About this image

• rocker/rstudio に rocker/tidyverse 相当のパッケージと日本語設定、頻用パッケージをインストールした作業用イメージ
  • rocker/rstudio を出発点にすることで Amd64 (x86_64) / Arm64 の Dockerfile を共通化
  • rocker/tidyverse 相当のうち、容量の大きな dbplyr database backend は RSQLite 以外を省略
• RStudio server を開くまでもないような作業用に、radian: A 21 century R consoleを追加する
• reticulate で最低限の python 連携も使用できるようにする
• rocker-org/rocker-versioned2 のように、目的別のスクリプトを使って Dockerfile 自体は極力シンプルにしてみる

docker image build -t "mokztk/rstudio:4.3.3" .
docker run --rm -d -p 8787:8787 --name rstudio mokztk/rstudio:4.3.3

# rocker/tidyverse 相当までの build
docker image build --target tidyverse -t "mokztk/tidyverse:4.3.3" .

詳細

Ubuntu mirror

arm64 が置かれていないミラーサーバーも多いので変更しない

日本語環境、フォント

• Ubuntu の language-pack-ja, language-pack-ja-base
• 環境変数で ja_JP.UTF-8 ロケールとタイムゾーン Asia/Tokyo を指定
• 以下の日本語フォントを導入
  • Noto Sans/Serif JP（"CJK"なし）
    • fonts-noto-cjk-extra は KR, SC, TC のフォントも含むので用途に対して大きすぎる（インストールサイズ 300MBほど）
    • Github notofonts/noto-cjk から個別のOTF版をダウンロードして、XeLaTeX + BXjscls で "noto-jp" を指定する場合に必要な ７フォントを手動でインストール
    • serif/sans の標準日本語フォントとして設定
    • 過去コードの文字化け回避のため、Noto Sans/Serif CJK JP を Noto Sans/Serif JP の別名として登録しておく
  • UDEV Gothic
    • BIZ UD Gothic + JetBrains Mono の合成フォント
    • 半角:全角 3:5版ではなく、通常の1:2でリガチャ有効のバージョン（UDEVGothicLG-*.ttf）を使用
    • RStudio Serverのエディタ用カスタムフォントとして導入

R の頻用パッケージ

• インストール済みのパッケージ一覧
• 容量節約のため、--deps TRUE指定（依存関係 Suggestsまで含める）は外し、インストール後にDLしたアーカイブは削除
• rockerのスクリプトに倣い、インストール後にRSPMのバイナリパッケージで導入された *.so を整理

Quarto & Typst

• rocker/rstudio で Quarto 1.3系が既に導入されているが、Typst 対応の 1.4系（2024-04-26時点で最新の 1.4.553）に更新
• Typst は Quarto 1.4 に含まれているものを使用
• Rパッケージ quarto もインストールし R Console からも使えるようにする

Python3 & radian: A 21 century R console

• rocker project で用意されている /rocker_scripts/install_python.sh を利用して Python3 をインストール
• R から Python を使えるよう、reticulate に必要な Pandas などもインストール（Seaborn も含む）
• radian のコード補完のためには jedi が必要なのであわせてインストール

TinyTeX

• Quarto-Typst で日本語PDFも作成できるため、あまり使わない？
• TinyTeX はパッケージはインストールしてあるが、セットアップをしていない状態。
• 必要に応じてユーザー rstudio 権限でセットアップスクリプト /my_script/install_tinytex.sh を実行する（RStudio の Terminal で可）。
  • TeX Live は引き続き日本語 TeX 開発コミュニティ texjp.org のサーバにある TeX Live 2022 (frozen) のアーカイブを利用
  • TinyTeX はそれに合わせて "2023.03" をインストール
  • LuaLaTeXの場合に、原ノ味フォントを先にインストールしておかないと進まなくなるので haranoaji だけセットアップ時にインストールしておく
  • その他に必要なパッケージは、初回に日本語PDFを作成するときに自動でインストールされる（XeLaTeX + BXjscls の文書で約50個）

環境変数 PASSWORD の仮設定

• Docker Desktop など -e PASSWORD=... が設定できないGUIでも起動テストできるように仮のパスワードを埋め込んでおく
• 更に、普段使いのため DISABLE_AUTH=true を埋め込む。パスワードが必要なときは、起動時に -e DISABLE_AUTH=false

rootless モードの解除 (Arm64)

• arm64版の rocker/rstudio は rootless モードで動いており、起動時にユーザー rstudio が削除される
• amd64(x86_64)版と設定ファイルなどを共用するために rootless モードを解除して、従来どおりユーザー rstudio を使用する
• 今後、amd64 も rootless になるようならば要検討

History

• 2020-11-02 Gist: mokztk/R4.0_2020Oct.Docerfile から改めてレポジトリとして編集を開始
• 2020-11-02 🔖4.0.2_2020Oct : rocker/tidyverse:4.0.2 対応版
• 2021-01-14 🔖4.0.2_update2101 : 4.0.2_2020Oct の修正版
• 2021-03-06 🔖4.0.2_2021Jan : rocker/tidyverse:4.0.2 ベースのままパッケージを更新
• 2021-03-11 🔖4.0.3_2020Feb : rocker/tidyverse:4.0.3 にあわせて更新
• 2021-04-01 ブランチ構成を再編（GitHub flow モドキ）
• 2021-04-04 🔖4.0.3_TL2020 : TeX を TeX Live 2020 (frozen) に固定
• 2021-04-13 🔖4.0.3_update2104 : 4.0.3_TL2020 の修正版
• 2021-08-30 🔖4.1.0_2021Aug : rocker/tidyverse:4.1.0 にあわせて更新。coding font 追加
• 2021-09-22 🔖4.1.0_2021Aug_r2 : PlemolJP フォントを最新版に差し替え（記号のズレ対策）
• 2021-11-11 🔖4.1.1_2021Oct : rocker/tidyverse:4.1.1 にあわせて更新。フォント周りを中心に整理
• 2022-06-07 🔖4.2.0_2022Jun : ベースを rocker/tidyverse:4.2.0 （2022-06-02版）に更新。Quartoの導入、フォントの変更など
• 2022-06-24 🔖4.2.0_2022Jun_2 : ベースを rocker/tidyverse:4.2.0 snapshot確定版に更新。Quarto関係を修正
• 2023-04-06 🔖4.2.2_2023Mar : rocker/tidyverse:4.2.2 にあわせて更新。ARM64版を試作
• 2023-06-21 🔖4.2.2_2023Mar_2 : Noto Sans JP フォントの導入に失敗していたのを修正
• 2023-06-23 🔖4.3.0_2023Jun : rocker/tidyverse:4.3.0 にあわせて更新
• 2024-04-26 🔖4.3.3_2024Apr : rocker/rstudio:4.3.3 をベースにQuarto 1.4を追加。Amd64/Arm64のDockerfileを1本化