v2.1.0

What's Changed

New feature

• Monte Carlo Sampling
  • Population Annealing Monte Carlo (#49 #57)
  • Grand canonical sampling (#65)
  • Users can customize how to calculate observables of configurations by defining Python function (#64)
  • Expectation values are calculated for each temperature in the RXMC sampler (#50)
  • Users can define arbitrary module and function for constraining (#53)
  • The initial configuration can be set (#55)
  • New input parameter sampling.kTs to specify temperature points directly (#62)
• New solvers
  • aenetPyLammps (#56)
    • invoke aenet solver as a library via LAMMPS (pylammps)
  • Potts (#46)
    • Its primary purpose is to test algorithms such as sampling
• Logging (#51 #60)

For developers

• The format of the class names is unified (#45)
  • Old names are still available
• introduce factory for solvers (#54)

Bugfixes

• Fix how to use structure.to (#47 #48)
• Fix config.defect_structure.groups.coords in st2abics (#61)
• Fix ignoresp in AL (#58)

Full Changelog: v2.0.1...v2.1.0

v2.0.1

Release note

[ 日本語 / Eng ]

更新情報 (from v2.0.0)

• pymatgen v2022.11.1 における仕様変更に追従 (#47, #48)
  • 以前の pymatgen も引き続き利用可能

Forum (GitHub issue)

Release note

[ 日本語 / Eng ]

What's new (from v2.0.0)

• Supports pymatgen v2022.11.1 (#47, #48)
  • Older pymatgen also works

Forum (GitHub issue)

v2.0.0

Release note

[ 日本語 / Eng ]

更新情報 (from v1.0)

• サンプリングを行う abics_sampling, 機械学習用のトレーニングデータを作成する abics_mlref , 機械学習模型としてaenetを利用しニューラルネットワークを作成する abics_train の3つを新規に作成。
• スクリプト毎にパラメータを設定できるように入力ファイルフォーマットを変更。
• マニュアル・チュートリアルの更新。

Forum (GitHub issue)

Release note

[ 日本語 / Eng ]

What's new (from v1.0)

• Created three new scripts: abics_sampling for sampling, abics_mlref to create training data for machine learning, and abics_train to train a neural network configuration energy model using aenet.
• Changed input file format to allow parameters to be set for each script.
• Updated manual and tutorial.

Forum (GitHub issue)

v1.0.0

Release note

[ 日本語 / Eng ]
abics-v1.0.0.tar.gzにはマニュアルのpdfファイルが入っています。"Source code"ではなくこちらのファイルをダウンロードしてください。

更新情報 (from v0.1)

• メインスクリプト abics
  • 構造最適化機能の追加
  • 前回の結果を引き継いでモンテカルロ計算を続行する機能 (reload) の追加
  • 構造を引き継ぎながら複数のbaseinput ファイルのもとで順番にソルバーを実行する機能 (multistep) の追加
• ライブラリ
  • docstring (API リファレンス) の追加
  • ユニットテストの追加
  • リスタート時に、前回の最後の構造についてもう一度計算しているバグを修正
  • ソルバーにOpenMXを追加
  • QE について、CPU プロセスの分割のやり方を入力ファイルで指定する機能の追加
• 補助ツール
  • VASP の座標ファイル (POSCAR) や CIF ファイルから abICS の座標データを生成するツール st2abics を追加
  • レプリカごとの計算結果から温度ごとの計算結果を生成する後処理ツール abicsRXsepT を追加

更新情報 (from v1.0-beta)

• メインスクリプト
  • 構造を引き継ぎながら baseinput ファイルを複数回回す機能 (multistep) の追加
  • QE について、CPU プロセスの分割のやり方を入力ファイルで指定する機能の追加
• ライブラリ
  • 構造最適化において、固定する原子・座標に関しては perturb しないように変更
  • seldyn使用時にリスタート機能でエラー終了するバグを修正 (リスタート時に前回の最後の構造を再計算していた処理をスキップするように変更)。
• 補助ツール
  • VASP の座標ファイル (POSCAR) や CIF ファイルから abICS の座標データを生成するツール st2abics を追加
  • レプリカごとの計算結果から温度ごとの計算結果を生成する後処理ツール abicsRXsepT を追加

