Merge pull request #11 from mokztk/devel/4.2.0

Devel/4.2.0_2020Jun

Dockerfile

@@ -1,7 +1,11 @@
 # rocker/tidyverse に日本語設定と頻用パッケージ、および TinyTeX, Radian を追加
-#   CRAN snapshot: https://packagemanager.rstudio.com/cran/__linux__/focal/2021-10-29
+#   2022-06-02 の rocker/tidyverse:4.2.0 および RSPM を使用
 
-FROM rocker/tidyverse:4.1.1
+#FROM rocker/tidyverse:4.2.0
+FROM rocker/tidyverse@sha256:3ff87598467da673421880dc24ffc7270a9e10147620003a35db8193636066fe
+
+# RSPM を latest から 2022-06-02 に固定
+RUN sed -i.bak -e 's%focal/latest%focal/2022-06-02%' /usr/local/lib/R/etc/Rprofile.site
 
 # Ubuntuミラーサイトの設定（自動選択）
 RUN sed -i.bak -e 's%http://[^ ]\+%mirror://mirrors.ubuntu.com/mirrors.txt%g' /etc/apt/sources.list
@@ -11,7 +15,6 @@ RUN set -x \
     && apt-get update \
     && apt-get install -y --no-install-recommends \
         language-pack-ja-base \
-     #  fonts-ipaexfont \
         libxt6 \
         ssh \
     && /usr/sbin/update-locale LANG=ja_JP.UTF-8 LANGUAGE="ja_JP:ja" \
@@ -25,9 +28,8 @@ RUN set -x \
 COPY my_scripts /my_scripts
 RUN chmod 775 my_scripts/*
 RUN /my_scripts/install_r_packages.sh
-RUN /my_scripts/install_pandas.sh
+RUN /my_scripts/install_quarto.sh
 RUN /my_scripts/install_radian.sh
-#RUN /my_scripts/install_notocjk.sh 
 RUN /my_scripts/install_notojp.sh
 RUN /my_scripts/install_coding_fonts.sh
 

README.md

@@ -16,44 +16,46 @@
 
 - Ubuntu の `language-pack-ja`, `language-pack-ja-base`
 - 環境変数で `ja_JP.UTF-8` ロケールとタイムゾーン `Asia/Tokyo` を指定
-- グラフ、PDF出力用フォントとして Noto Sans/Serif JP （"CJK" なし）を追加
-    - Ubuntu の `fonts-noto-cjk` パッケージのみでは XeLaTeX + BXjscls で日本語PDFを作成するのに不足するウェイトがある
-    - `fonts-noto-cjk-extra` は KR, SC, TC のフォントも含むので用途に対して大きすぎる（インストールサイズ 300MBほど）
-    - 現在、[Noto Home - Google Fonts](https://fonts.google.com/noto) で配布されているのは "CJK" なしの Noto Sans/Serif JP のみ
-    - Google Fonts からダウンロードして、XeLaTeX + BXjscls で "noto-jp" を指定する場合に必要な ７フォントを手動でインストールする
-    - 過去コードの文字化け回避のため、Noto Sans/Serif CJK JP を Noto Sans/Serif JP の別名として登録しておく
-- RStudioのエディタで使用するコーディング用フォントとして以下を追加
-    - [JetBrains Mono](https://www.jetbrains.com/ja-jp/lp/mono/) : リガチャで `->` や native pipe `|>` が特別な記号になる
-    - [PlemolJP](https://qiita.com/tawara_/items/0a7b8c50a48ea86b2d91) : IBM Plex Sans JP + IBM Plex Mono。3:5版ではなく1:2のConsole版を使用
-
-### radian: A 21 century R console
+- 以下の日本語フォントを導入
+    - **Noto Sans/Serif JP**（"CJK"なし）
+        - `fonts-noto-cjk-extra` は KR, SC, TC のフォントも含むので用途に対して大きすぎる（インストールサイズ 300MBほど）
+        - [Google Fonts](https://fonts.google.com/) からダウンロードして、XeLaTeX + BXjscls で "noto-jp" を指定する場合に必要な ７フォントを手動でインストール
+        - serif/sans の標準日本語フォントとして設定
+        - 過去コードの文字化け回避のため、Noto Sans/Serif CJK JP を Noto Sans/Serif JP の別名として登録しておく
+    - **[UDEV Gothic](https://github.com/yuru7/udev-gothic)**
+        - BIZ UD Gothic + JetBrains Mono の合成フォント
+        - 半角:全角 3:5版ではなく、通常の1:2でリガチャ有効のバージョン（UDEVGothicLG-*.ttf）を使用
+        - RStudio Serverのエディタ用カスタムフォントとして導入
+    - **[原ノ味フォント](https://github.com/trueroad/HaranoAjiFonts)**
+        - TinyTeX (LuaLaTeX, XeLaTeX) で日本語PDFを作成するために `tinytex::tlmgr_install("haranoaji")` で導入
+        - 予めインストールしておかないと、[Knit to PDF] 時の自動インストールで躓く
 
