Issue #1 - merge v16.0.3 changes from NCO into develop

jkhender · Dec 17, 2020 · 65b4d96 · 65b4d96
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diff --git a/Externals.cfg b/Externals.cfg
@@ -15,14 +15,14 @@ protocol = git
 required = True
 
 [GLDAS]
-tag = gldas_gfsv16_release.v1.11.0
+tag = gldas_gfsv16_release.v1.12.0
 local_path = sorc/gldas.fd
 repo_url = https://github.com/NOAA-EMC/GLDAS.git
 protocol = git
 required = True
 
 [EMC_post]
-tag = upp_gfsv16_release.v1.1.0
+tag = upp_gfsv16_release.v1.1.1
 local_path = sorc/gfs_post.fd
 repo_url = https://github.com/NOAA-EMC/EMC_post.git
 protocol = git
@@ -43,7 +43,7 @@ protocol = git
 required = True
 
 [EMC_gfs_wafs]
-tag = gfs_wafs.v6.0.14
+tag = gfs_wafs.v6.0.17
 local_path = sorc/gfs_wafs.fd
 repo_url = https://github.com/NOAA-EMC/EMC_gfs_wafs.git
 protocol = git

diff --git a/docs/Release_Notes.gfs_downstream.v16.0.0.txt b/docs/Release_Notes.gfs_downstream.v16.0.0.txt
@@ -64,7 +64,7 @@ PARM/wmo
    ###########################################
    # Now set up GEMPAK/NTRANS environment
    ###########################################
-   module load gempak/7.3.1
+   module load gempak/7.3.3
    module list
 
 FV3 GFS DRIVER:

diff --git a/driver/product/run_JGDAS_ATMOS_GEMPAK_META_NCDC_dell.sh_00 b/driver/product/run_JGDAS_ATMOS_GEMPAK_META_NCDC_dell.sh_00
@@ -38,7 +38,7 @@ module load grib_util/1.1.0
 ###########################################
 # Now set up GEMPAK/NTRANS environment
 ###########################################
-module load gempak/7.3.1
+module load gempak/7.3.3
 module list
 
 ############################################

diff --git a/driver/product/run_JGDAS_ATMOS_GEMPAK_META_NCDC_dell.sh_06 b/driver/product/run_JGDAS_ATMOS_GEMPAK_META_NCDC_dell.sh_06
@@ -38,7 +38,7 @@ module load grib_util/1.1.0
 ###########################################
 # Now set up GEMPAK/NTRANS environment
 ###########################################
-module load gempak/7.3.1
+module load gempak/7.3.3
 module list
 
 ############################################

diff --git a/driver/product/run_JGDAS_ATMOS_GEMPAK_META_NCDC_dell.sh_12 b/driver/product/run_JGDAS_ATMOS_GEMPAK_META_NCDC_dell.sh_12
@@ -38,7 +38,7 @@ module load grib_util/1.1.0
 ###########################################
 # Now set up GEMPAK/NTRANS environment
 ###########################################
-module load gempak/7.3.1
+module load gempak/7.3.3
 module list
 
 ############################################

diff --git a/driver/product/run_JGDAS_ATMOS_GEMPAK_META_NCDC_dell.sh_18 b/driver/product/run_JGDAS_ATMOS_GEMPAK_META_NCDC_dell.sh_18
@@ -38,7 +38,7 @@ module load grib_util/1.1.0
 ###########################################
 # Now set up GEMPAK/NTRANS environment
 ###########################################
-module load gempak/7.3.1
+module load gempak/7.3.3
 module list
 
 ############################################

diff --git a/driver/product/run_JGDAS_ATMOS_GEMPAK_dell.sh_00 b/driver/product/run_JGDAS_ATMOS_GEMPAK_dell.sh_00
@@ -38,7 +38,7 @@ module load grib_util/1.1.0
 ###########################################
 # Now set up GEMPAK/NTRANS environment
 ###########################################
-module load gempak/7.3.1
+module load gempak/7.3.3
 module list
 
