Merge branch 'devel/4.0.2'

Dockerfile

@@ -1,5 +1,6 @@
 # rocker/tidyverse に日本語設定と頻用パッケージ、および TinyTeX, Radian を追加
-#   CRAN snapshot: https://packagemanager.rstudio.com/all/__linux__/focal/344 (2020-10-13)
+#   CRAN snapshotをrocker/tidyverse:4.0.2 の RSPM #344 (2020-10-13) から更新する
+#   https://packagemanager.rstudio.com/all/__linux__/focal/1069075 (2021-01-29)
 
 FROM rocker/tidyverse:4.0.2
 
@@ -20,6 +21,9 @@ RUN set -x \
     && apt-get clean \
     && rm -rf /var/lib/apt/lists/*
 
+# CRAN reposに指定しているRSPMのcheckpointを変更
+RUN sed -i.bak -e 's%focal/344%focal/1069075%g' /usr/local/lib/R/etc/Rprofile.site
+
 # setup script
 # 各スクリプトは改行コード LF(UNIX) でないとエラーになる
 COPY my_scripts /my_scripts

my_scripts/install_pandas.sh

@@ -5,14 +5,11 @@ set -x
 # R から {reticulate} で Python3 を使えるようにセットアップ
 
 # Python3のインストール
-apt-get update
-apt-get install -y libpython3.8 python3-pandas python3-pip
+source /rocker_scripts/install_python.sh
+
+# aptキャッシュを消去
 apt-get clean
 rm -rf /var/lib/apt/lists/*
 
-# python の共有ライブラリを登録
-echo "/usr/lib/x86_64-linux-gnu" > /etc/ld.so.conf.d/libpython3.8.conf
-ldconfig
-
-# R に {reticulate} をインストール
-R -e 'install.packages("reticulate")'
+# グローバルに pandas を入れておく
+pip install pandas

my_scripts/install_r_packages.sh

@@ -25,6 +25,9 @@ rm -rf /var/lib/apt/lists/*
 # rJava の設定
 R CMD javareconf
 
+# RSPMのcheckpointが変わった場合に対応するため、まずcheckpointの状態まで更新する
+Rscript -e "update.packages(ask = FALSE)"
+
 # Bioconductor もRSPMからインストールする
 echo "options(BioC_mirror = 'https://packagemanager.rstudio.com/bioconductor')" >> /usr/local/lib/R/etc/Rprofile.site
 Rscript -e "BiocManager::install(c('graph', 'Rgraphviz'))"
@@ -42,6 +45,7 @@ install2.r --error --deps TRUE --ncpus -1 --skipinstalled \
     car \
     survminer \
     prophet \
+    Deducer \
     GGally \
     ggfortify \
     gghighlight \
@@ -54,7 +58,7 @@ install2.r --error --deps TRUE --ncpus -1 --skipinstalled \
     minidown
 
 # since package "export" was removed from CRAN on 2020-02-21,
-# install dev version from GitHub repo (commit d29650b / 2020-06-22)
+# install dev version from GitHub repo (commit c63141e / 2020-09-09)
 install2.r --error --deps TRUE --ncpus -1 --skipinstalled \
     officer \
     rvg \
@@ -63,12 +67,9 @@ install2.r --error --deps TRUE --ncpus -1 --skipinstalled \
     xtable \
     rgl \
     stargazer \
-    tikzDevice
+    devEMF
 
-installGithub.r tomwenseleers/export@d29650b
-
-# 最新の状態にする
-Rscript -e "update.packages(ask = FALSE)"
+installGithub.r tomwenseleers/export@c63141e
 
 # cleaning
 rm /tmp/downloaded_packages/*

my_scripts/install_radian.sh

@@ -6,19 +6,17 @@ set -x
 
 # pip3 を install_pandas.sh などで既に入れていればスキップ
 if [ ! -e "/usr/bin/pip3" ]; then
-    apt-get update
-    apt-get install -y --no-install-recommends python3-pip
-    apt-get clean
-    rm -rf /var/lib/apt/lists/*
+    source /my_scripts/install_pandas.sh
 fi
 
 # radianのインストール
-pip3 install -U radian jedi
+pip install radian jedi==0.17.2
 
 # radianの設定
 cat > /home/rstudio/.radian_profile << EOF
-options(radian.color_scheme = "monokai")
+#options(radian.color_scheme = "monokai")
 options(radian.auto_match = TRUE)
+options(radian.highlight_matching_bracket = TRUE)
 options(radian.prompt = "\033[0;32mr$>\033[0m ")
 options(radian.escape_key_map = list(
   list(key = "-", value = " <- "),

my_scripts/install_tinytex.sh

@@ -4,6 +4,6 @@
 
 Rscript -e 'tinytex::install_tinytex(dir = "/home/rstudio/.TinyTeX/")'
 
-# {tikzDevice} package 用にLaTeXコンパイラの場所を指定
+# 一部の package 用にLaTeXコンパイラの場所を指定
 echo "R_LATEXCMD=/home/rstudio/.TinyTeX/bin/x86_64-linux/platex" >> /home/rstudio/.Renviron
 echo "R_PDFLATEXCMD=/home/rstudio/.TinyTeX/bin/x86_64-linux/pdflatex" >> /home/rstudio/.Renviron

utils/chk_package_load.R

@@ -4,20 +4,24 @@ res <- sapply(
   # インストールされている全パッケージ
   .packages(all.available = TRUE),
   function(pkg){
-    # 各パッケージの読み込みが成功すれば "ok", 失敗は "BAD"
-    ifelse(
-      tryCatch(
+    temp <- tryCatch(
         # 極力メッセージが表示されないようにパッケージを読み込む
         suppressMessages(
           require(pkg, character.only = TRUE, quietly = TRUE)
         ),
-        # エラー、警告は無視する
-        warning = function(w){ return(FALSE) },
-        error   = function(e){ return(FALSE) }
-      ),
-      "ok", "BAD")
+        # バイナリパッケージビルド時のRのバージョン違いは"ok"とする
+        warning = function(w){
+          ifelse(regexpr("was\ built\ under\ R\ version", w$message) > 0,
+                 "ok", "Warning")
+        },
+        # エラーはとりあえずそのまま "Error" で返す
+        error = function(e){ return("Error") }
+      )
+
+    # パッケージのロード成功の場合は "ok" で返す
+    temp <- ifelse(temp == "TRUE", "ok", temp)
   })
 
-# 結果が "BAD" のもののみ
-res[res == "BAD"]
-
+# 読み込みに失敗したもの
+res[res == "Warning"]
+res[res == "Error"]