-- https://github.com/randy3k/radian
-- インストールには、Python 3用の pip が必要
-- コード補完のためには `jedi` が必要なのであわせてインストール（radian の新しい版では jedi のバージョン縛りはなくなったよう）
+### R の頻用パッケージ
+
+- これまでインストールしていたものを整理して利用頻度が少ない大物を中心に削除
+- 容量節約のため、`--deps TRUE`指定（依存関係 Suggestsまで含める）は外し、インストール後にDLしたアーカイブは削除
 
-### Python
+### Quarto
+- https://quarto.org/
+- CRANレポジトリに合わせて、2022-06-02時点の最新版 Preview v0.9 Build 504 を使用
+- Rパッケージ `quarto` もインストール
 
-- radian で使うために python をセットアップするので、R とも連携できるようにする
-- そのままでは、Python共有ライブラリや Pandas がないので `reticulate` は動かない
-- rocker project で用意されている `/rocker_scripts/install_python.sh` を利用する
-- `Pandas` と `Seaborn` (`matplotlib`) をシステム側に入れておく
+### Python3 & radian: A 21 century R console
+
+- https://github.com/randy3k/radian
+- rocker project で用意されている `/rocker_scripts/install_python.sh` を利用して Python3 をインストール
+- R から Python を使えるよう、`reticulate` に必要な Pandas などもインストール（`Seaborn` も含む）
+- radian のコード補完のためには `jedi` が必要なのであわせてインストール
 
 ### TinyTeX
 
-- 2021年3月末で TeX Live 2020 が更新終了（frozen）となったので、日本語 TeX 開発コミュニティ texjp.org のサーバにあるTeX Live 2020 のアーカイブを利用するようにする
-- TinyTeX はそれに合わせて "2021.03" をインストールする
-- TinyTeX のセットアップまで行い、日本語PDFを作成するのに必要なパッケージは必要時にインストールすることにした
+- 2022年3月末で TeX Live 2021 が更新終了（frozen）となったので、日本語 TeX 開発コミュニティ texjp.org のサーバにあるTeX Live 2021 のアーカイブを利用する
+- TinyTeX はそれに合わせて "2022.03" をインストール
+- TinyTeX のセットアップまで行い、その他に必要なパッケージは自動インストールに任せる
     - 初回に日本語PDFを作成するときに自動でインストールされる（XeLaTeX + BXjscls の文書で約50個）
+    - LuaLaTeXの場合、原ノ味フォントはインストールしておかないと進まなくなるので `haranoaji` だけ手動で入れておく
     - `/my_scripts/install_tex_packages.sh` をユーザー rstudio 権限で実行してインストールすることも可能
 
