- rocker/rstudio に rocker/tidyverse 相当のパッケージと日本語設定、頻用パッケージをインストールした作業用イメージ
- rocker/rstudio を出発点にすることで Amd64 (x86_64) / Arm64 の Dockerfile を共通化
- rocker/tidyverse 相当のうち、容量の大きな dbplyr database backend は RSQLite 以外を省略
- CLI作業用に、radian: A 21 century R console と Microsoft Edit を追加する
reticulateで最低限の python 連携も使用できるようにする- rocker-org/rocker-versioned2 のように、目的別のスクリプトを使って Dockerfile 自体は極力シンプルにしてみる
docker image build -t "mokztk/rstudio:4.5.0" .
docker run --rm -d -p 8787:8787 --name rstudio mokztk/rstudio:4.5.0
# rocker/tidyverse 相当までの build
docker image build --target tidyverse -t "mokztk/tidyverse:4.5.0" .
arm64 が置かれていないミラーサーバーも多いので変更しない
- Ubuntu の
language-pack-ja,language-pack-ja-base - 環境変数で
ja_JP.UTF-8ロケールとタイムゾーンAsia/Tokyoを指定 - 以下の日本語フォントを導入
- Noto Sans/Serif JP（"CJK"なし）
fonts-noto-cjk-extraは KR, SC, TC のフォントも含むので用途に対して大きすぎる（インストールサイズ 300MBほど）- Windows 11 に搭載された Noto Sans/Serif JP（"CJK"なし）と作図コードに互換性が確保できる
- Github notofonts/noto-cjk から個別のOTF版をダウンロードして、XeLaTeX + BXjscls で "noto-jp" を指定する場合に必要な ７フォントと Noto Sans Mono CJK JP を手動でインストール
- serif/sans/monospace の標準日本語フォントとして設定
- 過去コードの文字化け回避のため、Noto Sans/Serif CJK JP を Noto Sans/Serif JP の別名として登録しておく
- UDEV Gothic
- BIZ UD Gothic + JetBrains Mono の合成フォント
- 半角:全角 3:5版ではなく、通常の1:2でリガチャ有効のバージョン（UDEVGothicLG-*.ttf）を使用
- RStudio Serverのエディタ用カスタムフォントとして導入
- Noto Sans/Serif JP（"CJK"なし）
- インストール済みのパッケージ一覧
- 容量節約のため、
dependencies = NAの指定とし、インストール後にDLしたアーカイブは削除 - rockerのスクリプトに倣い、インストール後にRSPMのバイナリパッケージで導入された *.so を整理
Python3 & radian: A 21 century R console
- rocker project で用意されている
/rocker_scripts/install_python.shを利用して Python3 をインストール - 上記スクリプトで作成される仮想環境
/opt/venvに以下をインストールするpansdas(Numpy)seaborn(Matplotlib)radianjedi（radian でのコード補完に必要）
radian をホストPCで使うときは
docker exec -it <container name> /opt/venv/bin/radian
- CLI用のテキストエディタがないので、
mseditの名前で使用できるように導入しておく
Positron などから remote SSH で接続できるよう、sshd も起動させるようにした。
パスワード認証（ユーザー rstudio、パスワードの初期設定は下で設定した password）での SSH 接続に加えて、/home/rstudio/.ssh/authorized_keys に公開鍵を登録すればパスワード不要の公開鍵暗号での接続も可能になる。
- Quarto-Typst で日本語PDFも作成できほぼ使わななくなったため、TinyTeX はパッケージはインストールしてあるがセットアップをしていない状態
- 必要に応じてユーザー
rstudio権限でセットアップスクリプト/my_script/install_tinytex.shを実行する（RStudio の Terminal で可）- R4.3系以降メンテナンスしていないが、TeX Live 2022 frozen ベースで LuaLaTeX / XeLaTeX で日本語PDFを作成できる環境が準備できるはず
- 初期パスワード
rstudioのままでは RStudio Server が使用できないので、Docker Desktop など -e PASSWORD=... が設定できないGUIでも起動テストできるように仮のパスワードpasswordを埋め込んでおく - 更に、普段使いのため
DISABLE_AUTH=trueを埋め込む。パスワードが必要なときは、起動時に-e DISABLE_AUTH=false
- arm64版の rocker/rstudio は rootless モードで動いており、起動時にユーザー rstudio が削除される
- amd64(x86_64)版と設定ファイルなどを共用するために rootless モードを解除して、従来どおりユーザー rstudio を使用する
- 今後、amd64 も rootless になるようならば要検討
- 2020-11-02 Gist: mokztk/R4.0_2020Oct.Docerfile から改めてレポジトリとして編集を開始
- 2020-11-02 🔖4.0.2_2020Oct :
rocker/tidyverse:4.0.2対応版 - 2021-01-14 🔖4.0.2_update2101 : 4.0.2_2020Oct の修正版
- 2021-03-06 🔖4.0.2_2021Jan :
rocker/tidyverse:4.0.2ベースのままパッケージを更新 - 2021-03-11 🔖4.0.3_2020Feb :
rocker/tidyverse:4.0.3にあわせて更新 - 2021-04-01 ブランチ構成を再編（GitHub flow モドキ）
- 2021-04-04 🔖4.0.3_TL2020 : TeX を TeX Live 2020 (frozen) に固定
- 2021-04-13 🔖4.0.3_update2104 : 4.0.3_TL2020 の修正版
- 2021-08-30 🔖4.1.0_2021Aug :
rocker/tidyverse:4.1.0にあわせて更新。coding font 追加 - 2021-09-22 🔖4.1.0_2021Aug_r2 : PlemolJP フォントを最新版に差し替え（記号のズレ対策）
- 2021-11-11 🔖4.1.1_2021Oct :
rocker/tidyverse:4.1.1にあわせて更新。フォント周りを中心に整理 - 2022-06-07 🔖4.2.0_2022Jun : ベースを
rocker/tidyverse:4.2.0（2022-06-02版）に更新。Quartoの導入、フォントの変更など - 2022-06-24 🔖4.2.0_2022Jun_2 : ベースを
rocker/tidyverse:4.2.0snapshot確定版に更新。Quarto関係を修正 - 2023-04-06 🔖4.2.2_2023Mar :
rocker/tidyverse:4.2.2にあわせて更新。ARM64版を試作 - 2023-06-21 🔖4.2.2_2023Mar_2 : Noto Sans JP フォントの導入に失敗していたのを修正
- 2023-06-23 🔖4.3.0_2023Jun :
rocker/tidyverse:4.3.0にあわせて更新 - 2024-04-26 🔖4.3.3_2024Apr :
rocker/rstudio:4.3.3をベースにQuarto 1.4を追加。Amd64/Arm64のDockerfileを1本化 - 2025-03-06 🔖4.4.2_2025Mar :
rocker/rstudio:4.4.2ベースに更新 - 2025-06-15 🔖4.5.0_2025Jun :
rocker/rstudio:4.5.0ベースに更新。remote SSH接続できるよう設定を追加