protected boolean checkBuffer(final int bufferLength, final Text buffer) {
return (bufferLength > 2 &&
buffer.getBytes()[0] == '@' &&
buffer.getBytes()[bufferLength - 2] == '/' &&
buffer.getBytes()[bufferLength - 1] == '1');
if (firstReadRegex == null) {
firstReadRegex = Pattern.compile(firstReadSuffix);
}

if (bufferLength > 2 &&
buffer.getBytes()[0] == '@') {

// attempt to match regex
Matcher bufferMatcher = firstReadRegex.matcher(buffer.toString());
return bufferMatcher.matches();
} else {
return false;
}
}

/**
Expand Down
7 changes: 5 additions & 2 deletions adam-core/src/main/scala/org/bdgenomics/adam/converters/FastqRecordConverter.scala
View file
Expand Up @@ -32,7 +32,7 @@ import scala.collection.JavaConversions._
* FASTQ format is:
*
* {{{
* @readName
* @readName<optional whitespace read:is filtered:control number:sample number>
* sequence
* +<optional readname>
* ASCII quality scores
Expand All @@ -42,9 +42,12 @@ private[adam] class FastqRecordConverter extends Serializable with Logging {

private val firstReadSuffix = """[/ +_]1$"""
private val secondReadSuffix = """[/ +_]2$"""
private val illuminaMetadata = """ [12]:[YN]:[02468]+:[0-9]+$"""
private val firstReadRegex = firstReadSuffix.r
private val secondReadRegex = secondReadSuffix.r
private val suffixRegex = "%s|%s".format(firstReadSuffix, secondReadSuffix).r
private val suffixRegex = "%s|%s|%s".format(firstReadSuffix,
secondReadSuffix,
illuminaMetadata).r

/**
* @param readName The name of the read.
Expand Down
10 changes: 5 additions & 5 deletions adam-core/src/test/resources/interleaved_fastq_sample2.ifq
View file
@@ -1,23 +1,23 @@
GTTAGGGTTAGGGTTGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGGTAGGGTTAGGGTTAGGGGTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGGTAGGGCTAGGGTTAAGGGTAGGGTTAGCGAAAGGGCTGGGGTTAGGGGTGCGGGTACGCGTAGCATTAGGGCTAGAAGTAGGATCTGCAGTGCCTGACCGCGTCTGCGCGGCGACTGCCCAAAGCCTGGGGCCGACTCCAGGCTGAAGCTCAT
+
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+
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GGATAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGCTAGGGATAGGGGTAGGGTTGGGGTTGGTCATCGGGTGTTTCTTTGTGTTTGAGGTTGATTATTGTGATGGTTAAGGTATCTAGGTATTGTAAAAGTTGGCTTTTAACTTAGAAAATTATGTCATTCTGTTCACAAGTGTTTAGATTGGTAGATAGGTACTATGCGATCACTTCCATTGGCTGAGAGTTCGATTGATTATGAGCCACGCTAGTGGTTGAGATCT
+
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+
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+
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+
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8 changes: 4 additions & 4 deletions adam-core/src/test/resources/interleaved_fastq_sample2.ifq.output
View file
@@ -1,19 +1,19 @@
>>>interleaved fastq record start>>>
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+
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+
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<<<interleaved fastq record end<<<
>>>interleaved fastq record start>>>
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+
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+
>>;>*9?:@??@@????@????>@?>>@>@?>?????@@???????=<??8;*;:>?;+A?@?>89?@######################################################################################################################################################################################
Expand Down
10 changes: 5 additions & 5 deletions adam-core/src/test/resources/interleaved_fastq_sample3.ifq
View file
@@ -1,20 +1,20 @@
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+
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GGATAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGCTAGGGATAGGGGTAGGGTTGGGGTTGGTCATCGGGTGTTTCTTTGTGTTTGAGGTTGATTATTGTGATGGTTAAGGTATCTAGGTATTGTAAAAGTTGGCTTTTAACTTAGAAAATTATGTCATTCTGTTCACAAGTGTTTAGATTGGTAGATAGGTACTATGCGATCACTTCCATTGGCTGAGAGTTCGATTGATTATGAGCCACGCTAGTGGTTGAGATCT
+
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+
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+
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+
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8 changes: 4 additions & 4 deletions adam-core/src/test/resources/interleaved_fastq_sample3.ifq.output
View file
@@ -1,19 +1,19 @@
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+
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+
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<<<interleaved fastq record end<<<
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+
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+
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View file
@@ -1,18 +1,18 @@
+
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AACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACTCTAACCCTAACCCTAACCCTAACGGTAACCCTTACCCTTACTGTAACGCTTATCCTAAATCAAATTCTTCCTCTTAAGATCGCTGTTAAAATTAATCCTATTAGAACAGGTCTTCTGGCACCAAGTTATGTCAATATCCCTTACTCTAAACATGCCTTGATCTCTCATGCATCACTTCAGCACAGCTCTTATGGATCTAGGATCCTCAGT
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+
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8 changes: 4 additions & 4 deletions adam-core/src/test/resources/interleaved_fastq_sample4.ifq.output
View file
@@ -1,19 +1,19 @@
>>>interleaved fastq record start>>>
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+
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<<<interleaved fastq record end<<<
>>>interleaved fastq record start>>>
@H06JUADXX130110:1:1108:6424:55322/1
@H06JUADXX130110:1:1108:6424:55322+1
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@H06JUADXX130110:1:1108:6424:55322+2
AGGGATAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGATAGGGCTAGGGTTAGGGATAGGGATAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTAGGGTTATCGATAGGGATAGGGATAGGGATAGAGTTAGGGCTATGGGTAGGGTTAGAGTCAGGGAAAGAGATAGGGATGGAGATGGGGTTAAAAAGAAGTCAAGGAATTAAGGTAGGGAAACGGTTCGAGATCTGTAAAGGGCAACGA
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