高通量测序数据分析实践操作

实践模块  

1. 基因组组装（PacBio序列）及注释  
2. RNA-Seq

一、操作说明

说明：$后为命令，其他的为输出或说明。

ssh登录服务器172.28.215.241，用户名：ngs

加载环境变量
$ module add bioinfo

对于计算量较大的任务，请不要在登录节点上直接运行，用qsub提交任务

Linux基本操作

掌握以下常用的Linux命令：

ls	cd	mv	rm	pwd	top
ps	grep	kill	file	tar	cat
less	more	chmod	chown	vim (vi)	time
cp	scp	ln	mkdir	wget	git
find	export	source	mount	head	tail

使用集群
尽量不要在登录节点（管理节点）上运行大型程序，ssh到其他计算节点上之后再运行其他程序。登录到172.28.215.241管理节点后，ssh 计算节点名，计算节点名可以是c2, c3, c4, c5, c6 (目前有问题), c8
推荐使用SGE作业管理系统提交任务，先将任务脚本存放在一个文件中，然后用qsub提交任务，下面是一个简单的任务work.sh, 任务的脚本文件work.sh中包含以下内容：

#!/bin/bash
#$ -S /bin/bash
#$ -N JobName
#$ -j y
#$ -cwd
sleep 60

用qsub提交任务，qstat查看任务运行情况

$ qsub work.sh
$ qstat
job-ID  prior   name       user         state submit/start at     queue                          slots ja-task-ID 
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------
     44 0.55500 trinity    ngs          r     11/17/2016 21:58:30 all.q@c8                           1        
     45 0.55500 JobName    ngs          r     11/18/2016 15:00:00 all.q@c2                           1