 ############################################

diff --git a/driver/product/run_JGDAS_ATMOS_GEMPAK_dell.sh_06 b/driver/product/run_JGDAS_ATMOS_GEMPAK_dell.sh_06
@@ -38,7 +38,7 @@ module load grib_util/1.1.0
 ###########################################
 # Now set up GEMPAK/NTRANS environment
 ###########################################
-module load gempak/7.3.1
+module load gempak/7.3.3
 module list
 
 ############################################

diff --git a/driver/product/run_JGDAS_ATMOS_GEMPAK_dell.sh_12 b/driver/product/run_JGDAS_ATMOS_GEMPAK_dell.sh_12
@@ -38,7 +38,7 @@ module load grib_util/1.1.0
 ###########################################
 # Now set up GEMPAK/NTRANS environment
 ###########################################
-module load gempak/7.3.1
+module load gempak/7.3.3
 module list
 
 ############################################

diff --git a/driver/product/run_JGDAS_ATMOS_GEMPAK_dell.sh_18 b/driver/product/run_JGDAS_ATMOS_GEMPAK_dell.sh_18
@@ -38,7 +38,7 @@ module load grib_util/1.1.0
 ###########################################
 # Now set up GEMPAK/NTRANS environment
 ###########################################
-module load gempak/7.3.1
+module load gempak/7.3.3
 module list
 
 ############################################

diff --git a/driver/product/run_JGFS_ATMOS_GEMPAK_META_dell.sh_00 b/driver/product/run_JGFS_ATMOS_GEMPAK_META_dell.sh_00
@@ -39,7 +39,7 @@ module load grib_util/1.1.0
 ###########################################
 # Now set up GEMPAK/NTRANS environment
 ###########################################
-module load gempak/7.3.1
+module load gempak/7.3.3
 module list
 
 ##############################################

diff --git a/driver/product/run_JGFS_ATMOS_GEMPAK_META_dell.sh_06 b/driver/product/run_JGFS_ATMOS_GEMPAK_META_dell.sh_06
@@ -39,7 +39,7 @@ module load grib_util/1.1.0
 ###########################################
 # Now set up GEMPAK/NTRANS environment
 ###########################################
-module load gempak/7.3.1
+module load gempak/7.3.3
 module list
 
 ##############################################

diff --git a/driver/product/run_JGFS_ATMOS_GEMPAK_META_dell.sh_12 b/driver/product/run_JGFS_ATMOS_GEMPAK_META_dell.sh_12
@@ -39,7 +39,7 @@ module load grib_util/1.1.0
 ###########################################
 # Now set up GEMPAK/NTRANS environment
 ###########################################
-module load gempak/7.3.1
+module load gempak/7.3.3
 module list
 
 ##############################################

diff --git a/driver/product/run_JGFS_ATMOS_GEMPAK_META_dell.sh_18 b/driver/product/run_JGFS_ATMOS_GEMPAK_META_dell.sh_18
@@ -39,7 +39,7 @@ module load grib_util/1.1.0
 ###########################################
 # Now set up GEMPAK/NTRANS environment
 ###########################################
-module load gempak/7.3.1
+module load gempak/7.3.3
 module list
 
 ##############################################

diff --git a/driver/product/run_JGFS_ATMOS_GEMPAK_NCDC_UPAPGIF_dell.sh_00 b/driver/product/run_JGFS_ATMOS_GEMPAK_NCDC_UPAPGIF_dell.sh_00
@@ -38,7 +38,7 @@ module load grib_util/1.1.0
 ###########################################
 # Now set up GEMPAK/NTRANS environment
 ###########################################
-module load gempak/7.3.1
+module load gempak/7.3.3
 module list
 