-### R の頻用パッケージ
-
-- いつものものに、Causal Inference Slack で勧められたものをいくつか追加
-- https://docs.google.com/spreadsheets/d/175Q_lzNG7P6TT2k9rUzzweoaKdJS_OJZ3lWpUuTfcvc/edit#gid=0
-- Bioconductor のパッケージも RSPM から入手できるようになったが、出自が分かりにくくなるので本家からインストール
-- 容量節約のため、インストール後にDLしたアーカイブは削除する
-
 ### 環境変数 PASSWORD の仮設定
 
 - Docker Desktop など `-e PASSWORD=...` が設定できないGUIでも起動テストできるように仮のパスワードを埋め込んでおく
@@ -72,4 +74,4 @@
 - **2021-08-30** :bookmark:[4.1.0_2021Aug](https://github.com/mokztk/RStudio_docker/releases/tag/4.1.0_2021Aug) : `rocker/tidyverse:4.1.0` にあわせて更新。coding font 追加
 - **2021-09-22** :bookmark:[4.1.0_2021Aug_r2](https://github.com/mokztk/RStudio_docker/releases/tag/4.1.0_2021Aug_r2) : PlemolJP フォントを最新版に差し替え（記号のズレ対策）
 - **2021-11-11** :bookmark:[4.1.1_2021Oct](https://github.com/mokztk/RStudio_docker/releases/tag/4.1.1_2021Oct) : `rocker/tidyverse:4.1.1` にあわせて更新。フォント周りを中心に整理
-
+- **2022-06-07** :bookmark:[4.2.0_2022Jun](https://github.com/mokztk/RStudio_docker/releases/tag/4.2.0_2022Jun) : ベースを `rocker/tidyverse:4.2.0` （2022-06-02版）に更新。Quartoの導入、フォントの変更など

my_scripts/install_coding_fonts.sh

@@ -1,27 +1,16 @@
 # Install coding fonts (for RStudio Server)
 
-## JetBrains Mono
-mkdir -p /home/rstudio/.config/rstudio/fonts/JetBrainsMono/italic
-wget -q https://download.jetbrains.com/fonts/JetBrainsMono-2.242.zip
-unzip JetBrainsMono-2.242.zip -d JetBrainsMono
-cp JetBrainsMono/fonts/variable/JetBrainsMono[wght].ttf /home/rstudio/.config/rstudio/fonts/JetBrainsMono/JetBrainsMono.ttf
-cp JetBrainsMono/fonts/variable/JetBrainsMono-Italic[wght].ttf /home/rstudio/.config/rstudio/fonts/JetBrainsMono/italic/JetBrainsMono-Italic.ttf
-mv /home/rstudio/.config/rstudio/fonts/JetBrainsMono/ /home/rstudio/.config/rstudio/fonts/JetBrains\ Mono/
-rm JetBrainsMono-2.242.zip
-rm -rf JetBrainsMono
-
-## PlemolJP (IBM Plex Sans JP + IBM Plex Mono)
-##   https://qiita.com/tawara_/items/0a7b8c50a48ea86b2d91
-mkdir -p /home/rstudio/.config/rstudio/fonts/PlemolJP/400/italic
-mkdir -p /home/rstudio/.config/rstudio/fonts/PlemolJP/700/italic
-wget -q https://github.com/yuru7/PlemolJP/releases/download/v1.2.0/PlemolJP_v1.2.0.zip
-unzip PlemolJP_v1.2.0.zip
-cp PlemolJP_v1.2.0/PlemolJPConsole/PlemolJPConsole-Regular.ttf /home/rstudio/.config/rstudio/fonts/PlemolJP/400
-cp PlemolJP_v1.2.0/PlemolJPConsole/PlemolJPConsole-Italic.ttf /home/rstudio/.config/rstudio/fonts/PlemolJP/400/italic
-cp PlemolJP_v1.2.0/PlemolJPConsole/PlemolJPConsole-Bold.ttf /home/rstudio/.config/rstudio/fonts/PlemolJP/700
-cp PlemolJP_v1.2.0/PlemolJPConsole/PlemolJPConsole-BoldItalic.ttf /home/rstudio/.config/rstudio/fonts/PlemolJP/700/italic
-mv /home/rstudio/.config/rstudio/fonts/PlemolJP/ /home/rstudio/.config/rstudio/fonts/PlemolJP\ Console/
-rm PlemolJP_v1.2.0.zip
-rm -rf PlemolJP_v1.2.0
+## UDEV Gothic LG (BIZ UD Gothic + JetBrains Mono)
+##   https://github.com/yuru7/udev-gothic
+mkdir -p /home/rstudio/.config/rstudio/fonts/UDEVGothicLG/400/italic
+mkdir -p /home/rstudio/.config/rstudio/fonts/UDEVGothicLG/700/italic
+wget -q https://github.com/yuru7/udev-gothic/releases/download/v1.0.0/UDEVGothic_v1.0.0.zip
+unzip UDEVGothic_v1.0.0.zip
+cp UDEVGothic_v1.0.0/UDEVGothicLG-Regular.ttf /home/rstudio/.config/rstudio/fonts/UDEVGothicLG/400
+cp UDEVGothic_v1.0.0/UDEVGothicLG-Italic.ttf /home/rstudio/.config/rstudio/fonts/UDEVGothicLG/400/italic
+cp UDEVGothic_v1.0.0/UDEVGothicLG-Bold.ttf /home/rstudio/.config/rstudio/fonts/UDEVGothicLG/700
+cp UDEVGothic_v1.0.0/UDEVGothicLG-BoldItalic.ttf /home/rstudio/.config/rstudio/fonts/UDEVGothicLG/700/italic
+mv /home/rstudio/.config/rstudio/fonts/UDEVGothicLG/ /home/rstudio/.config/rstudio/fonts/UDEV\ Gothic\ LG/
+rm -rf UDEVGothic*
 