Forum (GitHub issue)

Release note

[ 日本語 / Eng ]
Please download abics-v1.0.0.tar.gz (not "Source code") because this file contains manual-pdf files

What's new (from v0.1)

• Main script abics
  • new feature
    • Structure optimization
    • Reload the structure and temperature of the last step of the last simulation, and restart Monte Carlo sampling (reload)
    • Sequentially invoke the solver using multiple baseinput files while inheriting the structure(multistep)
• Library
  • OpenMX is now supported
  • For QE, how to split CPU cores is now specified (so-called parallel levels)
  • A bug that on reload the first structure of the second simulation was the same as the last structure of the first simulation is fixed
  • Docstrings (API reference) are added
  • Unittests are added
• Utility tools
  • st2abics is added
    • A tool for converting a structure file such as POSCAR and CIF file to the structure data for abICS
  • abicsRXsepT is added
    • A tool for generating the result for each temperature from the result of each replica

What's new (from v1.0-beta)

• Main script abics
  • Sequentially invoke the solver using multiple baseinput files while inheriting the structure(multistep)
• Library
  • For QE, how to split CPU cores is now specified (so-called parallel levels)
  • Now perturb only coordinates to be optimized
    • Fixed an error termination bug of the restart calculation using seldyn (changed to skip the process of recalculating the previous last structure when restarting).
• Utility tools
  • st2abics is added
    • A tool for converting a structure file such as POSCAR and CIF file to the structure data for abICS
  • abicsRXsepT is added
    • A tool for generating the result for each temperature from the result of each replica

Forum (GitHub issue)

v1.0-beta

Release note

[ 日本語 / Eng ]
abics-v1.0-beta.tar.gzにはマニュアルのpdfファイルが入っています。"Source code"ではなくこちらのファイルをダウンロードしてください。

機能追加

• 構造緩和のフラグを追加。
• 磁気モーメントを原子毎に持たせる機能を追加。
• ソルバーにOpenMXを追加。
• docstring (API リフェレンス) の追加
• ユニットテストの追加 (開発者向け)

Forum (GitHub issue)

Release note

[ 日本語 / Eng ]
Please download abics-v1.0-beta.tar.gz (not "Source code") because this file contains manual-pdf files

New features

• Option for setting flags of structure relaxation at each atom is added.
• Option for setting values of magnetic moments at each atom is added.
• OpenMX is added as a solver.
• docstring (API reference) is added
• Added unit tests (for developers)

Forum (GitHub issue)

v0.1.0

About / 概要

abICS is a software framework for performing configurational sampling in disordered systems, with a specific emphasis on multi-component solid state systems such as metal and oxide alloys. It couples parallel sampling methods with external codes that perform structural relaxation and energy calculations. We provide interfaces for Quantum Espresso, VASP, and aenet, with planned support for OpenMX in the near future.

abICSは、不規則系で配置サンプリングを実行するためのソフトウェアフレームワークであり、金属や酸化物合金などの多成分固体システムに特に重点を置いています。 現在は, Quantum Espresso, VASPおよびaenetを使用することができ、ver.1.0からはOpenMXもサポートする予定です。

Manual / マニュアル

English HTML manual

日本語版 HTML マニュアル

License / ライセンス

This package is distributed under GNU General Public License version 3 (GPL v3) or later.

本ソフトウェアのプログラムパッケージおよびソースコード一式はGNU General Public License version 3（GPL v3）に準じて配布されています。

Copyright / コピーライト

© 2019- The University of Tokyo. All rights reserved.

This software was developed with the support of “Project for advancement of software usability in materials science” of The Institute for Solid State Physics, The University of Tokyo.

本ソフトウェアは2019年度 東京大学物性研究所 ソフトウェア高度化プロジェクトの支援を受け開発されており、その著作権は東京大学が所持しています。