 ##############################################

diff --git a/driver/product/run_JGFS_ATMOS_GEMPAK_NCDC_UPAPGIF_dell.sh_06 b/driver/product/run_JGFS_ATMOS_GEMPAK_NCDC_UPAPGIF_dell.sh_06
@@ -38,7 +38,7 @@ module load grib_util/1.1.0
 ###########################################
 # Now set up GEMPAK/NTRANS environment
 ###########################################
-module load gempak/7.3.1
+module load gempak/7.3.3
 module list
 
 ##############################################

diff --git a/driver/product/run_JGFS_ATMOS_GEMPAK_NCDC_UPAPGIF_dell.sh_12 b/driver/product/run_JGFS_ATMOS_GEMPAK_NCDC_UPAPGIF_dell.sh_12
@@ -38,7 +38,7 @@ module load grib_util/1.1.0
 ###########################################
 # Now set up GEMPAK/NTRANS environment
 ###########################################
-module load gempak/7.3.1
+module load gempak/7.3.3
 module list
 
 ##############################################

diff --git a/driver/product/run_JGFS_ATMOS_GEMPAK_NCDC_UPAPGIF_dell.sh_18 b/driver/product/run_JGFS_ATMOS_GEMPAK_NCDC_UPAPGIF_dell.sh_18
@@ -38,7 +38,7 @@ module load grib_util/1.1.0
 ###########################################
 # Now set up GEMPAK/NTRANS environment
 ###########################################
-module load gempak/7.3.1
+module load gempak/7.3.3
 module list
 
 ##############################################

diff --git a/driver/product/run_JGFS_ATMOS_GEMPAK_PGRB2_SPEC_dell.sh_00 b/driver/product/run_JGFS_ATMOS_GEMPAK_PGRB2_SPEC_dell.sh_00
@@ -37,7 +37,7 @@ module load grib_util/1.1.0
 ###########################################
 # Now set up GEMPAK/NTRANS environment
 ###########################################
-module load gempak/7.3.1
+module load gempak/7.3.3
 module list
 
 ############################################

diff --git a/driver/product/run_JGFS_ATMOS_GEMPAK_PGRB2_SPEC_dell.sh_06 b/driver/product/run_JGFS_ATMOS_GEMPAK_PGRB2_SPEC_dell.sh_06
@@ -37,7 +37,7 @@ module load grib_util/1.1.0
 ###########################################
 # Now set up GEMPAK/NTRANS environment
 ###########################################
-module load gempak/7.3.1
+module load gempak/7.3.3
 module list
 
 ############################################

diff --git a/driver/product/run_JGFS_ATMOS_GEMPAK_PGRB2_SPEC_dell.sh_12 b/driver/product/run_JGFS_ATMOS_GEMPAK_PGRB2_SPEC_dell.sh_12
@@ -37,7 +37,7 @@ module load grib_util/1.1.0
 ###########################################
 # Now set up GEMPAK/NTRANS environment
 ###########################################
-module load gempak/7.3.1
+module load gempak/7.3.3
 module list
 
 ############################################

diff --git a/driver/product/run_JGFS_ATMOS_GEMPAK_PGRB2_SPEC_dell.sh_18 b/driver/product/run_JGFS_ATMOS_GEMPAK_PGRB2_SPEC_dell.sh_18
@@ -37,7 +37,7 @@ module load grib_util/1.1.0
 ###########################################
 # Now set up GEMPAK/NTRANS environment
 ###########################################
-module load gempak/7.3.1
+module load gempak/7.3.3
 module list
 
 ############################################

diff --git a/driver/product/run_JGFS_ATMOS_GEMPAK_dell.sh_00 b/driver/product/run_JGFS_ATMOS_GEMPAK_dell.sh_00
@@ -38,7 +38,7 @@ module load grib_util/1.1.0
 ###########################################
 # Now set up GEMPAK/NTRANS environment
 ###########################################
-module load gempak/7.3.1
+module load gempak/7.3.3
 module list
 