 chown -R rstudio:rstudio /home/rstudio/.config/rstudio

my_scripts/install_pandas.sh

@@ -12,4 +12,4 @@ apt-get clean
 rm -rf /var/lib/apt/lists/*
 
 # グローバルに pandas と matplotlib/seaborn を入れておく
-pip install --no-cache-dir pandas seaborn
+python3 -m pip --no-cache-dir install pandas seaborn

my_scripts/install_quarto.sh

@@ -0,0 +1,16 @@
+#!/bin/bash
+set -x
+
+# Quarto のインストール
+
+apt-get update
+
+QUARTO_DEB="quarto-0.9.504-linux-amd64.deb"
+wget -q https://github.com/quarto-dev/quarto-cli/releases/download/v0.9.504/${QUARTO_DEB}
+gdebi -n $QUARTO_DEB
+rm $QUARTO_DEB
+
+apt-get clean
+rm -rf /var/lib/apt/lists/*
+
+install2.r --error --ncpus -1 --skipinstalled quarto

my_scripts/install_r_packages.sh

@@ -7,43 +7,22 @@ set -x
 # 依存ライブラリの追加
 apt-get update
 apt-get install -y --no-install-recommends \
-    default-jdk \
-    default-libmysqlclient-dev \
-    gdal-bin \
-    gsfonts \
-    imagemagick \
-    imagemagick-6-common \
-    libarchive13 \
-    libcairo2 \
-    libcurl4 \
-    libfontconfig1 \
-    libfreetype6 \
-    libgdal26 \
-    libgeos-c1v5 \
-    libgit2-28 \
-    libgl1-mesa-dri \
-    libglpk40 \
-    libglu1-mesa \
+    gdebi-core \
+    libcairo2-dev \
+    libcurl4-openssl-dev \
+    libfontconfig1-dev \
+    libfreetype6-dev \
+    libgl1-mesa-dev \
+    libglpk-dev \
+    libglu1-mesa-dev \
     libgmp3-dev \
-    libjpeg8 \
-    libmagick++-6.q16-8 \
-    libnode64 \
-    libpng16-16 \
-    libpq5 \
-    libproj15 \
-    librsvg2-2 \
-    libsasl2-2 \
-    libsqlite3-0 \
-    libssh2-1 \
-    libtbb2 \
-    libtcl8.6 \
-    libtk8.6 \
-    libudunits2-0 \
-    libxft2 \
-    libxml2 \
-    libxtst6 \
-    libxslt1.1\
-    unixodbc-dev
+    libjpeg-dev \
+    libpng-dev \
+    libssl-dev \
+    libv8-dev \
+    libxft-dev \
+    libxml2-dev \
+    zlib1g-dev
 
