Bug in permutation scheme with triploids

[zkamvar]

There is a bug in the default shuffling algorithm for shufflepop and ia that comes down to numerical precision. The general process is:

1. Take the sum of the columns (alleles) at a locus and multiply them by the ploidy to get the counts of each allele.
2. Create a vector of indices of alleles where each index is replicated the number of times that allele is represented.
3. Use that to shuffle the locus.

The problem occurs when there are triploids and 1/3 by 3 doesn't always equal 1.

mat <- structure(c(0.333333333333333, 0.333333333333333, 0.333333333333333, 
0.333333333333333, 0, 0, 0.333333333333333, 0, 0.666666666666667, 
0.666666666666667, 0.333333333333333, 0.666666666666667), .Dim = c(4L, 
3L), .Dimnames = list(structure(c("1", "2", "3", "5"), .Names = c("1", 
"2", "3", "4")), c("D13.000", "D13.144", "D13.190")))

bucket <- colSums(mat) * 3
bucket
## D13.000 D13.144 D13.190
##       4       1       7

rep(1:length(bucket), bucket)
## [1]11112333333

print(bucket, dig = 20)
## D13.000 D13.144 D13.190
## 4.0000000000000000000 1.0000000000000000000 6.9999999999999991118

A control scheme to check for the correct number of alleles is needed.

[zkamvar]

Fixed with 4978358