 ############################################

diff --git a/driver/product/run_JGFS_ATMOS_GEMPAK_dell.sh_06 b/driver/product/run_JGFS_ATMOS_GEMPAK_dell.sh_06
@@ -38,7 +38,7 @@ module load grib_util/1.1.0
 ###########################################
 # Now set up GEMPAK/NTRANS environment
 ###########################################
-module load gempak/7.3.1
+module load gempak/7.3.3
 module list
 
 ############################################

diff --git a/driver/product/run_JGFS_ATMOS_GEMPAK_dell.sh_12 b/driver/product/run_JGFS_ATMOS_GEMPAK_dell.sh_12
@@ -38,7 +38,7 @@ module load grib_util/1.1.0
 ###########################################
 # Now set up GEMPAK/NTRANS environment
 ###########################################
-module load gempak/7.3.1
+module load gempak/7.3.3
 module list
 
 ############################################

diff --git a/driver/product/run_JGFS_ATMOS_GEMPAK_dell.sh_18 b/driver/product/run_JGFS_ATMOS_GEMPAK_dell.sh_18
@@ -38,7 +38,7 @@ module load grib_util/1.1.0
 ###########################################
 # Now set up GEMPAK/NTRANS environment
 ###########################################
-module load gempak/7.3.1
+module load gempak/7.3.3
 module list
 
 ############################################

diff --git a/driver/product/run_postsnd.sh b/driver/product/run_postsnd.sh
@@ -29,7 +29,7 @@ module load CFP/2.0.1
 module load python/3.6.3
 
 module use -a /gpfs/dell1/nco/ops/nwpara/modulefiles/
-module load gempak/7.3.1
+module load gempak/7.3.3
 module use /usrx/local/nceplibs/dev/NCEPLIBS/modulefiles
 module load hdf5_parallel/1.10.6
 module load netcdf_parallel/4.7.4

diff --git a/driver/product/run_postsnd.sh.dell b/driver/product/run_postsnd.sh.dell
@@ -29,7 +29,7 @@ module load CFP/2.0.1
 module load python/3.6.3
 
 module use -a /gpfs/dell1/nco/ops/nwpara/modulefiles/
-module load gempak/7.3.1
+module load gempak/7.3.3
 module use /usrx/local/nceplibs/dev/NCEPLIBS/modulefiles
 module load hdf5_parallel/1.10.6
 module load netcdf_parallel/4.7.4

diff --git a/ecflow/ecf/scripts/gdas/atmos/analysis/jgdas_atmos_analysis.ecf b/ecflow/ecf/scripts/gdas/atmos/analysis/jgdas_atmos_analysis.ecf
@@ -1,15 +1,15 @@
-#! /bin/sh
-#BSUB -q %QUEUE%
-#BSUB -P %PROJ%
+#BSUB -L /bin/sh
 #BSUB -J %E%gdas_atmos_analysis_%CYC%
 #BSUB -o %COM%/output/%ENVIR%/today/gdas_atmos_analysis_%CYC%.o%J
-#BSUB -W 0:45
+#BSUB -q %QUEUE%
+#BSUB -P %PROJ%
+##BSUB -W 0:45   # 11/02/2020 temporarily change
+#BSUB -W 1:00
 #BSUB -n 1000
 #BSUB -R affinity[core(7)]
 #BSUB -R span[ptile=4]
 #BSUB -cwd /tmp
 
-module purge
 %include <head.h>
 %include <envir-p3.h>
 
@@ -32,14 +32,12 @@ export model=gfs
 ############################################################
 module load lsf/${lsf_ver}
 module load impi/${impi_ver}
-module load prod_util/${prod_util_ver}
-module load prod_envir/${prod_envir_ver}
 module load CFP/${CFP_ver}
 module load python/${python_ver}
 module load NetCDF-parallel/${netcdf_parallel_ver}
 module load HDF5-parallel/${hdf5_parallel_ver}
-module use -a /gpfs/dell1/nco/ops/nwprod/modulefiles/
 module load crtm/${crtm_ver}
+module load grib_util/${grib_util_ver}
 