 apt-get clean
 rm -rf /var/lib/apt/lists/*
@@ -54,11 +33,10 @@ R CMD javareconf
 # RSPMのcheckpointが変わった場合に対応するため、まずcheckpointの状態まで更新する
 Rscript -e "update.packages(ask = FALSE)"
 
-# Bioconductor のパッケージ
-Rscript -e "BiocManager::install(c('graph', 'Rgraphviz'))"
-
 # CRANパッケージをRSPMからインストール
-install2.r --error --deps TRUE --ncpus -1 --skipinstalled \
+# --deps TRUE をつけると依存関係 Suggests までインストールされ膨大になる
+install2.r --error --ncpus -1 --skipinstalled \
+    here \
     pacman \
     tidylog \
     furrr \
@@ -69,8 +47,6 @@ install2.r --error --deps TRUE --ncpus -1 --skipinstalled \
     clinfun \
     car \
     survminer \
-    prophet \
-    Deducer \
     GGally \
     ggfortify \
     gghighlight \
@@ -86,18 +62,16 @@ install2.r --error --deps TRUE --ncpus -1 --skipinstalled \
     minidown \
     DiagrammeR \
     palmerpenguins \
-    styler
-
-# installGithub.r rstudio/webshot2
-Rscript -e "remotes::install_github('rstudio/webshot2')"
+    styler \
+    svglite
 
 # R.cache (imported by styler) で使用するキャッシュディレクトリを準備
 mkdir -p /home/rstudio/.cache/R/R.cache
 chown -R rstudio:rstudio /home/rstudio/.cache
 
 # since package "export" was removed from CRAN on 2020-02-21,
 # install dev version from GitHub repo (commit 1afc8e2 / 2021-03-09)
-install2.r --error --deps TRUE --ncpus -1 --skipinstalled \
+install2.r --error --ncpus -1 --skipinstalled \
     officer \
     rvg \
     openxlsx \

my_scripts/install_radian.sh

@@ -10,7 +10,7 @@ if [ ! -e "/usr/bin/pip3" ]; then
 fi
 
 # radianのインストール
-pip install --no-cache-dir radian jedi
+python3 -m pip --no-cache-dir install radian jedi
 
 # radianの設定
 cat > /home/rstudio/.radian_profile << EOF

my_scripts/install_tinytex.sh

@@ -1,9 +1,12 @@
 #!/bin/bash
 
 # TinyTex本体のインストール
-# 当面、FREEZEとなった TeXLive 2020 アーカイブを利用する
+# 当面、FREEZEとなった TeXLive 2021 アーカイブを利用する
 
-Rscript -e 'tinytex::install_tinytex(dir = "/home/rstudio/.TinyTeX/", version = "2021.03", repository = "https://texlive.texjp.org/2020/tlnet")'
+Rscript -e 'tinytex::install_tinytex(dir = "/home/rstudio/.TinyTeX/", version = "2022.03", repository = "https://texlive.texjp.org/2021/tlnet")'
+
+# 原ノ味フォントをインストールしておく（その他は、必要時に tlmgr で自動的にインストールされる）
+Rscript -e 'tinytex::tlmgr_install("haranoaji")'
 
 # 一部の package 用にLaTeXコンパイラの場所を指定
 echo "R_LATEXCMD=/home/rstudio/.TinyTeX/bin/x86_64-linux/platex" >> /home/rstudio/.Renviron