 module list
 
@@ -52,12 +50,8 @@ export FORT_BUFFERED=true
 export OMP_NUM_THREADS_CY=28
 export NTHREADS=$OMP_NUM_THREADS_CY
 export NTHREADS_GSI=$threads
-export COMPONENT=${COMPONENT:-atmos}
-export ROTDIR=%COM%/$NET/$envir
-export CDUMP=gdas
 export cyc=%CYC%
 export cycle=t%CYC%z
-export CDATE=$PDY$cyc
 export USE_CFP=YES
 export PREINP=''
 

diff --git a/ecflow/ecf/scripts/gdas/atmos/analysis/jgdas_atmos_analysis_calc.ecf b/ecflow/ecf/scripts/gdas/atmos/analysis/jgdas_atmos_analysis_calc.ecf
@@ -1,15 +1,14 @@
-#! /bin/sh
-#BSUB -q %QUEUE%
-#BSUB -P %PROJ%
+#BSUB -L /bin/sh
 #BSUB -J %E%gdas_atmos_analysis_calc_%CYC%
 #BSUB -o %COM%/output/%ENVIR%/today/gdas_atmos_analysis_calc_%CYC%.o%J
+#BSUB -q %QUEUE%
+#BSUB -P %PROJ%
 #BSUB -W 0:10
 #BSUB -n 140
 #BSUB -R affinity[core(1)]
 #BSUB -R span[ptile=28]
 #BSUB -cwd /tmp
 
-module purge
 %include <head.h>
 %include <envir-p3.h>
 
@@ -32,8 +31,6 @@ model=gfs
 ############################################################
 module load lsf/${lsf_ver}
 module load impi/${impi_ver}
-module load prod_util/${prod_util_ver}
-module load prod_envir/${prod_envir_ver}
 module load python/${python_ver}
 module load NetCDF-parallel/${netcdf_parallel_ver}
 module load HDF5-parallel/${hdf5_parallel_ver}
@@ -43,12 +40,8 @@ module list
 #############################################################
 # WCOSS environment settings
 #############################################################
-export COMPONENT=${COMPONENT:-atmos}
-export ROTDIR=%COM%/$NET/$envir
-export CDUMP=gdas
 export cyc=%CYC%
 export cycle=t%CYC%z
-export CDATE=$PDY$cyc
 export USE_CFP=YES
 
 ############################################################

diff --git a/ecflow/ecf/scripts/gdas/atmos/analysis/jgdas_atmos_analysis_diag.ecf b/ecflow/ecf/scripts/gdas/atmos/analysis/jgdas_atmos_analysis_diag.ecf
@@ -1,15 +1,14 @@
-#! /bin/sh
-#BSUB -q %QUEUE%
-#BSUB -P %PROJ%
+#BSUB -L /bin/sh
 #BSUB -J %E%gdas_atmos_analysis_diag_%CYC%
 #BSUB -o %COM%/output/%ENVIR%/today/gdas_atmos_analysis_diag_%CYC%.o%J
+#BSUB -q %QUEUE%
+#BSUB -P %PROJ%
 #BSUB -W 0:10
 #BSUB -n 112
 #BSUB -R affinity[core(1)]
 #BSUB -R span[ptile=28]
 #BSUB -cwd /tmp
 
-module purge
 %include <head.h>
 %include <envir-p3.h>
 
@@ -32,20 +31,15 @@ export model=gfs
 ############################################################
 module load lsf/${lsf_ver}
 module load impi/${impi_ver}
-module load prod_util/${prod_util_ver}
 module load CFP/${CFP_ver}
 
 module list
 
 #############################################################
 # WCOSS environment settings
 #############################################################
-export COMPONENT=${COMPONENT:-atmos}
-export ROTDIR=%COM%/$NET/$envir
-export CDUMP=gdas
 export cyc=%CYC%
 export cycle=t%CYC%z
-export CDATE=$PDY$cyc
 export USE_CFP=YES
 
 ############################################################